文献

J-GLOBAL ID：202102258885652964   整理番号：21A1152224

CMEIAS生物画像情報学によって解析した河川生物膜構造と生態学の地球微生物学に及ぼす基層疎水性の影響【JST・京大機械翻訳】

Influence of Substratum Hydrophobicity on the Geomicrobiology of River Biofilm Architecture and Ecology Analyzed by CMEIAS Bioimage Informatics

著者 (9件)： Dazzo Frank B. ,  Sexton Rachel ,  Jain Arham ,  Makhoul Arthur ,  Shears Michael ,  Gusfa Donald ,  Handelsman Shane ,  Niccum Brighid ,  Onsay Daphne
資料名： Geosciences (Web)  (Geosciences (Web))
巻： 7  号： 3  ページ： 56  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7195A  ISSN： 2076-3263  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 陸上および淡水生態系における微生物地理は,主に群集生物膜のライフスタイルによって支配されている。ここでは,河川生物膜構造と生態学の包括的分析のためのCMEES(微生物生態学画像分析システムのためのCenter)バイオ画像情報学ソフトウェアを用いたコンピュータ支援顕微鏡の応用について述べた。天然生物膜を,ミシガン州立大学キャンパスを流れる赤セダー川に浸漬したプレーンホウケイ酸ガラスと透明ポリスチレンの顕微鏡スライド上に4日間夏日開発した。バイオフィルムコミュニティの画像は,微小コロニーと個々の細胞の詳細を明らかにする空間分解能で明視野と位相コントラスト顕微鏡を用いて取得し,次に,関心のある前景オブジェクトにディジタル分割した。それらのサイズ,豊度,表面テクスチャ,輪郭形態,フラクタル幾何学,生態生理学,および景観/空間生態学の表現型特徴をデジタル的に抽出し,多くの識別統計的検定によって評価した。結果は,河川生物膜構造が,in situで有意な地理空間構造を示し,その生産性とコロニー形成強度,形態学的多様性/優性/条件的希少性,栄養配分/取込効率/利用,形態/代謝活性,飢餓とバクテリオストレスに対する応答,分布/分散/連結性の空間パターン,および,それらの生態学的ニッチに直接関連する現実世界空間スケールでの協同/コンフリクト細胞-細胞相互作用の内挿自己相関を含む,生物膜発達と生態学に及ぼす多くの洞察を与えたことを示した.。”その生産性とコロニー化強度,形態多様性/優性/条件,栄養配分/取込効率/利用,全量/代謝活性,飢餓とバクテリオストレスに対する反応,分布/分散/連結性の空間的なパターン,および,それらの生態学的ニッチに直接的に関連した。河川生態系における発達の初期未成熟段階中の生物膜について,下層物理化学の有意な影響を明らかにした。バイオイメージインフォマティクスは,ミクロコロニーと単一細胞解像度での表現型分析に適した空間スケールで調べるとき,in situでバイオフィルムの微生物生態学と微生物生態学を理解する上で大きなギャップを埋めることができる。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 相互作用 ,  *微生物 ,  ポリスチレン ,  *河川 ,  内挿法 ,  *疎水性 ,  表現型 ,  夏 ,  ソフトウェア ,  コロニー ,  *生態学 ,  生態系 ,  画像分析 ,  *生物膜 ,  モルフォロジー

著者キーワード (7件)： CMEIAS ,  バイオ画像情報学 ,  バイオフィルムアーキテクチャ ,  コロニー形成行動 ,  画像解析 ,  生態生理学 ,  空間生態学

分類 (3件)： 微生物の生態  (EG03040J) ,  生体の顕微鏡観察法  (EA03050C) ,  下水,廃水の生物学的処理  (SC03060H)

引用文献 (81件)：

• Dazzo, F.B.; McGarrell, D. Center for Microbial Ecology Image Analysis System. Michigan State University: East Lansing, MI, USA. Available online: http://cme.msu.edu/cmeias/ (accessed on 27 April 2017).
• Liu, J.; Dazzo, F.B.; Glagoleva, O.; Yu, B.; Jain, A. CMEIAS: A computer-aided system for the image analysis of bacterial morphotypes in microbial communities. Microb. Ecol. 2001, 41, 173-194.
• Hashsham, S.; Fernandez, A.; Dollhopf, S.; Dazzo, F.B.; Hickey, R.; Tiedje, J.M.; Criddle, C.S. Parallel processing of substrate correlates with greater functional stability in methanogenic bioreactor communities perturbed by glucose. Appl. Environ. Microbiol. 2000, 66, 4050-4057.
• Fernandez, A.; Hashsham, S.; Dollhopf, D.; Raskin, L.; Glagoleva, O.; Dazzo, F.B.; Hickey, R.; Tiedje, J.M.; Criddle, C.S. Flexible community structure correlates with stable community function in methanogenic bioreactor communities perturbed by glucose. Appl. Environ. Microbiol. 2000, 66, 4058-4067.
• Dazzo, F.B.; Klemmer, K.J.; Chandler, R.; Yanni, Y.G. In situ ecophysiology of microbial biofilm communities analyzed by CMEIAS computer-assisted microscopy at single-cell resolution. Diversity 2013, 5, 426-460.

タイトルに関連する用語 (9件)： 生物 ,  画像情報 ,  解析 ,  河川 ,  生物膜 ,  生態 ,  地球微生物学 ,  基層 ,  疎水性