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J-GLOBAL ID：202102253502880632   整理番号：21A2364047

Prunus spp.に感染する15種のウイルス検出のための包括的なリアルタイムRT-PCRアッセイ【JST・京大機械翻訳】

Comprehensive Real-Time RT-PCR Assays for the Detection of Fifteen Viruses Infecting Prunus spp.

著者 (5件)： Diaz-Lara Alfredo (Department of Plant Pathology, University of California-Davis, Davis, CA 95616, USA) ,  Stevens Kristian (Department of Evolution and Ecology, University of California-Davis, Davis, CA 95616, USA) ,  Klaassen Vicki (Foundation Plant Services, University of California-Davis, Davis, CA 95616, USA) ,  Golino Deborah (Department of Plant Pathology, University of California-Davis, Davis, CA 95616, USA) ,  Rwahnih Maher Al (Department of Plant Pathology, University of California-Davis, Davis, CA 95616, USA)
資料名： Plants (Web)  (Plants (Web))
巻： 9  号： 2  ページ： 273  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7261A  ISSN： 2223-7747  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ウイルスは,収量と市場性果実を減らすことにより,Prunus spp.を含む果実樹木の経済的損失を引き起こす。ウイルスの遺伝的多様性を考えると,PCRに依存する信頼できる診断法は,果樹におけるウイルス感染の決定に重要である。本研究では,Prunus感染ウイルスに対する現在利用可能なリアルタイムRT-PCRアッセイの広範囲検出能力を評価し,電流試験が不十分または存在しないとき,新しいアッセイを開発した。15の異なるウイルスに対する利用可能なアッセイをin silicoで徹底的に評価し,GenBankに沈着したウイルス分離株を検出する能力を決定した。この評価の間,アッセイが設計されたいくつかの分離株は,既存のアッセイプライマー配列に関してヌクレオチドミスマッチを示した。既存のアッセイを更新する事例では,アッセイのコンパクト性と遺伝的多様性の包括的な包含の2つの目標で再設計を行った。各開発したアッセイの効率を標準曲線で測定した。アッセイ設計を検証するために,ハイスループット配列決定により独立に分析した87の陽性及び陰性Prunus試料の包括的セットに対してそれらを試験した。結果として,ここで記述したすべてのリアルタイムRT-PCRアッセイは,異なるウイルスとそれらの対応する分離株を成功裏に検出した。新しく更新したアッセイをさらに検証するために,Prunus生殖質収集を調査した。ここで述べた高感度かつ信頼性のある検出法は,最高品質保育ストックを維持するのに必要な大規模病原体試験に用いられるであろう。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 電流 ,  信頼性 ,  ウイルス感染 ,  ヌクレオチド ,  検出法 ,  在庫量 ,  *サクラ属 ,  検量線 ,  病原体 ,  コンパクト性 ,  果樹 ,  高感度
準シソーラス用語： ハイスループット ,  実時間 ,  分離株 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： Prunus spp. ,  ウイルス ,  遺伝的多様性 ,  検出 ,  リアルタイムRT-PCR ,  ハイスループットシークエンシング

分類 (3件)： ウイルスによる植物病害  (FC04054G) ,  遺伝子発現  (EC02040Q) ,  微生物検査法  (EG02020G)

引用文献 (20件)：

• Hadidi, A.; Barba, M.; Candresse, T.; Jelkmann, W. Virus and Virus-Like Diseases of Pome and Stone Fruits; American Phytopathological Society: St. Paul, MN, USA, 2011; ISBN 0-89054-396-8.
• Cembali, T.; Folwell, R.J.; Wandschneider, P.; Eastwell, K.C.; Howell, W.E. Economic implications of a virus prevention program in deciduous tree fruits in the US. Crop Prot. 2003, 22, 1149-1156.
• Schneider, W.L.; Roossinck, M.J. Genetic Diversity in RNA Virus Quasispecies Is Controlled by Host-Virus Interactions. J. Virol. 2001, 75, 6566-6571.
• Moury, B.; Desbiez, C.; Jacquemond, M.; Lecoq, H. Genetic Diversity of Plant Virus Populations: Towards Hypothesis Testing in Molecular Epidemiology. In Advances in Virus Research; Plant Virus Epidemiology; Academic Press: Cambridge, MA, USA, 2006; Volume 67, pp. 49-87.
• Katsiani, A.; Maliogka, V.I.; Katis, N.; Svanella-Dumas, L.; Olmos, A.; Ruiz-García, A.B.; Marais, A.; Faure, C.; Theil, S.; Lotos, L.; et al. High-Throughput Sequencing Reveals Further Diversity of Little Cherry Virus 1 with Implications for Diagnostics. Viruses 2018, 10, 385.

タイトルに関連する用語 (6件)： Prunus ,  SPP ,  感染 ,  ウイルス検出 ,  リアルタイムRT-PCR ,  アッセイ