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J-GLOBAL ID：202102261758539046   整理番号：21A0116376

BGVD:ウシ配列決定変異と選択的署名のための統合データベース【JST・京大機械翻訳】

BGVD:An Integrated Database for Bovine Sequencing Variations and Selective Signatures

著者 (10件)： Ningbo Chen (KEY LABORATORY OF ANIMAL GENETICS, BREEDING AND REPRODUCTION OF SHAANXI PROVINCE, COLLEGE OF ANIMAL SCIENCE AND TECHNOLOGY, NORTHWEST A&F UNIVERSITY, YANGLING 712100, CHINA) ,  Weiwei Fu (KEY LABORATORY OF ANIMAL GENETICS, BREEDING AND REPRODUCTION OF SHAANXI PROVINCE, COLLEGE OF ANIMAL SCIENCE AND TECHNOLOGY, NORTHWEST A&F UNIVERSITY, YANGLING 712100, CHINA) ,  Jianbang Zhao (COLLEGE OF INFORMATION ENGINEERING, NORTHWEST A&F UNIVERSITY, YANGLING 712100, CHINA) ,  Jiafei Shen (KEY LABORATORY OF ANIMAL GENETICS, BREEDING AND REPRODUCTION OF SHAANXI PROVINCE, COLLEGE OF ANIMAL SCIENCE AND TECHNOLOGY, NORTHWEST A&F UNIVERSITY, YANGLING 712100, CHINA) ,  Qiuming Chen (KEY LABORATORY OF ANIMAL GENETICS, BREEDING AND REPRODUCTION OF SHAANXI PROVINCE, COLLEGE OF ANIMAL SCIENCE AND TECHNOLOGY, NORTHWEST A&F UNIVERSITY, YANGLING 712100, CHINA) ,  Zhuqing Zheng (KEY LABORATORY OF ANIMAL GENETICS, BREEDING AND REPRODUCTION OF SHAANXI PROVINCE, COLLEGE OF ANIMAL SCIENCE AND TECHNOLOGY, NORTHWEST A&F UNIVERSITY, YANGLING 712100, CHINA) ,  Hong Chen (KEY LABORATORY OF ANIMAL GENETICS, BREEDING AND REPRODUCTION OF SHAANXI PROVINCE, COLLEGE OF ANIMAL SCIENCE AND TECHNOLOGY, NORTHWEST A&F UNIVERSITY, YANGLING 712100, CHINA) ,  Tad S. Sonstegard (RECOMBINETICS, ST PAUL, MN55104, USA) ,  Chuzhao Lei (KEY LABORATORY OF ANIMAL GENETICS, BREEDING AND REPRODUCTION OF SHAANXI PROVINCE, COLLEGE OF ANIMAL SCIENCE AND TECHNOLOGY, NORTHWEST A&F UNIVERSITY, YANGLING 712100, CHINA) ,  Yu Jiang (KEY LABORATORY OF ANIMAL GENETICS, BREEDING AND REPRODUCTION OF SHAANXI PROVINCE, COLLEGE OF ANIMAL SCIENCE AND TECHNOLOGY, NORTHWEST A&F UNIVERSITY, YANGLING 712100, CHINA)
資料名： Jiyinzu Danbaizhizu yu Shengwu Xinxi Xuebao(Yingwenban)  (Jiyinzu Danbaizhizu yu Shengwu Xinxi Xuebao(Yingwenban))
巻： 18  号： 2  ページ： 186-193  発行年： 2020年 
JST資料番号： C2620A  ISSN： 1672-0229  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 次世代シークエンシングは,自然および人工選択下での個体群遺伝的多様性およびゲノム領域の同定のグローバルな特性化のための大量のウシゲノムデータをもたらした。しかし,そのような大きなデータセットの効率的な貯蔵,質問,および可視化は,依然として困難である。ここでは,包括的データベース,ウシゲノム変異データベース(BGVD)を開発した。それは,6つの主な機能:遺伝子探索,変異探索,ゲノムsig-nature検索,ゲノムブラウザ,アラインメント探索ツール,およびゲノム座標変換ツールを提供する。BGVDは,世界中の現代のウシからの432のサンプルで,60.44M SNP,6.86M dels,76,634 CNV領域,および選択的スイープのシグネチャを含むゲノム変異に関する情報を含んでいる。ユーザは,ウシ参照ゲノムの3つのバージョン(ARS-UCD1.2,UMD3.1.1,およびBtau5.0)の任意の遺伝子シンボルまたはゲノム領域を用いて,品種起源マップの相互作用源を通して,54頭のウシ品種に対するこれらの変動の分布パターンを迅速に検索できる。選択スイープの信号をManhattanプロットとゲノムブラウザトラックとして表示した。選択の変異体とシグネチャ間の関係をさらに研究し,視覚化するために,ゲノムブラウザは,NCBI,UCSCゲノムブラウザ,および動物QTLdbから,すべての変異,選択データ,および資源を統合する。まとめると,これらのすべての特徴は,BGVDを,地球規模でのウシの生物学とウシの育種の徹底的なデータマイニングと分析に有用なアーカイブにする。BGVDはhttp://animal.nwsuaf.edu.cn/BosVarで公的に利用可能である。Data from Wanfang. Translated by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： アラインメント ,  相互作用 ,  *データベース ,  動物 ,  遺伝子 ,  可視化 ,  ゲノム ,  品種 ,  個体群 ,  座標変換 ,  キャラクタリゼーション ,  データマイニング ,  ブラウザ
準シソーラス用語： 遺伝多様性 ,  次世代シークエンシング , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (4件)： ウシ ,  変異 ,  署名 ,  統合データベース