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J-GLOBAL ID：202102261273432220   整理番号：21A2237922

フッ素化糖模倣体とDC-SIGNの相互作用:NMR法とMDシミュレーションの組み合わせにより解かれた多重結合モード【JST・京大機械翻訳】

The Interaction of Fluorinated Glycomimetics with DC-SIGN: Multiple Binding Modes Disentangled by the Combination of NMR Methods and MD Simulations

著者 (13件)： Martinez J. Daniel (CIC bioGUNE, Basque Research Technology Alliance, BRTA, Bizkaia Technology park, Building 800, 48160 Derio, Spain) ,  Infantino Angela S. (Centre for Synthesis and Chemical Biology, University College Dublin, Belfield, Dublin 4, Ireland) ,  Valverde Pablo (CIC bioGUNE, Basque Research Technology Alliance, BRTA, Bizkaia Technology park, Building 800, 48160 Derio, Spain) ,  Diercks Tammo (CIC bioGUNE, Basque Research Technology Alliance, BRTA, Bizkaia Technology park, Building 800, 48160 Derio, Spain) ,  Delgado Sandra (CIC bioGUNE, Basque Research Technology Alliance, BRTA, Bizkaia Technology park, Building 800, 48160 Derio, Spain) ,  Reichardt Niels-Christian (CIC biomaGUNE, Basque Research Technology Alliance, BRTA, Miramon Park, 20014 San Sebastian, Spain) ,  Arda Ana (CIC bioGUNE, Basque Research Technology Alliance, BRTA, Bizkaia Technology park, Building 800, 48160 Derio, Spain) ,  Canada Francisco Javier (Centro de Investigaciones Biologicas Margarita Salas, CSIC, Ramiro de Maeztu 9, 28040 Madrid, Spain) ,  Canada Francisco Javier (CIBER de Enfermedades Respiratorias (CIBERES), Avda Monforte de Lemos 3-5, 28029 Madrid, Spain) ,  Oscarson Stefan (Centre for Synthesis and Chemical Biology, University College Dublin, Belfield, Dublin 4, Ireland) ,  Jimenez-Barbero Jesus (CIC bioGUNE, Basque Research Technology Alliance, BRTA, Bizkaia Technology park, Building 800, 48160 Derio, Spain) ,  Jimenez-Barbero Jesus (Ikerbasque, Basque Foundation for Science, 48009 Bilbao, Spain) ,  Jimenez-Barbero Jesus (Deptartment Organic Chemistry II, Faculty of Science and Technology, UPV-EHU, 48940 Leioa, Spain)
資料名： Pharmaceuticals (Web)  (Pharmaceuticals (Web))
巻： 13  号： 8  ページ： 179  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7257A  ISSN： 1424-8247  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： フッ素化糖模倣体はしばしば蛋白質グリカン相互作用を研究し,最終的に調節するために使用される。しかしながら,複雑なグリカンとそれらの糖模倣体は,蛋白質リガンド複合体の完全な画像へのアクセスを非常に複雑にする複数の結合エピトープを示す。ここでは,ヒト糖蛋白質に遍在するトリマンノシドコアの三フッ化糖模倣体による炎症および感染事象に関与する重要なレクチンであるDC-SIGN間の相互作用を分析するために適用した,実験的19Fに基づく飽和移動差(STD)NMRデータと計算プロトコルとの相乗的組合せに基づく新しい方法論を提示した。新しい2D-STD-TOCSYreF NMR実験を用いて,実験的STD NMR強度を得たが,完全緩和マトリックス解析(CORCEMA-ST)を用いて,広範なMDシミュレーションから抽出した形状の集合に対して期待されるものを予測した。次に,理論的と観察されたSTDデータの間の最良の適合を提供する構造のアンサンブルを見つけるために,インハウスビルコンピュータプログラムを考案した。注目すべきことに,配位子/DC-SIGN複合体に対して得られた実験的STDプロファイルは,単一結合モードでは満足に説明できなかったが,むしろ溶液中で共存する異なるモードの組み合わせによっては説明できなかった。したがって,この方法は,溶液中に存在するそれらのリガンド受容体錯体の正確な見解を提供する。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *NMR【磁気共鳴】 ,  計算機プログラム ,  *相互作用 ,  *フッ素化 ,  炎症 ,  ヒト ,  複合体 ,  レクチン ,  緩和現象 ,  マンノシド ,  二次元 ,  エピトープ
準シソーラス用語： *分子動力学シミュレーション ,  グリカン ,  *結合モード , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (10件)： NMR ,  分子認識 ,  グリカン ,  レクチン ,  STD-NMR ,  DC-SIGN ,  糖模倣体 ,  CORCEMA ,  MDシミュレーション ,  フッ素化炭水化物

分類 (2件)： 糖質・糖鎖一般  (EB06010I) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

引用文献 (61件)：

• Reily, C.; Stewart, T.J.; Renfrow, M.B.; Novak, J. Glycosylation in health and disease. Nat. Rev. Nephrol. 2019, 15, 346-366.
• André, S.; Kaltner, H.; Manning, J.C.; Murphy, P.V.; Gabius, H.J. Lectins: Getting familiar with translators of the sugar code. Molecules 2015, 20, 1788-1823.
• Rodríguez, E.; Schetters, S.T.T.; Van Kooyk, Y. The tumour glyco-code as a novel immune checkpoint for immunotherapy. Nat. Rev. Immunol. 2018, 18, 204-211.
• van Kooyk, Y.; Rabinovich, G.A. Protein-glycan interactions in the control of innate and adaptive immune responses. Nat. Immunol. 2008, 9, 593-601.
• Kleene, R.; Schachner, M. Glycans and neural cell interactions. Nat. Rev. Neurosci. 2004, 5, 195-208.

タイトルに関連する用語 (9件)： フッ素化 ,  模倣 ,  DC-SIGN ,  相互作用 ,  NMR ,  MDシミュレーション ,  組み合わせ ,  多重 ,  結合モード