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J-GLOBAL ID：202102263492594809   整理番号：21A0803130

TCGA乳癌および肺癌トランスクリプトームデータのトピックモデリング解析【JST・京大機械翻訳】

A Topic Modeling Analysis of TCGA Breast and Lung Cancer Transcriptomic Data

著者 (3件)： Valle Filippo ,  Osella Matteo ,  Caselle Michele
資料名： Cancers (Web)  (Cancers (Web))
巻： 12  号： 12  ページ： 3799  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7153A  ISSN： 2072-6694  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： トピックモデリングは,データの大きな配列から関連情報を抽出するための広く使われている技術である。データセットにおけるトピック構造を見つける問題は,ネットワーク理論におけるコミュニティ検出問題と類似していることが最近認識された。この類推で,古典的方法のいくつかの限界を克服するために,新しいクラスのトピックモデリング戦略を導入した。本論文では,乳房および肺癌に関するTCGAトランスクリプトームデータにこれらの最近のアイデアを適用した。確立された癌サブタイプ組織は,推定潜在トピック構造でよく再構築された。さらに,著者らは,対応する疾患において役割を果たすことが知られている遺伝子に富む特定のトピックを同定し,患者の生存確率と強く関連する。最後に,低次元トピック空間で動作する簡単なニューラルネットワーク分類器が,テスト表現サンプルの癌サブタイプを高精度で予測できることを示した。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： ネットワーク ,  ニューラルネットワーク ,  遺伝子 ,  乳房 ,  再構成 ,  生存率 ,  *肺腫瘍 ,  *乳房腫瘍
準シソーラス用語： 高精度 ,  低次元 ,  ネットワーク理論 ,  コミュニティ検出 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： ネットワークに基づく癌データ解析 ,  トピックモデリング ,  遺伝子発現 ,  ネットワーク理論 ,  確率的ブロックモデリング

分類 (3件)： パターン認識  (JE07000S) ,  人工知能  (JE08000Z) ,  自然語処理  (JE06000L)

引用文献 (59件)：

• The Cancer Genome Atlas Research Network; Weinstein, J.N.; Collisson, E.A.; Mills, G.B.; Shaw, K.R.M.; Ozenberger, B.A.; Ellrott, K.; Shmulevich, I.; Stuart, C.; Stuart, J.M. The cancer genome atlas pan-cancer analysis project. Nat. Genet. 2013, 45, 1113.
• Ashley, E.A. Towards precision medicine. Nat. Rev. Genet. 2016, 17, 507-522.
• Eisen, M.; Spellman, P.; Brown, P.; Botstein, D. Cluster analysis and display of genome-wide expression patterns. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1998, 95, 14863-14868.
• Ein-Dor, L.; Kela, I.; Getz, G.; Givol, D.; Domany, E. Outcome signature genes in breast cancer: Is there a unique set? Bioinformatics 2005, 21, 171-178.
• Andor, N.; Graham, T.A.; Jansen, M.; Xia, L.C.; Aktipis, C.A.; Petritsch, C.; Ji, H.P.; Maley, C.C. Pan-cancer analysis of the extent and consequences of intratumor heterogeneity. Nat. Med. 2016, 22, 105.

タイトルに関連する用語 (6件)： 乳癌 ,  肺癌 ,  トランスクリプトーム ,  トピック ,  モデリング ,  解析