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J-GLOBAL ID：202102248642977940   整理番号：21A0177292

細菌ゲノムにおける抗生物質耐性突然変異の同定を強化するためのゲノムワイド関連研究におけるホモプラシーの利用【JST・京大機械翻訳】

Exploiting Homoplasy in Genome-Wide Association Studies to Enhance Identification of Antibiotic-Resistance Mutations in Bacterial Genomes

著者 (2件)： Lai Yi-Pin (Department of Computer Science and Engineering, Texas A&M University, College Station, TX, USA) ,  Ioerger Thomas R (Department of Computer Science and Engineering, Texas A&M University, College Station, TX, USA)
資料名： Evolutionary Bioinformatics  (Evolutionary Bioinformatics)
巻： 16  ページ： 1176934320944932  発行年： 2020年 
JST資料番号： W5210A  ISSN： 1176-9343  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 多くの抗細菌薬は抵抗性の複数の機構を持ち,それは臨床集団において耐性突然変異(他者より頻繁に)の混合物によって同時に表現される。これは,ゲノム-Wide協会研究(GWAS)法に対する挑戦を示し,(弱い)統計的関連性を通して,より一般的でない耐性機構を検出するのを困難にする。ホモプラシーまたは同じ部位での複数の独立した変異の発生は,薬剤耐性変異によりしばしば観察され,正の選択の強いインジケーターになる。しかし,対立遺伝子計数または線形回帰に基づくもののような従来のGWAS法は,ホモプラシーを考慮に入れるように設計されていない。本論文では,ECAT(進化的クラスタベース協会試験)と呼ぶ新しい方法を提示し,ホモプラシーを利用する能力で従来の回帰ベースGWAS法を拡張した。これは,線形混合モデル(LMM)による会合試験がGEMMA(良く確立されたLMMベースGWASツール)を用いて適用される,異なる進化変化の統計的に有意なクラスタを示すゲノムにおける超可変領域を同定する前処理段階を通して達成される。したがって,このアプローチは,突然変異のクラスター化領域に焦点を合わせて,通常の部位または遺伝子レベル分析からGEMMAを拡張すると見ることができる。このアプローチは,Lima,Peruからの多剤耐性(MDR)Mycobacterium tuberculosisの600以上の臨床分離株の大きな収集で評価した。ECATは,既存のGWAS法の代表として,(部位または遺伝子に基づく)GEMMAと比較して,いくつかの抗結核薬(より弱い関連性を有するより一般的な変異を含む)に対する既知の耐性突然変異を検出するより良い仕事を示す。ECATにおける多相アプローチの電力は,ゲノムの超可変領域に関する集束結合試験から来て,それはモデルにおける複雑性を低減して,統計的電力を増加させる。Copyright The Author(s) 2020 Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 電力 ,  *細菌 ,  遺伝子 ,  抗結核薬 ,  *突然変異 ,  クラスタ化 ,  *ゲノム ,  クラスタ ,  対立遺伝子 ,  多相 ,  多剤耐性 ,  ゲノムワイド関連解析
準シソーラス用語： *細菌ゲノム ,  超可変領域 ,  臨床分離株 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： ホモプラシー ,  細菌進化 ,  GWAS ,  結核菌 ,  抗生物質耐性変異

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (8件)： 細菌ゲノム ,  抗生物質 ,  耐性突然変異 ,  同定 ,  強化 ,  ゲノム ,  研究 ,  ホモプラシー