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J-GLOBAL ID：202102262616751743   整理番号：21A0031666

RNAポリメラーゼαサブユニットは上流プロモーター要素のDNA形状を認識する【JST・京大機械翻訳】

The RNA Polymerase α Subunit Recognizes the DNA Shape of the Upstream Promoter Element

著者 (14件)： Lara-Gonzalez Samuel (Department of Chemistry and Chemical Biology, Rutgers, The State University of New Jersey, New Jersey, United States) ,  Dantas Machado Ana Carolina (Quantitative and Computational Biology, Department of Biological Sciences, University of Southern California, California, United States) ,  Rao Satyanarayan (Quantitative and Computational Biology, Department of Biological Sciences, University of Southern California, California, United States) ,  Napoli Andrew A. (Department of Chemistry and Chemical Biology, Rutgers, The State University of New Jersey, New Jersey, United States) ,  Birktoft Jens (Department of Chemistry and Chemical Biology, Rutgers, The State University of New Jersey, New Jersey, United States) ,  Di Felice Rosa (Quantitative and Computational Biology, Department of Biological Sciences, University of Southern California, California, United States) ,  Di Felice Rosa (Department of Physics and Astronomy, University of Southern California, California, United States) ,  Di Felice Rosa (CNR-NANO Modena, Italy) ,  Rohs Remo (Quantitative and Computational Biology, Department of Biological Sciences, University of Southern California, California, United States) ,  Rohs Remo (Department of Physics and Astronomy, University of Southern California, California, United States) ,  Rohs Remo (Department of Chemistry, University of Southern California, California, United States) ,  Rohs Remo (Department of Computer Science, University of Southern California, California, United States) ,  Lawson Catherine L. (Department of Chemistry and Chemical Biology, Rutgers, The State University of New Jersey, New Jersey, United States) ,  Lawson Catherine L. (Institute for Quantitative Biomedicine, Rutgers, The State University of New Jersey, New Jersey, United States)
資料名： Biochemistry  (Biochemistry)
巻： 59  号： 48  ページ： 4523-4532  発行年： 2020年 
JST資料番号： B0270B  ISSN： 0006-2960  CODEN： BICHAW  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ここでは,大腸菌RNAポリメラーゼ(αCTD)のαサブユニットC末端ドメインが,その特徴的なマイナーな溝形と静電ポテンシャルを介し,上流プロモーター(UP)DNA要素を認識することを示す。2つの組成的に異なる結晶化集合体において,一対のαCTDサブユニットは,長さ6bp(A_6-tract)であるUPエレメントコンセンサスA-tractとタンデムに結合し,それぞれ,それらのアルギニン265グアニジニウム基がマイナーな溝に挿入された。モンテカルロおよび分子動力学シミュレーションによってそれぞれ誘導される自由および結合DNA二本鎖の計算機予測構造と同様に,A_6-牽引小溝は,これらの結晶構造において著しく狭くなった。遊離A_6-tract DNAの負の静電ポテンシャルは,一般的なDNAのそれと比較して実質的に増強された。1bpによるA-牽引の短縮は,副溝の拡大を通して第2のαCTDの結合を「ノックアウト」することを示した。さらに,αCTDのどちらかでアラニンに変異したアルギニン265を有する計算誘導構造において,DNAとの接触は混乱し,αCTD-DNA結合の達成におけるアルギニン265の重要性を強調した。これらの結果は,RNAポリメラーゼによるDNAの配列依存性認識におけるDNA形状の重要性が,ある転写因子のそれと同等であることを示す。Copyright 2021 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： モンテカルロ法 ,  結晶化 ,  結晶構造 ,  大腸菌 ,  *DNA【核酸】 ,  *RNAポリメラーゼ ,  直列接続 ,  *サブユニット ,  *プロモーター領域 ,  転写因子 ,  凝集体 ,  アミノ酸 ,  脂肪族アミン ,  脂肪族カルボン酸 ,  第一アミン
準シソーラス用語： 静電ポテンシャル ,  *αサブユニット ,  分子動力学シミュレーション , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 核酸一般  (EB04010U)

物質索引 (1件)： アラニン

タイトルに関連する用語 (6件)： RNAポリメラーゼ ,  αサブユニット ,  上流 ,  プロモーター ,  要素 ,  DNA