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J-GLOBAL ID：202102255818572643   整理番号：21A0205825

次世代シークエンシングデータからの49新規マイクロサテライトマーカーの開発とエミュー(Dromaius novaehollandiae)における親子試験のロバストな方法【JST・京大機械翻訳】

Development of 49 novel microsatellite markers from Next-generation sequencing data and a robust method for parentage tests in the emu (Dromaius novaehollandiae)

著者 (7件)： Koshiishi Yuichi (Graduate School of Bioindustry, Tokyo University of Agriculture, Abashiri, Hokkaido 099-2493, Japan) ,  Uchiyama Hironobu (NODAI Genome Research Center, Tokyo University of Agriculture, Setagaya-ku, Tokyo 156-8502, Japan) ,  Murata-Okubo Michiko (Faculty of Bioindustry, Tokyo University of Agriculture, Abashiri, Hokkaido 099-2493, Japan) ,  Tanaka Keisuke (NODAI Genome Research Center, Tokyo University of Agriculture, Setagaya-ku, Tokyo 156-8502, Japan) ,  Kameyama Yuichi (Graduate School of Bioindustry, Tokyo University of Agriculture, Abashiri, Hokkaido 099-2493, Japan) ,  Hirayama Hiroki (Graduate School of Bioindustry, Tokyo University of Agriculture, Abashiri, Hokkaido 099-2493, Japan) ,  Wada Kenta (Graduate School of Bioindustry, Tokyo University of Agriculture, Abashiri, Hokkaido 099-2493, Japan)
資料名： Gene  (Gene)
巻： 769  ページ： Null  発行年： 2021年 
JST資料番号： E0701B  ISSN： 0378-1119  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： emuは,家禽の有用で新しい品種であるが,それらの遺伝的改良は,それらの最近の家畜化のため,まだ進んでいない。Pedigree情報は,それらの複雑な生殖システム(ポリアンドリー)のために記録するのが難しい。エミューにおける親-オフスプリング関係を同定するために,多型DNAマーカーに基づく親子試験を開発する必要がある。本研究では,QDDパイプラインを介して次世代シークエンシングデータから25000以上のマイクロサテライト(単純配列反復,SSR)領域を分離し,日本の養殖emuにおいて多型を有する49のSSRマーカーを開発した。ジヌクレオチドモチーフ,(AC)_n,(AT)_nおよび(AG)_nは最も頻繁に検出され,それぞれ10,167(38.55%),8,114(30.76%)および4,796(18.18%)のコンティグで検出された。49の新規SSRマーカーを20個体で特性化し,N_Aは2から12の範囲であり,平均4.2であった。H_E/H_Oは0.389/0.071から0.702/1.000の範囲であり,平均0.601/0.515であった。PIC値は0.059から0.886の範囲であり,平均は0.528であり,49のマーカーのうち17は0.500より高い多型を示した。34の個体を12のマーカーを用いて遺伝子型決定して,遺伝子型に基づくCERVUSシミュレーションは,すべての子孫の親が0.9995~1.0確率で同定されたことを示した。したがって,49の新規SSRマーカーと日本のemuの親子試験のためのロバストな方法を開発した。Copyright 2021 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： シミュレーション ,  遺伝子型 ,  生殖 ,  家禽 ,  養殖 ,  品種 ,  *ロバスト性 ,  ジヌクレオチド ,  DNAマーカー ,  *マイクロサテライト
準シソーラス用語： コンティグ ,  *マイクロサテライトマーカー ,  遺伝子タイピング ,  家畜化 ,  *次世代シークエンシング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： Emu ,  Dromaius novaehollandiae ,  マイクロサテライトマーカー ,  親子試験 ,  QDD

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (7件)： 次世代シークエンシング ,  マイクロサテライトマーカー ,  開発 ,  エミュー ,  親子 ,  試験 ,  ロバスト