文献

J-GLOBAL ID：202102259727072094   整理番号：21A0099057

単一表皮試料からの分子時計相の集団ベース遺伝子発現シグネチャ【JST・京大機械翻訳】

A population-based gene expression signature of molecular clock phase from a single epidermal sample

著者 (9件)： Wu Gang (Divisions of Human Genetics and Immunobiology, Center for Circadian Medicine, Department of Pediatrics, Cincinnati Children’s Hospital Medical Center, Cincinnati, USA) ,  Ruben Marc D. (Divisions of Human Genetics and Immunobiology, Center for Circadian Medicine, Department of Pediatrics, Cincinnati Children’s Hospital Medical Center, Cincinnati, USA) ,  Francey Lauren J. (Divisions of Human Genetics and Immunobiology, Center for Circadian Medicine, Department of Pediatrics, Cincinnati Children’s Hospital Medical Center, Cincinnati, USA) ,  Smith David F. (Divisions of Pediatric Otolaryngology, Pulmonary Medicine, and the Sleep Center, Cincinnati Children’s Hospital Medical Center, Cincinnati, USA) ,  Smith David F. (Department of Otolaryngology-Head and Neck Surgery, University of Cincinnati College of Medicine, Cincinnati, USA) ,  Sherrill Joseph D. (The Procter and Gamble Company, Mason Business Center, Mason, USA) ,  Oblong John E. (The Procter and Gamble Company, Mason Business Center, Mason, USA) ,  Mills Kevin J. (The Procter and Gamble Company, Mason Business Center, Mason, USA) ,  Hogenesch John B. (Divisions of Human Genetics and Immunobiology, Center for Circadian Medicine, Department of Pediatrics, Cincinnati Children’s Hospital Medical Center, Cincinnati, USA)
資料名： Genome Medicine (Web)  (Genome Medicine (Web))
巻： 12  号： 1  ページ： 1-12  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7320A  ISSN： 1756-994X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 薬物を服用するか,または処置を受ける場合のような健康に影響する概日医学では,分子時計相のバイオマーカーは,容易に測定でき,広い集団にわたって一般化可能である。どの概日バイオマーカーもこれらの基準を満たすことは明らかではない。縦(n=20)と集団(n=154)データの両方を用いて,3つの異なる身体部位でヒト真皮と表皮における24時間分子リズムを分析した。周期的構造(CYCLOPS)による周期的順序付けを適用し,生検時間が記録されない集団試料を順序付けした。CYCLOPS予測相を用いて,ZeitZeigerを用いてクロック相の潜在的バイオマーカーを発見した。Circadian時計機能は,身体部位に関係なく,表皮で最も強かった。表皮-皮膚の最も表面的な層の単一試料から3時間以内の分子時計相(平均誤差=2.5時間)を報告した12遺伝子発現シグネチャを同定した。このセットは,身体部位,年齢,性別,および検出プラットフォームを良好に実施した。本研究は,表皮の時計が身体部位に関係なく真皮よりロバストであることを示した。多様な集団,疾患および実験計画におけるこの推定バイオマーカーの進行中の検証を奨励するために,著者らは,データセット(https://github.com/gangwug/SkinPhaser)におけるバイオマーカー性能をテストするために,ユーザーフレンドリーなアプリケーションを開発した。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 実験計画法 ,  クロック ,  真皮 ,  ヒト ,  応用プログラム ,  身体部位 ,  生検 ,  周期構造 ,  ロバスト性 ,  *遺伝子発現 ,  バイオマーカー
準シソーラス用語： *分子時計 ,  ユーザフレンドリ性 ,  順序づけ ,  リズム , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 皮膚 ,  真皮 ,  表皮 ,  概日医学 ,  集団リズム ,  概日バイオマーカー

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  植物生理学一般  (EH02010Y)

引用文献 (43件)：

• Science.; Dosing time matters; MD Ruben, DF Smith, GA FitzGerald, JB Hogenesch; 365; 2019; 547-549; 10.1126/science.aax7621; citation_id=CR1
• Trends Mol Med.; Dosing-time makes the poison: circadian regulation and pharmacotherapy; R Dallmann, A Okyar, F Lévi; 22; 2016; 430-445; 10.1016/j.molmed.2016.03.004; citation_id=CR2
• Proc Natl Acad Sci U S A.; A circadian gene expression atlas in mammals: implications for biology and medicine; R Zhang, NF Lahens, HI Ballance, ME Hughes, JB Hogenesch; 111; 2014; 16219-16224; 10.1073/pnas.1408886111; citation_id=CR3
• Sci Transl Med; A database of tissue-specific rhythmically expressed human genes has potential applications in circadian medicine; MD Ruben, G Wu, DF Smith, RE Schmidt, LJ Francey, YY Lee; 10; 2018; eaat8806; 10.1126/scitranslmed.aat8806; citation_id=CR4
• Chronobiol Int.; Social jetlag: misalignment of biological and social time; M Wittmann, J Dinich, M Merrow, T Roenneberg; 23; 2006; 497-509; 10.1080/07420520500545979; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (6件)： 表皮 ,  試料 ,  分子時計 ,  集団 ,  遺伝子発現 ,  シグネチャ