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J-GLOBAL ID：202102249172231269   整理番号：21A2437859

創薬と医薬品開発における分子動力学シミュレーション【JST・京大機械翻訳】

Molecular Dynamics Simulations in Drug Discovery and Pharmaceutical Development

著者 (26件)： Salo-Ahen Outi M. H. (Pharmaceutical Sciences Laboratory (Pharmacy), Åbo Akademi University, Tykistokatu 6 A, Biocity, FI-20520 Turku, Finland) ,  Salo-Ahen Outi M. H. (Structural Bioinformatics Laboratory (Biochemistry), Åbo Akademi University, Tykistokatu 6 A, Biocity, FI-20520 Turku, Finland) ,  Alanko Ida (Pharmaceutical Sciences Laboratory (Pharmacy), Åbo Akademi University, Tykistokatu 6 A, Biocity, FI-20520 Turku, Finland) ,  Alanko Ida (Structural Bioinformatics Laboratory (Biochemistry), Åbo Akademi University, Tykistokatu 6 A, Biocity, FI-20520 Turku, Finland) ,  Bhadane Rajendra (Pharmaceutical Sciences Laboratory (Pharmacy), Åbo Akademi University, Tykistokatu 6 A, Biocity, FI-20520 Turku, Finland) ,  Bhadane Rajendra (Structural Bioinformatics Laboratory (Biochemistry), Åbo Akademi University, Tykistokatu 6 A, Biocity, FI-20520 Turku, Finland) ,  Bonvin Alexandre M. J. J. (Faculty of Science-Chemistry, Bijvoet Center for Biomolecular Research, Utrecht University, 3584 CH Utrecht, The Netherlands) ,  Honorato Rodrigo Vargas (Faculty of Science-Chemistry, Bijvoet Center for Biomolecular Research, Utrecht University, 3584 CH Utrecht, The Netherlands) ,  Hossain Shakhawath (Swedish Drug Delivery Forum (SDDF), Department of Pharmacy, Uppsala Biomedical Center, Uppsala University, 751 23 Uppsala, Sweden) ,  Juffer Andre H. (Biocenter Oulu & Faculty of Biochemistry and Molecular Medicine, University of Oulu, Aapistie 7 A, FI-90014 Oulu, Finland) ,  Kabedev Aleksei (Swedish Drug Delivery Forum (SDDF), Department of Pharmacy, Uppsala Biomedical Center, Uppsala University, 751 23 Uppsala, Sweden) ,  Lahtela-Kakkonen Maija (School of Pharmacy, University of Eastern Finland, FI-70210 Kuopio, Finland) ,  Larsen Anders Stottrup (Department of Pharmacy, University of Copenhagen, Universitetsparken 2, 2100 Kobenhavn O, Denmark) ,  Lescrinier Eveline (Department of Pharmaceutical and Pharmacological Sciences, Rega Institute for Medical Research, Medicinal Chemistry, University of Leuven, B-3000 Leuven, Belgium) ,  Marimuthu Parthiban (Pharmaceutical Sciences Laboratory (Pharmacy), Åbo Akademi University, Tykistokatu 6 A, Biocity, FI-20520 Turku, Finland) ,  Marimuthu Parthiban (Structural Bioinformatics Laboratory (Biochemistry), Åbo Akademi University, Tykistokatu 6 A, Biocity, FI-20520 Turku, Finland) ,  Mirza Muhammad Usman (Department of Pharmaceutical and Pharmacological Sciences, Rega Institute for Medical Research, Medicinal Chemistry, University of Leuven, B-3000 Leuven, Belgium) ,  Mustafa Ghulam (Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ), Im Neuenheimer Feld 280, 69120 Heidelberg, Germany) ,  Nunes-Alves Ariane (Heidelberg Institute for Theoretical Studies (HITS), Schloss-Wolfsbrunnenweg 35, 69118 Heidelberg, Germany) ,  Nunes-Alves Ariane (Zentrum fuer Molekulare Biologie der Universitaet Heidelberg (ZMBH), Im Neuenheimer Feld 282, 69120 Heidelberg, Germany) ,  Pantsar Tatu (School of Pharmacy, University of Eastern Finland, FI-70210 Kuopio, Finland) ,  Pantsar Tatu (Department of Pharmaceutical and Medicinal Chemistry, Institute of Pharmaceutical Sciences, Eberhard Karls University Tuebingen, Auf der Morgenstelle 8, 72076 Tuebingen, Germany) ,  Saadabadi Atefeh (Pharmaceutical Sciences Laboratory (Pharmacy), Åbo Akademi University, Tykistokatu 6 A, Biocity, FI-20520 Turku, Finland) ,  Saadabadi Atefeh (Structural Bioinformatics Laboratory (Biochemistry), Åbo Akademi University, Tykistokatu 6 A, Biocity, FI-20520 Turku, Finland) ,  Singaravelu Kalaimathy (Turku Computer Science and Informatics, Department of Future Technologies, University of Turku, FI-20520 Turku, Finland) ,  Vanmeert Michiel (Department of Pharmaceutical and Pharmacological Sciences, Rega Institute for Medical Research, Medicinal Chemistry, University of Leuven, B-3000 Leuven, Belgium)
資料名： Processes (Web)  (Processes (Web))
巻： 9  号： 1  ページ： 71  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7264A  ISSN： 2227-9717  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 文献レビュー  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 分子動力学(MD)シミュレーションは現代の薬物開発過程でますます有用になってきた。本レビューでは,薬物発見および医薬品開発におけるMDの現在の応用可能性の幅広い概観を与えた。薬剤開発プロセスの標的検証段階から始めて,MD研究が,サーチュイン,RAS蛋白質,または本質的に無秩序な蛋白質のような同定された薬物標的の動力学と機能に重要な洞察を与えることができるいくつかの例を示した。抗体設計におけるMDの役割もレビューした。リード発見とリード最適化相において,MDは配位子-受容体相互作用の結合エネルギーと速度論の評価を促進し,従って,更なる開発のための最良の候補分子の選択を導く。膜蛋白質のMDシミュレーションにおける生物学的脂質二分子層環境を考慮する重要性も,G蛋白質共役受容体とイオンチャンネル,ならびに関連例として薬物代謝チトクロームP450酵素を用いて議論した。最後に,薬剤と候補薬剤の製剤開発を促進するMDシミュレーションの新たな役割を考察した。特に,MDが結晶および非晶質固体,非晶質薬物または薬物-高分子製剤の安定性,および薬物溶解度の研究にどのように使用できるかを調べた。さらに,ナノ粒子薬物製剤はドラッグデリバリー研究の分野において非常に興味深いので,ナノ粒子シミュレーションの種々の応用も,例として複数の最近の研究を用いて簡潔にまとめられる。将来,薬物開発プロセスの促進におけるMDシミュレーションの役割は,力場の開発およびMD方法論の強化において,コンピュータパワーおよび進歩の増大により,実質的に成長するようである。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 結合エネルギー ,  *シミュレーション ,  相互作用 ,  溶解度 ,  計算機シミュレーション ,  抗体 ,  受容体 ,  タンパク質 ,  非晶質 ,  *分子動力学 ,  イオンチャンネル ,  ドラッグデリバリーシステム ,  コンピュータ ,  ナノ粒子
準シソーラス用語： *創薬 ,  *分子動力学シミュレーション , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (10件)： 結合自由エネルギー ,  計算薬剤学 ,  コンピュータ支援ドラッグデザイン ,  立体配座アンサンブル ,  医薬品製剤 ,  薬物標的 ,  強化サンプリング法 ,  リガンド結合速度論 ,  蛋白質の柔軟性 ,  膜相互作用

分類 (4件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  薬物の研究法  (GV01020U) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  薬物の構造活性相関  (GV01050B)

引用文献 (546件)：

• Leach, A.R. Molecular Modelling: Principles and Applications, 2nd ed.; Pearson Education: Harlow, UK, 2001.
• Van Gunsteren, W.F.; Berendsen, H.J.C. Computer Simulation of Molecular Dynamics: Methodology, Applications, and Perspectives in Chemistry. Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 1990, 29, 992-1023.
• Berman, H.M.; Westbrook, J.; Feng, Z.; Gilliland, G.; Bhat, T.N.; Weissig, H.; Shindyalov, I.N.; Bourne, P.E. The Protein Data Bank. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 235-242.
• Kuhlman, B.; Bradley, P. Advances in protein structure prediction and design. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2019, 20, 681-697.
• Monticelli, L.; Tieleman, D.P. Force fields for classical molecular dynamics. Methods Mol. Biol. 2013, 924, 197-213.

タイトルに関連する用語 (4件)： 創薬 ,  医薬品 ,  開発 ,  分子動力学シミュレーション