文献

J-GLOBAL ID：202102261094760901   整理番号：21A0099931

重慶におけるMycobacterium tuberculosisの北京とTファミリーの2つの異なるクレードの局所適応進化:Bayes集団構造と系統学的研究【JST・京大機械翻訳】

Local adaptive evolution of two distinct clades of Beijing and T families of Mycobacterium tuberculosis in Chongqing: a Bayesian population structure and phylogenetic study

著者 (14件)： Liang Peng-Kuan (Key Laboratory of Bio-resources and Eco-environment of the Ministry of Education, College of Life Sciences, Sichuan University, Chengdu, People’s Republic of China) ,  Zheng Chao (Key Laboratory of Bio-resources and Eco-environment of the Ministry of Education, College of Life Sciences, Sichuan University, Chengdu, People’s Republic of China) ,  Zheng Chao (Bacteriology & Antibacterial Resistance Surveillance Laboratory, Shenzhen Institute of Respiratory Disease, Shenzhen People’s Hospital, Second Clinical Medical College of Jinan University, First Affiliated Hospital of SUSTC, Shenzhen, China) ,  Zheng Chao (Integrated Chinese and Western Medicine Postdoctoral Research Station, Jinan University, Guangzhou, China) ,  Xu Xiao-Fang (Key Laboratory of Bio-resources and Eco-environment of the Ministry of Education, College of Life Sciences, Sichuan University, Chengdu, People’s Republic of China) ,  Zhao Zhe-Ze (Key Laboratory of Bio-resources and Eco-environment of the Ministry of Education, College of Life Sciences, Sichuan University, Chengdu, People’s Republic of China) ,  Zhao Zhe-Ze (School of Life Sciences and State Key Laboratory of Agrobiotechnology, The Chinese University of Hong Kong, Shatin, Hong Kong, China) ,  Zhao Chang-Song (Key Laboratory of Bio-resources and Eco-environment of the Ministry of Education, College of Life Sciences, Sichuan University, Chengdu, People’s Republic of China) ,  Li Chang-He (Key Laboratory of Bio-resources and Eco-environment of the Ministry of Education, College of Life Sciences, Sichuan University, Chengdu, People’s Republic of China) ,  Couvin David (WHO Supranational TB Reference Laboratory, Unite de la Tuberculose et des Mycobacteries, Institut Pasteur de Guadeloupe, Abymes Cedex, France) ,  Reynaud Yann (WHO Supranational TB Reference Laboratory, Unite de la Tuberculose et des Mycobacteries, Institut Pasteur de Guadeloupe, Abymes Cedex, France) ,  Zozio Thierry (WHO Supranational TB Reference Laboratory, Unite de la Tuberculose et des Mycobacteries, Institut Pasteur de Guadeloupe, Abymes Cedex, France) ,  Rastogi Nalin (WHO Supranational TB Reference Laboratory, Unite de la Tuberculose et des Mycobacteries, Institut Pasteur de Guadeloupe, Abymes Cedex, France) ,  Sun Qun (Key Laboratory of Bio-resources and Eco-environment of the Ministry of Education, College of Life Sciences, Sichuan University, Chengdu, People’s Republic of China)
資料名： Infectious Diseases of Poverty (Web)  (Infectious Diseases of Poverty (Web))
巻： 9  号： 1  ページ： 1-9  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7496A  ISSN： 2049-9957  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Beijing sub-pedigree 2(BSP2)とT sub-lineage 6(TSL6)は,それぞれ,Beijing(北京)とTファミリーに属する2つの分岐群であり,それぞれ,タンデム反復(MIRU-VNTR)の24-位置マイコバクテリア相互分散反復単位可変数に基づくBayes集団構造解析により定義される。グローバルに,BSP2の99%以上とTSL6分離株の89%がChongqingに分布し,それらの可能な局所適応進化を示唆した。本論文の目的は,BSP2とTSL6がChongqing(重慶)のBeijing(北京)とTファミリーの特異的分離株からのそれらの局所的適応進化に起因するかどうかを探究することである。16090MTB分離株の遺伝子タイピングデータを,実験室収集,公表文献,およびSITVITデータベースから24-loci MIRU-VNTRに基づくBayes個体群構造分析の前に収集した。スペーサーオリゴヌクレオチド森林(Spoligo森林)と24-loci MIRU-VNTRに基づく最小スパニング木(MST)を用いて,TSL6の最近の人口統計学的変化を探索するために,Bayes個体群統計学分析によるそれらの系統発生経路を調べた。系統解析は,Chongqing(重慶)におけるBSP2とTSL6が,それぞれ,BSP4とTSL5から進化し,それは,チベットと江蘇省で,それぞれ局所的に優勢であったことを示唆した。Spoligo森林は,北京とTファミリーが遺伝的に離れている一方,BSP2とTSL6のMIRU-VNTRパターンの収束がWebLogoによって明らかにされたことを示した。人口統計学的分析は,TSL6の最近の人口統計的変化が111.25年を取る可能性があると結論した。BSP2とTSL6クレードは,Chongqing(重慶)におけるそれらの局所適応進化によって,それぞれBSP4とTSL5から生じる可能性がある。本研究は,MIRU-VNTRが,特に同じMIRU-VNTRパターンを持つクレードのファミリーに対して,より包括的な遺伝子型決定アプローチのための他のロバストなマーカーと併用されることを示唆する。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： データベース ,  遺伝 ,  系統発生 ,  *結核菌 ,  *Mycobacterium ,  個体群 ,  チベット自治区 ,  スパンニング木 ,  ロバスト性
準シソーラス用語： VNTR ,  系統解析 ,  *クレード ,  *適応進化 ,  遺伝子タイピング ,  分離株 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： Mycobacterium tuberculosis ,  局所適応進化 ,  MIRU-VNTR ,  Bayes集団構造解析 ,  系統発生解析

分類 (2件)： 微生物感染の生理と病原性  (EG03053T) ,  進化論一般  (EC03010Q)

引用文献 (44件)：

• Global tuberculosis report 2019; 2019; citation_id=CR1
• Bull World Health Organ; Poverty, equity, human rights and health; P Braveman, S Gruskin; 81; 7; 2003; 539-545; citation_id=CR2
• Infect Genet Evol; Molecular typing and drug susceptibility of Mycobacterium tuberculosis isolates from Chongqing municipality, China; D Zhang, J An, J Wang, C Hu, Z Wang, R Zhang; 13; 2013; 310-316; 10.1016/j.meegid.2012.10.008; citation_id=CR3
• Semin Immunol; Consequences of genomic diversity in Mycobacterium tuberculosis; M Coscolla, S Gagneux; 26; 6; 2014; 431-444; 10.1016/j.smim.2014.09.012; citation_id=CR4
• Nat Commun; A robust SNP barcode for typing Mycobacterium tuberculosis complex strains; F Coll, R McNerney, JA Guerra-Assuncao, JR Glynn, J Perdigao, M Viveiros; 5; 2014; 4812; 10.1038/ncomms5812; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (10件)： 重慶 ,  Mycobacterium ,  北京 ,  ファミリー ,  クレード ,  局所適応 ,  進化 ,  集団構造 ,  系統学 ,  研究