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J-GLOBAL ID：202102251629475593   整理番号：21A1151105

家畜における品種構造の推定:SNPとマイクロサテライト性能間の経験的比較【JST・京大機械翻訳】

Inference of Breed Structure in Farm Animals: Empirical Comparison between SNP and Microsatellite Performance

著者 (15件)： Laoun Abbas (Universite de Djelfa, Djelfa 17000, Algeria) ,  Laoun Abbas (Laboratory of Exploration and Valorization of Steppic Ecosystems (EVES), University of Djelfa, BP 3117, Djelfa 17000, Algeria) ,  Harkat Sahraoui (Science Veterinary Institute, University of Blida, BP 270, Blida 09000, Algeria) ,  Harkat Sahraoui (Laboratory of Biotechnology related to Animal Reproduction (LBRA), University of Blida, BP 270, Blida 09000, Algeria) ,  Lafri Mohamed (Science Veterinary Institute, University of Blida, BP 270, Blida 09000, Algeria) ,  Lafri Mohamed (Laboratory of Biotechnology related to Animal Reproduction (LBRA), University of Blida, BP 270, Blida 09000, Algeria) ,  Gaouar Semir Bechir Suheil (Laboratory of Physiopathologie et biochimie de la Nutrition (PpBioNut) Department of Biology, Abou Bekr Belkaid Tlemcen University, Tlemcen 13000, Algeria) ,  Belabdi Ibrahim (Science Veterinary Institute, University of Blida, BP 270, Blida 09000, Algeria) ,  Belabdi Ibrahim (Laboratory of Biotechnology related to Animal Reproduction (LBRA), University of Blida, BP 270, Blida 09000, Algeria) ,  Ciani Elena (Department of Biosciences, Biotechnologies and Biopharmaceutics, University of Bari, 74100 Bari, Italy) ,  Groot Maarten De (Dr. Van Haeringen Laboratorium BV, Agro Business Park 100, 6708PW Wageningen, The Netherlands) ,  Blanquet Veronique (Univ. Limoges, INRAE, EA7500, USC1061 GAMAA, F-87000 Limoges, France) ,  Leroy Gregoire (Universite Paris-Saclay, INRA, AgroParisTech, GABI 78350 Jouy-en-Josas, France) ,  Rognon Xavier (Universite Paris-Saclay, INRA, AgroParisTech, GABI 78350 Jouy-en-Josas, France) ,  Silva Anne Da (Univ. Limoges, INRAE, EA7500, USC1061 GAMAA, F-87000 Limoges, France)
資料名： Genes (Web)  (Genes (Web))
巻： 11  号： 1  ページ： 57  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7194A  ISSN： 2073-4425  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 個体群構造の知識は,農場動物遺伝資源の管理と保存を改善するために必須である。このタイプの分析に長い間普及しているマイクロサテライトは,現在,主要な養殖動物種に利用可能な全ゲノム単一ヌクレオチド多型(SNP)チップの有利さでますます無視されている。本研究では,ヒツジとウシのデータセットの3つのペアを考慮して,マイクロサテライトに由来する遺伝的パターンをSNPによって推論された遺伝子パターンと比較した。STRUCTURE分析と同様に,個体群遺伝的分化分析(Fixation Index,FST)は2種類のマーカー間で非常に強い整合性を示した。マイクロサテライトは,ほとんど正確でないが,SNPと大部分一致した写真を与えた。最良の一致は,最も複雑なデータセットで見出され,それは17のフランスのヒツジ品種(ペアワイズFSTの136の値を考慮して0.95のピアソン相関係数)を含み,両方のタイプのマーカーで得られた。マイクロサテライトの使用はコストを低減し,関連する分析は特定のコンピュータ装置(即ち,情報技術(IT)インフラストラクチャは適切な計算および記憶容量を提供できる)を必要としない。したがって,このツールは,国家規模での家畜の一般的状態である第一段階で,まだ非常に適切な解決策であるかもしれない。局所品種が警報率で消滅する時には,特に最大数にアクセス可能なツールを促進することにより,それらの知識を改善することが急務である。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 記憶容量 ,  計算機システム ,  警報 ,  *家畜 ,  遺伝 ,  遺伝子 ,  ゲノム ,  養殖 ,  *品種 ,  農場 ,  個体群 ,  インフラストラクチャー ,  一塩基多型 ,  *マイクロサテライト
準シソーラス用語： 個体群構造 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 家畜の多様性 ,  交雑育種 ,  単純配列反復 ,  短いタンデムリピート ,  単一ヌクレオチド多型

分類 (4件)： 集団遺伝学  (EC01040J) ,  遺伝的変異  (EC01030Y) ,  飼育動物の育種  (FD01020R) ,  個体群生態学  (EE03030S)

引用文献 (47件)：

• FAO. The Second Report on the State of the World’s Animal Genetic Resources for Food and Agriculture; Scherf, B.D., Pilling, D., Eds.; FAO Commission on Genetic Resources for Food and Agriculture Assessments: Rome, Italy, 2015; Available online: http://www.fao.org/3/a-i4787e/index.html (accessed on 23 September 2019).
• Sponenberg, D.P.; Beranger, J.; Martin, A. An Introduction to Heritage Breeds: Saving and Raising Rare-Breed Livestock and Poultry; Storey Publishing: North Adams, MA, USA, 2014.
• Bruford, M.W.; Ginja, C.; Hoffmann, I.; Joost, S.; Orozco-terWengel, P.; Alberto, F.J.; Amaral, A.J.; Barbato, M.; Biscarini, F.; Colli, L.; et al. Prospects and challenges for the conservation of farm animal genomic resources, 2015-2025. Front. Genet. 2015, 6, 314.
• Matukumalli, L.K.; Lawley, C.T.; Schnabel, R.D.; Taylor, J.F.; Allan, M.F.; Heaton, M.P.; O’Connell, J.; Moore, S.S.; Smith, T.P.; Sonstegard, T.S.; et al. Development and characterization of a high density SNP genotyping assay for cattle. PLoS ONE 2009, 4, e5350.
• Magee, D.A.; Park, S.D.; Scraggs, E.; Murphy, A.M.; Doherty, M.L.; Kijas, J.W.; MacHugh, D.E. Technical note: High fidelity of whole-genome amplified sheep (Ovis aries) deoxyribonucleic acid using a high-density single nucleotide polymorphism array-based genotyping platform. J. Anim. Sci. 2010, 88, 3183-3186.

タイトルに関連する用語 (6件)： 家畜 ,  品種 ,  推定 ,  SNP ,  マイクロサテライト ,  経験