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J-GLOBAL ID：202102265474280206   整理番号：21A0572209

西アフリカDjallonke羊における古代ホモ接合性セグメントは,環境への家畜適応のゲノム影響を知らせる【JST・京大機械翻訳】

Ancient Homozygosity Segments in West African Djallonke Sheep Inform on the Genomic Impact of Livestock Adaptation to the Environment

著者 (6件)： Alvarez Isabel (Servicio Regional de Investigacion y Desarrollo Agroalimentario, E-33394 Gijon, Spain) ,  Fernandez Ivan (Servicio Regional de Investigacion y Desarrollo Agroalimentario, E-33394 Gijon, Spain) ,  Traore Amadou (Institut de l’Environnement et des RecherchesAgricoles (INERA), 8645 Ouagadougou BP, Burkina Faso) ,  Perez-Pardal Lucia (CIBIO-InBIO, Universidade do Porto, 4485-661 Vairao, Portugal) ,  Menendez-Arias Nuria A. (Servicio Regional de Investigacion y Desarrollo Agroalimentario, E-33394 Gijon, Spain) ,  Goyache Felix (Servicio Regional de Investigacion y Desarrollo Agroalimentario, E-33394 Gijon, Spain)
資料名： Animals (Web)  (Animals (Web))
巻： 10  号： 7  ページ： 1178  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7131A  ISSN： 2076-2615  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Burkina Faso Djallonk(West アフリカ Dwarf)ヒツジの試料を分析し,古代のホモ接合体(HBD)セグメントと重複したホモ接合セグメント(ホモ接合性,ROH)の伸長を同定した。HBDセグメントは1024から2048世代前に生活する祖先から継承されそうであり,ヒツジが西アフリカに侵入する時期とほぼ一致する。このようなホモ接合セグメントは,この過酷な環境への適応のためのヒト媒介選択のヒツジゲノムの影響に情報を与えることができると仮定した。PLINK分析は,124の異なるROHに要約できる127の異なる個体における合計510のROHセグメントの同定を可能にした。合計32,968HBDセグメントを,ソフトウェアZooRoHを用いて119個体で同定した。1024及び2048世代の祖先から継承されたHBDセグメントを61個体で同定した。世代1024および2048に推定されるPLINKおよびHBD断片を用いて同定されたコンセンサスROH間の重複は,遺伝子注釈濃縮分析のための候補領域と考えられる17の異なるヒツジ染色体上に位置する108のゲノム領域を与えた。機能的アノテーションは,50の候補遺伝子を含む6つの統計的に有意な機能的クラスターを同定することができた。クラスター1は,ホメオスタシスと凝固に関与した;機能的クラスター2,3,および6は,それぞれ先天性免疫,感染に対する防御,および白血球増殖と移動と関連していた。クラスター4は寄生虫耐性に関与した;そして,20の遺伝子により形成された機能的クラスター5はストレスに対する応答に関与した。現在の分析は,免疫,耐病性,およびヒツジの適応に対するストレスへの応答に関連するゲノム領域の重要性を,湿潤サブサハラ西アフリカの挑戦的な環境へ確認した。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 白血球 ,  *家畜 ,  遺伝子 ,  寄生虫 ,  染色体 ,  ヒト ,  湿潤 ,  *ゲノム ,  ホメオスタシス ,  クラスタ ,  ソフトウェア ,  耐病性 ,  アノテーション ,  自然免疫
準シソーラス用語： 候補遺伝子 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 西アフリカの矮小ヒツジ ,  家畜化 ,  適応 ,  ホモ接合性のラン ,  アイデンティティ毎

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (41件)：

• Chessa, B.; Pereira, F.; Arnaud, F.; Amorim, A.; Goyache, F.; Mainland, I.; Kao, R.R.; Pemberton, J.M.; Beraldi, D.; Stear, M.; et al. Revealing the history of sheep domestication using retrovirus integrations. Science 2009, 324, 532-536.
• Muigai, A.W.T.; Hanotte, O. The origin of African sheep: Archaeological and genetic perspectives. Afr. Archaeol. Rev. 2013, 30, 39-50.
• Gifford-Gonzalez, D. Animal Disease Challenges to the Emergence of Pastoralism in Sub-Saharan Africa. Afr. Archaeol. Rev. 2000, 17, 95-139.
• Traoré, A.; Tamboura, H.H.; Kaboré, A.; Royo, L.J.; Fernández, I.; Álvarez, I.; Sangare, M.; Bouchel, D.; Poivey, J.P.; Francois, D.; et al. Multivariate characterization of morphological traits in Burkina Faso sheep. Small Rum. Res. 2008, 80, 62-67.
• Álvarez, I.; Traoré, A.; Tambourá, H.H.; Kaboré, A.; Royo, L.J.; Fernández, I.; Ouédraogo-Sanou, G.; Sawadogo, L.; Goyache, F. Microsatellite analysis characterizes Burkina Faso as a genetic contact zone between Sahelian and Djallonké sheep. Anim. Biotech. 2009, 20, 47-57.

タイトルに関連する用語 (9件)： 西アフリカ ,  羊 ,  古代 ,  ホモ接合性 ,  セグメント ,  環境 ,  家畜 ,  適応 ,  ゲノム