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J-GLOBAL ID：202102257229250676   整理番号：21A2115002

GPCR結合部位-SMDおよびSuMDシミュレーションからの疎水性リガンド侵入および出口【JST・京大機械翻訳】

The Hydrophobic Ligands Entry and Exit from the GPCR Binding Site-SMD and SuMD Simulations

著者 (6件)： Jakowiecki Jakub (Biological and Chemical Research Centre, Faculty of Chemistry, University of Warsaw, 02-093 Warsaw, Poland) ,  Orzel Urszula (Biological and Chemical Research Centre, Faculty of Chemistry, University of Warsaw, 02-093 Warsaw, Poland) ,  Chawananon Sathapana (Biological and Chemical Research Centre, Faculty of Chemistry, University of Warsaw, 02-093 Warsaw, Poland) ,  Chawananon Sathapana (Department of Chemistry, Faculty of Sciences, Sorbonne Universite, 75005 Paris, France) ,  Miszta Przemyslaw (Biological and Chemical Research Centre, Faculty of Chemistry, University of Warsaw, 02-093 Warsaw, Poland) ,  Filipek Slawomir (Biological and Chemical Research Centre, Faculty of Chemistry, University of Warsaw, 02-093 Warsaw, Poland)
資料名： Molecules (Web)  (Molecules (Web))
巻： 25  号： 8  ページ： 1930  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7014A  ISSN： 1420-3049  CODEN： MOLEFW  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 疎水性リガンド(脂質受容体とステロイド受容体)に結合する大部分のG蛋白質共役受容体は,これらの受容体の最も人口の多いクラスA(ロドプシン様)に属している。脂質受容体の典型的な例は,ロドプシン,カンナビノイド(CB),スフィンゴシン-1-リン酸(S1P)およびリゾホスファチジン(LPA)受容体である。疎水性リガンドは,脂質二分子層から受容体結合部位を水への低溶解性のためだけでなく,細胞外環境からオルソステリック結合部位への接近を妨げる大きなN末端ドメインプラグのためでもある。脂質受容体CB1,S1P1およびLPA1オルソステリック結合部位から最もありそうなリガンド出口経路を同定するために,リガンドを様々な方向に引き抜く,少なくとも3つの反復分子動力学シミュレーションを行った。アゴニストである特異的リガンドに対して,教師つき分子動力学法を用いて,不活性受容体構造へのリガンド侵入事象をシミュレーションした。検討した全ての受容体に対して,リガンドの侵入/出口経路は膜貫通ヘリックスTM1とTM7の間のゲートを通過したが,ある場合には水環境への方向と結合した。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *シミュレーション ,  *疎水性 ,  脂質 ,  受容体 ,  ロドプシン ,  *結合部位 ,  カンナビノイド ,  分子動力学 ,  ステロイドホルモン受容体 ,  脂質二分子膜
準シソーラス用語： *Gタンパク質共役型受容体 ,  アゴニスト ,  受容体結合 ,  分子動力学シミュレーション ,  膜貫通ヘリックス , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： G蛋白質共役受容体 ,  カンナビノイド受容体 ,  スフィンゴシン-1-リン酸受容体 ,  リゾホスファチジン酸受容体 ,  操縦分子動力学 ,  教師つき分子動力学

分類 (4件)： 細胞膜の受容体  (EF04030C) ,  薬物の研究法  (GV01020U) ,  分子構造  (EB03020Y) ,  生物学的機能  (EB03040U)

引用文献 (25件)：

• Pandy-Szekeres, G.; Munk, C.; Tsonkov, T.M.; Mordalski, S.; Harpsoe, K.; Hauser, A.S.; Bojarski, A.J.; Gloriam, D.E. GPCRdb in 2018: Adding GPCR structure models and ligands. Nucleic Acids Res. 2018, 46, 440-446.
• Piomelli, D. The molecular logic of endocannabinoid signalling. Nat. Rev. Neurosci. 2003, 4, 873-884.
• Yatomi, Y.; Ozaki, Y.; Ohmori, T.; Igarashi, Y. Sphingosine 1-phosphate: Synthesis and release. Prostaglandins Other Lipid Mediat. 2001, 64, 107-122.
• Bracey, M.H.; Hanson, M.A.; Masuda, K.R.; Stevens, R.C.; Cravatt, B.F. Structural adaptations in a membrane enzyme that terminates endocannabinoid signaling. Science 2002, 298, 1793-1796.
• Hildebrand, P.W.; Scheerer, P.; Park, J.H.; Choe, H.W.; Piechnick, R.; Ernst, O.P.; Hofmann, K.P.; Heck, M. A ligand channel through the G protein coupled receptor opsin. PLoS ONE 2009, 4, e4382.

タイトルに関連する用語 (7件)： GPCR ,  結合部位 ,  SMD ,  疎水性 ,  リガンド ,  侵入 ,  出口