文献

J-GLOBAL ID：202102257758816831   整理番号：21A0017736

Escherichia coli ER2566株のゲノム再配列決定および再アノテーションと過剰発現条件下でのトランスクリプトーム配列決定【JST・京大機械翻訳】

Genome re-sequencing and reannotation of the Escherichia coli ER2566 strain and transcriptome sequencing under overexpression conditions

著者 (18件)： Zhou Lizhi (State Key Laboratory of Molecular Vaccinology and Molecular Diagnostics, School of Public Health, Xiamen University, Xiamen, China) ,  Yu Hai (State Key Laboratory of Molecular Vaccinology and Molecular Diagnostics, School of Public Health, Xiamen University, Xiamen, China) ,  Wang Kaihang (National Institute of Diagnostics and Vaccine Development in Infectious Disease, School of Life Sciences, Xiamen University, Xiamen, China) ,  Chen Tingting (National Institute of Diagnostics and Vaccine Development in Infectious Disease, School of Life Sciences, Xiamen University, Xiamen, China) ,  Ma Yue (National Institute of Diagnostics and Vaccine Development in Infectious Disease, School of Life Sciences, Xiamen University, Xiamen, China) ,  Huang Yang (National Institute of Diagnostics and Vaccine Development in Infectious Disease, School of Life Sciences, Xiamen University, Xiamen, China) ,  Li Jiajia (National Institute of Diagnostics and Vaccine Development in Infectious Disease, School of Life Sciences, Xiamen University, Xiamen, China) ,  Liu Liqin (National Institute of Diagnostics and Vaccine Development in Infectious Disease, School of Life Sciences, Xiamen University, Xiamen, China) ,  Li Yuqian (National Institute of Diagnostics and Vaccine Development in Infectious Disease, School of Life Sciences, Xiamen University, Xiamen, China) ,  Kong Zhibo (National Institute of Diagnostics and Vaccine Development in Infectious Disease, School of Life Sciences, Xiamen University, Xiamen, China) ,  Zheng Qingbing (State Key Laboratory of Molecular Vaccinology and Molecular Diagnostics, School of Public Health, Xiamen University, Xiamen, China) ,  Wang Yingbin (State Key Laboratory of Molecular Vaccinology and Molecular Diagnostics, School of Public Health, Xiamen University, Xiamen, China) ,  Gu Ying (State Key Laboratory of Molecular Vaccinology and Molecular Diagnostics, School of Public Health, Xiamen University, Xiamen, China) ,  Gu Ying (National Institute of Diagnostics and Vaccine Development in Infectious Disease, School of Life Sciences, Xiamen University, Xiamen, China) ,  Xia Ningshao (State Key Laboratory of Molecular Vaccinology and Molecular Diagnostics, School of Public Health, Xiamen University, Xiamen, China) ,  Xia Ningshao (National Institute of Diagnostics and Vaccine Development in Infectious Disease, School of Life Sciences, Xiamen University, Xiamen, China) ,  Li Shaowei (State Key Laboratory of Molecular Vaccinology and Molecular Diagnostics, School of Public Health, Xiamen University, Xiamen, China) ,  Li Shaowei (National Institute of Diagnostics and Vaccine Development in Infectious Disease, School of Life Sciences, Xiamen University, Xiamen, China)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 21  号： 1  ページ： 1-11  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 大腸菌ER2566株(NC_CP014268.2)をBL21(DE3)誘導体株として開発し,組換蛋白質発現に広く使用されている。しかし,多くの他の現在のRefSeqアノテーションのように,ER2566株のアノテーションは不完全であり,欠損遺伝子名および誤細胞RNA,ならびにいくつかの偽遺伝子の未修正注釈であった。ここでは,E.coli ER2566株の包括的な理解を提供するため,複数の注釈ツールを手動の修正と組み合わせることにより,ER2566ゲノムの系統的再注釈を行い,外部圧下で適応した菌株を探索するため,ハイスループット配列決定を用いた。再注釈は,すべての蛋白質コード遺伝子に対する注目すべき補正を含み,190の仮想遺伝子または偽遺伝子の排除をもたらし,237のコード配列および230の誤細胞非コードRNAおよび2つのtRNAの付加をもたらした。さらに,Ref-seqアノテーションにおける194の偽遺伝子をさらに手動で検査し,コード遺伝子として123(63%)を直接同定した。次に,連続継代培養または過剰発現負荷下での変異適応を評価するために全ゲノム配列決定およびハイスループットRNA配列決定を用いた。連続した継代培養に応答して変異は検出されなかったが,ヒトパピローマウイルス16型カプシドの過剰発現は,転写RNAのlacI遺伝子から19bp離れた変異(位置1,094,824)を同定し,これはサンガー配列決定によりゲノムレベルでは検出されなかった。ER2566株は一般的な科学コミュニティとバイオテクノロジー産業の両方によって使用された。E.coli ER2566株の再生はRefSeqデータを改善するだけでなく,ラクトースオペロンレプレッサーをコードする遺伝子の転写と翻訳に関与する重要な部位を明らかにした。このパイプラインは,他の細菌ゲノムを高速かつ高精度に再注釈するための普遍的な方法を提供できることを提案した。本研究は,外部負荷下のER2566株の遺伝子機能のより良い理解を促進し,バイオテクノロジー応用に対する細菌工学のより多くの手がかりを提供した。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *大腸菌 ,  RNA【核酸】 ,  tRNA ,  遺伝子 ,  タンパク質 ,  *ゲノム ,  レプレッサー ,  継代培養 ,  カプシド ,  偽遺伝子 ,  *アノテーション ,  *トランスクリプトーム
準シソーラス用語： 非翻訳RNA ,  ハイスループット ,  *過剰発現 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： 大腸菌ER2566 ,  ゲノム再注釈 ,  トランスクリプトーム配列決定 ,  技術者の細菌

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (50件)：

• J Bacteriol; Escherichia coli physiology in Luria-Bertani broth; G Sezonov, D Joseleau-Petit, R D'Ari; 189; 23; 2007; 8746-8749; 10.1128/JB.01368-07; citation_id=CR1
• Biotechnol Adv; Growing E-coli to high cell density - a historical perspective on method development; J Shiloach, R Fass; 23; 5; 2005; 345-357; 10.1016/j.biotechadv.2005.04.004; citation_id=CR2
• Rosano GL, Ceccarelli EA. Recombinant protein expression in Escherichia coli: advances and challenges. Front Microbiol. 2014;5.
• Methods Mol Biol; Overcoming the solubility problem in E. coli: available approaches for recombinant protein production; A Correa, P Oppezzo; 1258; 2015; 27-44; 10.1007/978-1-4939-2205-5_2; citation_id=CR4
• PLoS One; EcoBLMcrX, a classical modification-dependent restriction enzyme in Escherichia coli B: characterization in vivo and in vitro with a new approach to cleavage site determination; A Fomenkov, Z Sun, DK Dila, BP Anton, RJ Roberts, EA Raleigh; 12; 6; 2017; 10.1371/journal.pone.0179853; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (5件)： Escherichia ,  ゲノム再配列 ,  アノテーション ,  過剰発現 ,  トランスクリプトーム