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J-GLOBAL ID：202102253378252806   整理番号：21A0289532

統合オミクスは基底渦鞭毛虫類の二次代謝景観を明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Integrated omics unveil the secondary metabolic landscape of a basal dinoflagellate

著者 (12件)： Beedessee Girish (Marine Genomics Unit, Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University, Okinawa, Japan) ,  Beedessee Girish (Present address: Department of Biochemistry, University of Cambridge, Cambridge, UK) ,  Kubota Takaaki (Showa Pharmaceutical University, Tokyo, Japan) ,  Arimoto Asuka (Marine Genomics Unit, Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University, Okinawa, Japan) ,  Arimoto Asuka (Marine Biological Laboratory, Graduate School of Integrated Sciences for Life, Hiroshima University, Onomichi, Japan) ,  Nishitsuji Koki (Marine Genomics Unit, Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University, Okinawa, Japan) ,  Waller Ross F. (Department of Biochemistry, University of Cambridge, Cambridge, UK) ,  Hisata Kanako (Marine Genomics Unit, Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University, Okinawa, Japan) ,  Yamasaki Shinichi (DNA Sequencing Section, Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University, Okinawa, Japan) ,  Satoh Noriyuki (Marine Genomics Unit, Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University, Okinawa, Japan) ,  Kobayashi Jun’ichi (Graduate School of Pharmaceutical Sciences, Hokkaido University, Sapporo, Japan) ,  Shoguchi Eiichi (Marine Genomics Unit, Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University, Okinawa, Japan)
資料名： BMC Biology (Web)  (BMC Biology (Web))
巻： 18  号： 1  ページ： 1-16  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7046A  ISSN： 1741-7007  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 一部の渦鞭毛藻類は有害な藻類ブルームを引き起こし,毒性二次代謝産物を放出し,海洋生態系とヒトの健康の枯渇をもたらす。渦鞭毛藻類毒素生合成の理解は,それらの異常に大きなゲノムにより妨げられてきた。この課題を克服するため,初めて,基底渦鞭毛藻類Amphidium gibbosumのゲノム,マイクロRNAおよびmRNAイソ型を配列決定し,その二次代謝産物生合成を理解するための統合オミクスアプローチを採用した。ΔΨ 6.4-Gb A.gibbosumゲノムを組み立て,解読した渦鞭毛藻類ゲノムとトランスクリプトームをプロービングすることにより,非リボソームペプチドシンテターゼアデニル化ドメインを特殊化代謝産物の生成に必須であると同定した。リン酸と窒素の細胞を飢餓すると,マイクロRNAによる転写後調節を示唆する代謝産物生合成の顕著なシフトが観察された。Iso-SeqおよびRNA-seqデータを用い,選択的スプライシングおよびポリシストロン発現が二次代謝に対し異なる転写物を生成することを見出した。ゲノム所見は,代謝産物を合成するために反復的に機能する様々な代謝酵素の複雑な統合を示唆し,渦鞭毛藻類が栄養利用性に依存して二次代謝産物を合成する方法に関する機構的洞察を提供する。本研究は渦鞭毛藻類ブルームに関連した毒素産生への洞察を提供する。この基底渦鞭毛藻類のゲノムは渦鞭毛藻類の進化に関する重要な手がかりを提供し,以前に挑戦されてきた大きなゲノムサイズを克服する。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 窒素 ,  リン酸 ,  生合成 ,  mRNA ,  代謝産物 ,  毒素 ,  ゲノム ,  二次代謝産物 ,  合成酵素 ,  トランスクリプトーム ,  マイクロRNA ,  ドメイン構造 ,  *二次代謝 ,  RNA-seq ,  *渦鞭毛藻綱 ,  *微生物 ,  *原生動物 ,  *鞭毛虫類 ,  *植物性鞭毛虫類
準シソーラス用語： *渦鞭毛虫類 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： ポリケチドシンターゼ ,  有害な藻類ブルーム ,  渦鞭毛藻類 ,  Iso-Seq ,  重複 ,  アンフィジニウム

分類 (2件)： 微生物の生化学  (EG03020N) ,  動物の生化学  (EJ01050P)

引用文献 (116件)：

• J Sea Res; Strategies of marine dinoflagellate survival and some rules of assembly; TJ Smayda, CS Reynolds; 49; 2013; 95-106; 10.1016/S1385-1101(02)00219-8; citation_id=CR1
• Mar Drugs; Neurotoxins from marine dinoflagellates: a brief review; D-Z Wang; 6; 2008; 349-371; 10.3390/md6020349; citation_id=CR2
• Annu Rev Microbiol; Dinoflagellate genome evolution; JH Wisecaver, JD Hackett; 65; 2011; 369-387; 10.1146/annurev-micro-090110-102841; citation_id=CR3
• Curr Biol; Draft assembly of the Symbiodinium minutum nuclear genome reveals Dinoflagellate gene structure; E Shoguchi, C Shinzato, T Kawashima, F Gyoja, S Mungpakdee, R Koyanagi; 23; 2013; 1399-1408; 10.1016/j.cub.2013.05.062; citation_id=CR4
• Sci Rep; Genomes of coral dinoflagellate symbionts highlight evolutionary adaptations conducive to a symbiotic lifestyle; M Aranda, Y Li, YJ Liew, S Baumgarten, O Simakov, MC Wilson; 6; 2016; 39734; 10.1038/srep39734; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (5件)： 統合オミクス ,  基底 ,  渦鞭毛虫類 ,  二次代謝 ,  景観