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J-GLOBAL ID：202102259244137385   整理番号：21A0017752

在来種と改良品種に由来するトウジンビエ近交系におけるゲノム多様性【JST・京大機械翻訳】

Genomic diversity in pearl millet inbred lines derived from landraces and improved varieties

著者 (8件)： Kanfany Ghislain (Institut Senegalais de Recherches Agricoles (ISRA), Centre National de Recherches Agronomiques de Bambey, Diourbel, Senegal) ,  Serba Desalegn D. (Agricultural Research Center-Hays, Kansas State University, Hays, USA) ,  Rhodes Davina (Department of Agronomy, Kansas State University, Manhattan, USA) ,  Amand Paul St. (Hard Winter Wheat Genetics Research Unit, USDA-ARS, Manhattan, USA) ,  Bernardo Amy (Hard Winter Wheat Genetics Research Unit, USDA-ARS, Manhattan, USA) ,  Gangashetty Prakash I (International Crops Research Institute for the Semi-Arid Tropics (ICRISAT), Niamey, Niger) ,  Kane Ndjido Ardo (Institut Senegalais de Recherches Agricoles/Centre d’Etude Regional pour l’Amelioration de l’Adaptation a la Secheresse (ISRA/CERAAS), Thies, Senegal) ,  Bai Guihua (Hard Winter Wheat Genetics Research Unit, USDA-ARS, Manhattan, USA)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 21  号： 1  ページ： 1-12  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 真珠キビの遺伝子改良は,大部分の主要な作物の遅れている。ゲノム資源の開発は,改善された農業形質,ストレス耐性,収量および栄養品質のための育種を促進することが期待される。ハイスループットマーカーを有する育種集団を遺伝子型決定することは,マーカー-形質関連研究およびゲノム支援育種の応用のための重要な前luである遺伝的多様性,個体群構造,および連鎖不均衡(LD)の調査を可能にする。アフリカとインドからの在来種と改良品種に由来する309の近交系の遺伝子タイピング(GBS)ライブラリーは,54,770の高品質一塩基多型(SNP)マーカーを生成した。29Kb当たりの平均1SNPは参照ゲノムにマッピングされ,テロメア領域は染色体の動原体周囲領域より高密度にマッピングされた。ゲノムに均等に分布した30208のSNPを用いた個体群構造解析は,異なるレベルの混和物を有する5つの亜集団に309の系統を分割した。系統間のペアワイズ遺伝距離(GD)は,0.28の平均距離で0.09から0.33まで変化した。急速なLD減衰は,一緒に継承されたマーカーの低い傾向を意味した。遺伝的分化推定値はサブグループ4と5の間で最も高く,サブグループ1と2の間で最も低かった。多様な地理的および農業生態学的特徴に由来するトウジンコの近交系の個体群ゲノム解析は,異なるレベルの混和物との系統差に従って,主に5つのサブグループを同定した。また,雑種育種,形質マッピング,および収量と栄養品質のための真珠キビの改良のために有望性を持つ,真珠キビにおける高い遺伝的多様性の有病率を明らかにした。観察された短いLD減衰は,真珠キビにおける持続的ハプロタイプブロックの欠如を示唆する。これらの系統の多様な遺伝的背景とそれらの低いLDは,形質マッピングに有用な生殖質のセットを作る。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 農作物 ,  遺伝子 ,  *ゲノム ,  育種 ,  系統差 ,  個体群 ,  真珠 ,  テロメア ,  *在来種 ,  一塩基多型
準シソーラス用語： 連鎖不平衡 ,  遺伝距離 ,  個体群構造 ,  農業形質 ,  *近交系 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： 遺伝的多様性 ,  集団構造 ,  Pennisetum glaucum ,  Cenchrus americanus ,  遺伝子タイピング ,  SNP ,  連鎖不均衡

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (41件)：

• Genome Res; Fast model-based estimation of ancestry in unrelated individuals; DH Alexander, J Novembre, K Lange; 19; 9; 2009; 1655-1664; citation_id=CR1
• Emir J Food Agri; Millets: nutritional composition, some health benefits and processing - a review; I Amadou, ME Gounga, GW Le; 25; 7; 2013; 501-508; citation_id=CR2
• Begun DJ, Aquadro CF. Levels of naturally occurring DNA polymorphism correlate with recombination rates in D. melanogaster. 1992, Nature;356(6369):519-20 Available at https://doi.org/10.1038/356519a0.
• Genetics; Marker density and read depth for genotyping populations using genotyping-by-sequencing; TM Beissinger, CN Hirsch, RS Sekhon, JM Foerster, JM Johnson, G Muttoni, B Vaillancourt, CR Buell, SM Kaeppler, N Leon; 193; 4; 2013; 1073; citation_id=CR4
• Genome Biol; Genomics reveals new landscapes for crop improvement; MW Bevan, C Uauy; 14; 6; 2013; 206; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (5件)： 在来種 ,  トウジンビエ ,  近交系 ,  ゲノム ,  多様性