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J-GLOBAL ID：202102253824437744   整理番号：21A1116270

ジャスモン酸メチル刺激オウシュウアカマツ(Pinus sylvestris L.)針における新規および保存マイクロRNAの同定およびin silico特性化【JST・京大機械翻訳】

Identification and in Silico Characterization of Novel and Conserved MicroRNAs in Methyl Jasmonate-Stimulated Scots Pine (Pinus sylvestris L.) Needles

著者 (7件)： Krivmane Baiba (Genetic Resource Centre, Latvian State Forest Research Institute “Silava”, Riga street 111, Salaspils LV-2169, Latvia) ,  Snepste Ilze (Genetic Resource Centre, Latvian State Forest Research Institute “Silava”, Riga street 111, Salaspils LV-2169, Latvia) ,  Skipars Vilnis (Genetic Resource Centre, Latvian State Forest Research Institute “Silava”, Riga street 111, Salaspils LV-2169, Latvia) ,  Yakovlev Igor (Norwegian Institute of Bioeconomy Research, Postboks 115, Ås NO-1431, Norway) ,  Fossdal Carl Gunnar (Norwegian Institute of Bioeconomy Research, Postboks 115, Ås NO-1431, Norway) ,  Vivian-Smith Adam (Norwegian Institute of Bioeconomy Research, Postboks 115, Ås NO-1431, Norway) ,  Rungis Dainis (Genetic Resource Centre, Latvian State Forest Research Institute “Silava”, Riga street 111, Salaspils LV-2169, Latvia)
資料名： Forests (Web)  (Forests (Web))
巻： 11  号： 4  ページ： 384  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7188A  ISSN： 1999-4907  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ミクロRNA(miRNAs)は,遺伝子発現,植物成長および発生過程の調節,ならびにストレスおよび病原体への応答を含む,多くの生物学的および代謝過程において重要な役割を担う長さにおけるΔΨ2024ヌクレオチドの非蛋白質コードRNAである。本研究の目的は,ジャスモン酸メチル処理オウシュウアカマツ葉で発現する新規で保存されたマイクロRNAを同定し,特性化することであった。さらに,同定されたmiRNAの潜在的前駆体配列と標的遺伝子を,Pinus unigeneセットへのアラインメントによって決定した。潜在的前駆体配列をmiRAtololを用いて同定し,保存されたmiRNA前駆体も必要なステムループ構造を形成する能力について試験し,最小折畳み自由エネルギー指数を計算した。miRBaseと比較して,4975の注釈配列を同定し,173のmiRNA群に割り当て,合計60の保存miRNAファミリーに属した。34科にグループ分けされた合計1029の可能性のある新規miRNAを見出し,46の予測前駆体配列を同定した。28のファミリーによって標的化された合計136の潜在的標的遺伝子を同定した。これまでに報告された高度に保存された植物miRNAの大部分は,モノコット特異的であると報告されているいくつかの保存されたmiRNAと同様に,本研究で同定された。保存された双子葉特異的miRNAは同定されなかった。多くの潜在的裸子植物または針葉樹特異的miRNAが見出され,針葉樹種間で共有された。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： アラインメント ,  *RNA【核酸】 ,  タンパク質 ,  ヌクレオチド ,  植物成長 ,  折畳み ,  前駆体 ,  針葉樹 ,  *オウシュウアカマツ ,  遺伝子発現 ,  ターゲティング ,  アノテーション ,  オレフィン化合物 ,  脂環式ケトン ,  ケトエステル
準シソーラス用語： *マイクロRNA ,  標的遺伝子 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： マイクロRNA ,  イソミラー ,  ヨーロッパアカマツ ,  イオンTorrentPGM ,  ジャスモン酸メチル ,  前駆体マイクロRNA

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  核酸一般  (EB04010U)

物質索引 (1件)： ジャスモン酸メチル

引用文献 (87件)：

• Bräutigam, K.; Vining, K.J.; Lafon-Placette, C.; Fossdal, C.G.; Mirouze, M.; Marcos, J.G.; Fluch, S.; Fraga, M.F.; Guevara, M.Á.; Abarca, D.; et al. Epigenetic regulation of adaptive responses of forest tree species to the environment. Ecol. Evol. 2013, 3, 399-415.
• Rohde, A.; Junttila, O. Remembrances of an embryo: Long-term effects on phenology traits in spruce. New Phytol. 2008, 177, 2-5.
• Carrington, J.C.; Ambros, V. Role of microRNAs in plant and animal development. Science 2003, 301, 336-338.
• Bartel, D.P. MicroRNAs: Genomics, biogenesis, mechanism, and function. Cell 2004, 116, 281-297.
• Borges, F.; Martienssen, R.A. The expanding world of small RNAs in plants. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2015, 16, 727-741.

タイトルに関連する用語 (9件)： ジャスモン酸メチル ,  刺激 ,  オウシュウアカマツ ,  Pinus ,  針 ,  保存 ,  マイクロRNA ,  同定 ,  特性化