文献

J-GLOBAL ID：202102262092687048   整理番号：21A0095865

TCF21結合,クロマチンアクセシビリティおよび染色体ループ形成のための量的形質遺伝子座を用いて明らかにした冠動脈疾患の分子機構【JST・京大機械翻訳】

Molecular mechanisms of coronary disease revealed using quantitative trait loci for TCF21 binding, chromatin accessibility, and chromosomal looping

著者 (12件)： Zhao Quanyi (Division of Cardiovascular Medicine and Cardiovascular Institute, Stanford University School of Medicine, Stanford, USA) ,  Dacre Michael (Department of Biology, Stanford University, Stanford, USA) ,  Nguyen Trieu (Division of Cardiovascular Medicine and Cardiovascular Institute, Stanford University School of Medicine, Stanford, USA) ,  Pjanic Milos (Division of Cardiovascular Medicine and Cardiovascular Institute, Stanford University School of Medicine, Stanford, USA) ,  Liu Boxiang (Division of Cardiovascular Medicine and Cardiovascular Institute, Stanford University School of Medicine, Stanford, USA) ,  Liu Boxiang (Department of Biology, Stanford University, Stanford, USA) ,  Iyer Dharini (Division of Cardiovascular Medicine and Cardiovascular Institute, Stanford University School of Medicine, Stanford, USA) ,  Cheng Paul (Division of Cardiovascular Medicine and Cardiovascular Institute, Stanford University School of Medicine, Stanford, USA) ,  Wirka Robert (Division of Cardiovascular Medicine and Cardiovascular Institute, Stanford University School of Medicine, Stanford, USA) ,  Kim Juyong Brian (Division of Cardiovascular Medicine and Cardiovascular Institute, Stanford University School of Medicine, Stanford, USA) ,  Fraser Hunter B. (Department of Biology, Stanford University, Stanford, USA) ,  Quertermous Thomas (Division of Cardiovascular Medicine and Cardiovascular Institute, Stanford University School of Medicine, Stanford, USA)
資料名： Genome Biology (Web)  (Genome Biology (Web))
巻： 21  号： 1  ページ： 1-23  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7384A  ISSN： 1474-760X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 冠状動脈疾患(CAD)リスクのエピジェネティックおよび転写機構ならびにクロマチン構造と機能の機能的調節を調べるために,初代ヒト冠状動脈血管平滑筋細胞(HCASMC)における転写シス調節の3段階に関連する遺伝的変異のカタログを作成した。CAD関連転写因子TCF21とChIPseq研究(bQTLs)の結合を仲介する調節変異体,ATACseq研究(caQTLs)によるクロマチン接近性を調節する変異体,及びHi-C法(clQTLs)による染色体ルーピングを調節する調節変異体をマッピングするためにHCASMC系統を用いたプールアプローチを用いた。これらのQTLの重複と平滑筋特異的遺伝子と転写因子との関係を調べた。さらに,これらのQTLsがCAD GWAS遺伝子座と高度に関連しており,それらが対立遺伝子効果を示すリードSNPと相関することを示した。ゲノム編集の利用により,同定された機能的変異体がクロマチン接近性と染色体ルーピングの両方を調節することができ,クロマチン状態と染色体構造を調節する機能的メカニズムへの新しい洞察を提供する。最後に,クロマチンアクセシビリティと染色体ルーピングの両方を調節する応答QTLを介して,疾患関連TGFB1-SMAD3経路をCAD関連FN1遺伝子に直接リンクさせた。まとめると,これらの研究は,高疾患関連一次培養細胞型における多重QTLタイプの最も完全なマッピングを示し,これらのゲノム特徴とそれらの疾患リスクとの関係の基礎となる機能的重複と機構への新規洞察を提供する。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *遺伝子 ,  *クロマチン ,  *染色体 ,  ヒト ,  平滑筋 ,  ゲノム ,  対立遺伝子 ,  *冠動脈 ,  *冠動脈疾患 ,  初代培養 ,  転写因子 ,  ゲノムワイド関連解析 ,  エピジェネティクス
準シソーラス用語： *分子機構 ,  クロマチン構造 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 冠動脈疾患 ,  平滑筋細胞 ,  量的形質遺伝子座 ,  TCF21 ,  染色体ループ形成 ,  クロマチンアクセシビリティ

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (58件)：

• Nat Genet; Genetic analysis in UK Biobank links insulin resistance and transendothelial migration pathways to coronary artery disease; D Klarin, QM Zhu, CA Emdin, M Chaffin, S Horner, BJ McMillan, A Leed, ME Weale, CCA Spencer, F Aguet; 49; 2017; 1392-1397; 10.1038/ng.3914; citation_id=CR1
• Nat Genet; Association analyses based on false discovery rate implicate new loci for coronary artery disease; CP Nelson, A Goel, AS Butterworth, S Kanoni, TR Webb, E Marouli, L Zeng, I Ntalla, FY Lai, JC Hopewell; 49; 2017; 1385-1391; 10.1038/ng.3913; citation_id=CR2
• Circ Res; The identification of 64 novel genetic loci provides an expanded view on the genetic architecture of coronary artery disease; P Harst, N Verweij; 122; 2017; 433-443; 10.1161/CIRCRESAHA.117.312086; citation_id=CR3
• Battle A, Mostafavi S, Zhu X, Potash JB, Weissman MM, McCormick C, Haudenschild CD, Beckman KB, Shi J, Mei R, et al: Characterizing the genetic basis of transcriptome diversity through RNA-sequencing of 922 individuals. Genome Res 2014;24:14-24.
• Am J Hum Genet; Integrating GWAS and expression data for functional characterization of disease-associated SNPs: an application to follicular lymphoma; L Conde, PM Bracci, R Richardson, SB Montgomery, CF Skibola; 92; 2013; 126-130; 10.1016/j.ajhg.2012.11.009; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (6件)： Tcf21 ,  染色体 ,  ループ ,  量的形質遺伝子座 ,  冠動脈疾患 ,  分子機構