カリックスアレーン-蛋白質相互作用を捕捉するための分子動力学アプローチ:チトクロームCの場合【JST・京大機械翻訳】

Bartocci Alessio; Gillet Natacha; Jiang Tao; Szczepaniak Florence; Dumont Elise; Dumont Elise

文献

J-GLOBAL ID：202102254460196292 整理番号：21A0167711

カリックスアレーン-蛋白質相互作用を捕捉するための分子動力学アプローチ:チトクロームCの場合【JST・京大機械翻訳】

Molecular Dynamics Approach for Capturing Calixarene-Protein Interactions: The Case of Cytochrome C

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資料名：
巻： 124 号： 50 ページ： 11371-11378 発行年： 2020年
JST資料番号： W0921A ISSN： 1520-6106 CODEN： JPCBFK 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

官能化超分子ケージは生物学と生化学において重要性を増している。最近,それらは高分解能共結晶化蛋白質を得るための効率的な補助として提案されている。ここでは,最初に離れた蛋白質とリガンドから開始するチトクロームcへのスルホン化カリックス-[8]アレーンの超分子会合の分子動力学研究を提案する。構造に関する以前の実験(X線構造PDB6GD8との比較)と結合自由エネルギー[分子力学Poisson-Boltzmann表面積解析と等温滴定熱量測定との間の比較]と完全に一致した,チトクロームc表面上のスルホン化カリキサレンの2つの主な結合部位を特性化した。相互作用エネルギーの残基分解により,この静電的に駆動された会合の詳細な描像と,特に2つの主なアンカー部位間の架橋残基としてのアルギニンR13の役割を明らかにした。さらに,教師つき機械学習プロトコルによる残基挙動の分析は,結合部位から離れた水素結合ネットワークの形成を明らかにし,蛋白質の剛性を増加させた。本研究は,制御された蛋白質集合と蛋白質表面認識プロセスのための新しい有望な誘導体の計算スクリーニングの可能性で,超分子蛋白質-ケージ会合を予測する自動化手順に向けた道を開く。Copyright 2021 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

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蛋白質・ペプチド一般

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