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J-GLOBAL ID：202102263747341956   整理番号：21A0901250

土壌線虫群集分析のためのメタバーコードプライマーの評価【JST・京大機械翻訳】

Evaluation of Metabarcoding Primers for Analysis of Soil Nematode Communities

著者 (6件)： Sikder Md. Maniruzzaman (Department of Agroecology, Faculty of Technical Sciences, Aarhus University, 4200 Slagelse, Denmark) ,  Sikder Md. Maniruzzaman (Department of Botany, Faculty of Biological Sciences, Jahangirnagar University, 1342 Savar, Dhaka, Bangladesh) ,  Vestergard Mette (Department of Agroecology, Faculty of Technical Sciences, Aarhus University, 4200 Slagelse, Denmark) ,  Sapkota Rumakanta (Department of Environmental Science, Faculty of Technical Sciences, Aarhus University, 4000 Roskilde, Denmark) ,  Kyndt Tina (Department of Molecular Biotechnology, Faculty of Bioscience Engineering, Ghent University, 9000 Gent, Belgium) ,  Nicolaisen Mogens (Department of Agroecology, Faculty of Technical Sciences, Aarhus University, 4200 Slagelse, Denmark)
資料名： Diversity (Web)  (Diversity (Web))
巻： 12  号： 10  ページ： 388  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7175A  ISSN： 1424-2818  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 次世代配列決定技術の最近の進歩は微生物生態学における研究を加速してきたが,線虫の生態学を研究するためのハイスループットアプローチの適用は,いくつかの問題,例えば,初期線虫抽出段階を含むかどうか,あるいはそうではないか,最適性能プライマー組合せに関するコンセンサスの欠如,およびキュレーション線虫参照データベースの欠如などにより未解決のままである。この方法開発研究の目的は,初期線虫抽出のない線虫のメタバーコーディングのための最も適切なプライマーセットを同定するために,異なるプライマーセットを比較することであった。アンプリコン配列決定のための4つのプライマーセット,すなわちJB3/JB5(ミトコンドリア,COI遺伝子のI3-M11分割),SSU_04F/SSU_22R(18S rRNA,V1-V2領域)およびNemf/18Sr2b(18S rRNA,V6-V8領域)を,新規に開発されたプライマーセットであるMMSF/MMSR(18S rRNA,V4-V5領域)と同様に試験した。著者らは,22の線虫分類群,10のモックコミュニティ,20の土壌サンプル,4つの根サンプル,および1つのバルク土壌からDNAを使用した。四つの異なるプライマーの組み合わせでDNA試料から標的領域を増幅し,Illumina MiSeq配列決定プラットフォームでアンプリコンを配列決定した。著者らは,Nemf/18Sr2bプライマーセットが,著者らの配列決定結果に基づく他のプライマーセットと比較して,土壌線虫の検出と,属と種ランクにおける著者らの配列読取のアノテーションに関して優れていることを見出した。このプライマーセットは,土壌サンプルにおいてNematda起源の74%の読み取りを発生させた。さらに,このプライマーセットは,モックコミュニティと良く,全ての含有試料を検出した。また,それは試験した他のプライマーセットよりも根サンプルで良好に作用した。したがって,Nemf/18Sr2bプライマーセットは根圏土壌と根関連線虫を研究するために使用でき,これは初期線虫抽出段階なしで行うことができることを示唆した。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： データベース ,  DNA【核酸】 ,  根圏 ,  *線虫類 ,  ミトコンドリア ,  *土壌線虫 ,  生態学 ,  *バーコード ,  アノテーション
準シソーラス用語： アンプリコン ,  ハイスループット ,  分類群 ,  土壌試料 ,  バーコーディング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 線虫の多様性 ,  土壌 ,  根圏 ,  環境 ,  NGS

分類 (2件)： 動物分類学  (EJ01030T) ,  微生物検査法  (EG02020G)

引用文献 (51件)：

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• De Ley, P.; De Ley, I.T.; Morris, K.; Abebe, E.; Mundo-Ocampo, M.; Yoder, M.; Heras, J.; Waumann, D.; Rocha-Olivares, A.; Burr, A.J.; et al. An integrated approach to fast and informative morphological vouchering of nematodes for applications in molecular barcoding. Philos. Trans. R. Soc. B Biol. Sci. 2005, 360, 1945-1958.
• Geiger, M.; Astrin, J.; Borsch, T.; Burkhardt, U.; Grobe, P.; Hand, R.; Hausmann, A.; Hohberg, K.; Krogmann, L.; Lutz, M.; et al. How to tackle the molecular species inventory for an industrialized nation-Lessons from the first phase of the German Barcode of Life initiative GBOL (2012-2015). Genome 2016, 59, 661-670.

タイトルに関連する用語 (4件)： 土壌線虫 ,  群集 ,  分析 ,  評価