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J-GLOBAL ID：202102258206310465   整理番号：21A0898664

ナノポア配列決定による遺伝子組み換え植物における導入遺伝子挿入部位の迅速および詳細な特性化【JST・京大機械翻訳】

Rapid and Detailed Characterization of Transgene Insertion Sites in Genetically Modified Plants via Nanopore Sequencing

著者 (9件)： Giraldo Paula A. (Faculty of Veterinary and Agricultural Sciences, The University of Melbourne, Parkville, VIC, Australia) ,  Giraldo Paula A. (Agriculture Victoria Research, AgriBio, The Centre for AgriBioscience, Bundoora, VIC, Australia) ,  Shinozuka Hiroshi (Agriculture Victoria Research, AgriBio, The Centre for AgriBioscience, Bundoora, VIC, Australia) ,  Spangenberg German C. (Agriculture Victoria Research, AgriBio, The Centre for AgriBioscience, Bundoora, VIC, Australia) ,  Spangenberg German C. (AgriBio, The Centre for AgriBioscience, School of Applied Systems Biology, La Trobe University, Bundoora, VIC, Australia) ,  Smith Kevin F. (Faculty of Veterinary and Agricultural Sciences, The University of Melbourne, Parkville, VIC, Australia) ,  Smith Kevin F. (Agriculture Victoria Research, Hamilton, VIC, Australia) ,  Cogan Noel O. I. (Agriculture Victoria Research, AgriBio, The Centre for AgriBioscience, Bundoora, VIC, Australia) ,  Cogan Noel O. I. (AgriBio, The Centre for AgriBioscience, School of Applied Systems Biology, La Trobe University, Bundoora, VIC, Australia)
資料名： Frontiers in Plant Science (Web)  (Frontiers in Plant Science (Web))
巻： 11  ページ： 602313  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7094A  ISSN： 1664-462X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 遺伝的に改変された植物の分子特性化は,検出と同定法の開発に重要な情報を提供し,トレーサビリティに準拠し,商業化の前にラベル付け要求に応える。遺伝的修飾の詳細な記述は,手作業と時間のかかる技術の使用を必要とするので,安全性評価において以前に挑戦的な段階であった。本研究では,遺伝的に修飾した(GM)植物の分子特性化のために,限られたバイオインフォマティクス能力を有する研究者のためのユーザフレンドリーなワークフローに従って,正確で簡単で迅速な方法を開発した。作物種-多年生ライグラス,シロクローバおよびカノーラの多様な配列からの3つのGM事象を用いて,Oxford Nanopore TechnologiesからMinION装置による長リード配列を利用する方法を試験した。この方法は,標準的なIllumina短範囲配列決定戦略で以前に可能になったよりも,宿主ゲノム内のトランスジェニック事象のより高い分解能を示した。隣接配列,コピー数,および骨格配列の存在,および全体的導入遺伝子挿入構造を,以前に見逃された中程度のサイズの二次挿入の付加的同定により,各植物ゲノムについて決定した。提案したワークフローは,DNA抽出から分析結果まで約1週間しかなく,その方法は,プロセスがより速く,より簡単で,より費用対効果が高いので,GM植物の分子特性化のための既存のアプローチを補完するであろう。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 農作物 ,  *遺伝 ,  クローバ ,  ゲノム ,  シロツメクサ ,  コピー数 ,  *トランスジェニック植物 ,  ドクムギ属 ,  カノーラ ,  ワークフロー
準シソーラス用語： *導入遺伝子 ,  費用対効果 ,  バイオインフォマティクス ,  *ナノ細孔 ,  DNA抽出 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： シーケンス ,  GMO ,  ペレニアルライグラス ,  カノーラ ,  クローバ ,  トランスジェニック ,  ミニオン

分類 (2件)： 作物の品種改良  (FC02030G) ,  分子遺伝学一般  (EC02010J)

引用文献 (45件)：

• AppelsR.EversoleK.FeuilletC.KellerB.RogersJ.SteinN. (2018). Shifting the limits in wheat research and breeding using a fully annotated reference genome. Science 361 eaar7191.
• ArulandhuA. J.van DijkJ. P.DobnikD.Holst-JensenA.ShiJ.ZelJ. (2016). DNA enrichment approaches to identify unauthorized genetically modified organisms (GMOs). Anal. Bioanal. Chem. 408 4575-4593. doi: 10.1007/s00216-016-9513-0 27086015
• BennettM. D.LeitchI. J. (2011). Nuclear DNA amounts in angiosperms: targets, trends and tomorrow. Ann. Bot. 107 467-590. doi: 10.1093/aob/mcq258 21257716
• BoutignyA. L.FioritiF.RollandM. (2020). Targeted MinION sequencing of transgenes. Sci. Rep. 10 15144. doi: 10.1038/s41598-020-71614-6 32934250
• ByrneS. L.NagyI.PfeiferM.ArmsteadI.SwainS.StuderB. (2015). A synteny-based draft genome sequence of the forage grass Lolium perenne. Plant J. 84 816-826. doi: 10.1111/tpj.13037 26408275

タイトルに関連する用語 (5件)： ナノポア ,  遺伝子組み換え植物 ,  導入遺伝子 ,  挿入部 ,  特性化