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J-GLOBAL ID：202102251911731397   整理番号：21A0722090

ポリサッカラーゼ支援抽出法により精製されたチョウセンニンジンtRNAにおける転写後修飾のLC-MS/MSプロファイリング【JST・京大機械翻訳】

LC-MS/MS Profiling of Post-Transcriptional Modifications in Ginseng tRNA Purified by a Polysaccharase-Aided Extraction Method

著者 (4件)： Yan Tongmeng ,  Hu Kua ,  Ren Fei ,  Jiang Zhihong
資料名： Biomolecules (Web)  (Biomolecules (Web))
巻： 10  号： 4  ページ： 621  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7148A  ISSN： 2218-273X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 転写RNA(tRNA)は,生命体における最も重度に修飾されたRNA種である。転写後修飾はtRNAの構造と機能に大きく影響する。今日まで,数百の修飾が,主に微生物と動物からtRNAsで同定されている。しかし,植物からのRNAの単離が依然として課題のままであるので,何世紀も食品および医学目的に広く使用されている植物根または塊茎におけるtRNAは,ほとんど研究されていない。本論文では,大量の多糖類を含む植物からの高品質RNAの抽出のためのポリサッカラーゼ支援RNA分離(PARI)法を開発した。この方法は,汚染物質を溶解する従来法と完全に異なる多糖類を消化する新しい戦略を示す。この方法を用いて,多糖類汚染が-アミラーゼ消化で効率的に除去されたので,高い完全性と純度のRNAを,オタネニンジン根から首尾よく抽出した。Ginseng tRNAsはNGSによって最初に配列決定され,合計41のイソアクセプタが同定された。オタネニンジン根におけるクロロプラストtRNAGly(GCC)を精製し,m7G,D,T,およびガラクトサミンを含む4つの修飾ヌクレオシドをLC-MS/MSによって同定した。結果はまた,m7Gが新しい位置18で生じ,それはDループの変形に関連するかもしれないことを明らかにした。PARIは植物からのRNA分離のための最初の酵素支援技術であり,多糖類汚染の問題を基本的に解決することができた。PARI法を用いて,より個々のtRNAは多糖類に富む植物組織から容易に分離でき,それは植物におけるtRNAの構造と機能に関する研究の実現可能性にプラスの影響を与えるであろう。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 食品 ,  微生物 ,  汚染物質 ,  酵素 ,  多糖類 ,  *RNA【核酸】 ,  *tRNA ,  アミラーゼ ,  葉緑体 ,  純度 ,  消化 ,  *インベルターゼ ,  塊茎 ,  植物組織
準シソーラス用語： *LC/MS/MS , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 人参 ,  RNA抽出 ,  ポリサッカラーゼ ,  多糖類 ,  tRNA ,  転写後修飾

分類 (5件)： 核酸一般  (EB04010U) ,  液体クロマトグラフィー  (CC04014L) ,  有機化合物の各種分析  (CC08034J) ,  遺伝子発現  (EC02040Q) ,  質量分析  (CC03013N)

引用文献 (30件)：

• Chomczynski, P.; Sacchi, N. Single-step method of RNA isolation by acid guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform extraction. Anal. Biochem. 1987, 162, 156-159.
• Wang, L.; Stegemann, J.P. Extraction of high quality RNA from polysaccharide matrices using cetlytrimethylammonium bromide. Biomaterials 2009, 31, 1612-1618.
• Barman, P.; Choudhary, A.K.; Geeta, R. A modified protocol yields high-quality RNA from highly mucilaginous Dioscorea tubers. 3 Biotech 2017, 7, 150.
• Meng, L.; Feldman, L. A rapid TRIzol-based two-step method for DNA-free RNA extraction from Arabidopsis siliques and dry seeds. Biotechnol. J. 2010, 5, 183-186.
• Bilgin, D.D.; DeLucia, E.H.; Clough, S.J. A robust plant RNA isolation method suitable for Affymetrix GeneChip analysis and quantitative real-time RT-PCR. Nat. Protoc. 2009, 4, 333-340.

タイトルに関連する用語 (9件)： サッカラーゼ ,  支援 ,  抽出法 ,  精製 ,  チョウセンニンジン ,  tRNA ,  転写後修飾 ,  LC-MS ,  プロファイリング