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J-GLOBAL ID：202102261590366863   整理番号：21A0720085

グラフェンナノ細孔を用いたtRNA修飾検出:シミュレーション研究【JST・京大機械翻訳】

tRNA Modification Detection Using Graphene Nanopores: A Simulation Study

著者 (8件)： Onanuga Khadijah (SUNY Polytechnic Institute, Colleges of Nanoscale Science and Engineering, 257 Fuller Road, Albany, NY, 12203, USA) ,  Onanuga Khadijah (Department of Biology, University at Albany, State University of New York, 1400 Washington Avenue, Albany, NY 12222, USA) ,  Begley Thomas J. (SUNY Polytechnic Institute, Colleges of Nanoscale Science and Engineering, 257 Fuller Road, Albany, NY, 12203, USA) ,  Begley Thomas J. (Department of Biology, University at Albany, State University of New York, 1400 Washington Avenue, Albany, NY 12222, USA) ,  Begley Thomas J. (The RNA Institute, University at Albany, State University of New York, 1400 Washington Avenue, Albany, NY 12222, USA) ,  Chen Alan A. (The RNA Institute, University at Albany, State University of New York, 1400 Washington Avenue, Albany, NY 12222, USA) ,  Chen Alan A. (Department of Chemistry, University at Albany, State University of New York, 1400 Washington Avenue, Albany, NY 12222, USA) ,  Ranganathan Srivathsan V. (The RNA Institute, University at Albany, State University of New York, 1400 Washington Avenue, Albany, NY 12222, USA)
資料名： Biomolecules (Web)  (Biomolecules (Web))
巻： 7  号： 3  ページ： 65  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7148A  ISSN： 2218-273X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 転写RNA(tRNA)分子には100以上の酵素触媒修飾がある。wobble ウリジン(U)修飾のレベルと同一性は環境条件と病的状態に影響され,wobble U検出は曝露と病的状態に対する潜在的バイオマーカーである。RNA修飾の現在の検出は,バルク試料中のヌクレオシドによる作用を必要とする。ナノポア検出技術はtRNA修飾を検出する可能性を有する単一分子アプローチを用いる。このアプローチの実現可能性を評価するために,正準および修飾ウリジンヌクレオシドを局在化することにより5層グラフェンナノポアの全原子分子動力学(MD)シミュレーション研究を行った。2Vを超えない印加正および負のバイアスを有する1M KCl溶液中で,ナノ細孔はナノポアの抵抗の変化に基づいて,5-カルボニルメチルウリジン(cm5U),5-メトキシカルボニルメチルウリジン(mcm5U),5-メトキシカルボニルメチル-2-チオウリジン(mcm5s2U)および5-メトキシカルボニルメチル-2′-O-メチルウリジン(mcm5Um)からUを区別できることを見出した。特に,直径3nm以下のナノポアでは,局在化mcm5Umとmcm5U修飾が正準ウリジンと明確に区別できるが,他の修飾は,それらのそれぞれのナノポアコンダクタンスの中程度だが検出可能な減少を示した。tRNA修飾検出のためのグラフェンナノポアデバイスの設計,最適化,および製作を助けるために,種々のサイズのナノ細孔間の結果を比較した。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 最適化 ,  *シミュレーション ,  *RNA【核酸】 ,  *tRNA ,  ヌクレオシド ,  検出法 ,  分子動力学 ,  バイオマーカー ,  コンダクタンス ,  *グラフェン ,  ピリミジンヌクレオシド ,  リボヌクレオシド
準シソーラス用語： 単一分子 ,  環境条件 ,  *ナノ細孔 ,  酵素触媒 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： tRNA修飾 ,  グラフェン ,  ナノポア ,  ウォブルウリジン

分類 (2件)： 核酸一般  (EB04010U) ,  ヌクレオシド,ヌクレオチド  (CF10060K)

物質索引 (1件)： ウリジン

引用文献 (60件)：

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タイトルに関連する用語 (6件)： グラフェン ,  ナノ細孔 ,  tRNA ,  修飾 ,  シミュレーション ,  研究