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J-GLOBAL ID：202102266559097299   整理番号：21A0098768

心房細動における重要な遺伝子の同定:バイオインフォマティクス解析【JST・京大機械翻訳】

Identification of potential crucial genes in atrial fibrillation: a bioinformatic analysis

著者 (11件)： Zhang Junguo (Center for Clinical Epidemiology and Methodology (CCEM), Guangdong Second Provincial General Hospital, Guangzhou, China) ,  Huang Xin (Center for Clinical Epidemiology and Methodology (CCEM), Guangdong Second Provincial General Hospital, Guangzhou, China) ,  Wang Xiaojie (Center for Clinical Epidemiology and Methodology (CCEM), Guangdong Second Provincial General Hospital, Guangzhou, China) ,  Gao Yanhui (School of Public Health, Guangdong Pharmaceutical University, Guangzhou, China) ,  Liu Li (School of Public Health, Guangdong Pharmaceutical University, Guangzhou, China) ,  Li Ziyi (Center for Clinical Epidemiology and Methodology (CCEM), Guangdong Second Provincial General Hospital, Guangzhou, China) ,  Chen Xuejiao (Center for Clinical Epidemiology and Methodology (CCEM), Guangdong Second Provincial General Hospital, Guangzhou, China) ,  Zeng Jie (Center for Clinical Epidemiology and Methodology (CCEM), Guangdong Second Provincial General Hospital, Guangzhou, China) ,  Ye Zebing (Department of Cardiology, Guangdong Second Provincial General Hospital, Guangzhou, China) ,  Li Guowei (Center for Clinical Epidemiology and Methodology (CCEM), Guangdong Second Provincial General Hospital, Guangzhou, China) ,  Li Guowei (Department of Health research methods, Evidence, and Impact (HEI), McMaster University, Hamilton, Canada)
資料名： BMC Medical Genomics (Web)  (BMC Medical Genomics (Web))
巻： 13  号： 1  ページ： 1-8  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7308A  ISSN： 1755-8794  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 心房細動(AF)は,少なくとも部分的に遺伝性であり,ヨーロッパと米国の人口の2~3%に影響する。しかし,遺伝率のかなりの割合はまだ不足している。本研究では,公共データセットのバイオインフォマティクス解析によりAFに関連する潜在的重要遺伝子を同定することを目的とした。遺伝子発現Omnibus(GEO)データベースからのGSE115574,GSE31821,GSE79768,GSE41177およびGSE14975のマイクロアレイデータセットを検索した。すべてのマイクロアレイデータを併合し,バッチ効果を調整した後,差次的発現遺伝子(DEG)を同定した。遺伝子オントロジー(GO)資源に基づく機能的濃縮分析,遺伝子およびゲノム(KEGG)資源,遺伝子セット濃縮分析(GSEA),Reactome Pathwayデータベースおよび疾患オントロジー(DO)を実施した。蛋白質-蛋白質相互作用(PPI)ネットワークをSTRINGデータベースを用いて構築した。前述の重要なバイオインフォマティクス情報と組み合わせて,潜在的重要遺伝子を次に選択した。比較毒物学データベース(CTD)を用いて,潜在的重要遺伝子とAF間の相互作用を調べた。著者らは,洞調律コントロールと比較して,AF患者のFC≧2または≦0.5(|log2 FC|≧1)で,遺伝子発現折畳み変化(FC)≧1.5または≦2/3(|log2 FC>0.58)および5を有するDEGの27を同定した。最も重要な濃縮経路はインシュリン様成長因子輸送とインシュリン様成長因子結合蛋白質による取込みの調節であった。IGFBP2,C1orf105,FHL2,CHGB,ATP1B4,IGFBP3,SLC26A9,CXCR4およびHTR2Bは,潜在的重要遺伝子と考えられた。CTDは,CXCR4,IGFBP2,IGFBP3およびFHL2がAFでより高いスコアを有することを示した。9つの潜在的重要遺伝子,特にCXCR4,IGFBP2,IGFBP3およびFHL2は,AFのリスクと関連する可能性がある。本研究は,遺伝学,分子病因および新しい治療標的へのAFの新しい洞察を提供する。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 相互作用 ,  データベース ,  ネットワーク ,  *遺伝 ,  *遺伝子 ,  *心房細動 ,  遺伝子発現 ,  バイオマーカー ,  病因 ,  オントロジー ,  DNAマイクロアレイ
準シソーラス用語： *バイオインフォマティクス ,  治療標的 ,  遺伝子オントロジー ,  差次的遺伝子発現 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 重要な遺伝子 ,  心房細動 ,  バイオインフォマティクス遺伝子解析 ,  遺伝子発現オムニバス ,  バイオマーカー

分類 (3件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  遺伝子発現  (EC02040Q) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (34件)：

• Europace.; 2016 ESC guidelines for the management of atrial fibrillation developed in collaboration with EACTS; P Kirchhof, S Benussi, D Kotecha, A Ahlsson, D Atar, B Casadei; 18; 2016; 1609-1678; 10.1093/europace/euw295; citation_id=CR1
• Circulation; Worldwide epidemiology of atrial fibrillation: a global burden of disease 2010 study; SS Chugh, R Havmoeller, K Narayanan, D Singh, M Rienstra, EJ Benjamin; 129; 2014; 837-847; 10.1161/CIRCULATIONAHA.113.005119; citation_id=CR2
• Physiol Rev; Pathophysiological mechanisms of atrial fibrillation: a translational appraisal; U Schotten, S Verheule, P Kirchhof, A Goette; 91; 2011; 265-325; 10.1152/physrev.00031.2009; citation_id=CR3
• Eur Heart J; Novel mechanisms in the pathogenesis of atrial fibrillation: practical applications; DH Lau, U Schotten, R Mahajan, NA Antic, SN Hatem, RK Pathak; 37; 2016; 1573-1581; 10.1093/eurheartj/ehv375; citation_id=CR4
• Lancet.; The future of atrial fibrillation management: integrated care and stratified therapy; P Kirchhof; 390; 2017; 1873-1887; 10.1016/S0140-6736(17)31072-3; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (4件)： 心房細動 ,  遺伝子 ,  同定 ,  バイオインフォマティクス解析