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J-GLOBAL ID：202102267687176648   整理番号：21A3305842

閉じ込められた形状および表面上のバルクにおける自己回避,半屈曲性回転異性体鎖アンサンブルの効率的生成【JST・京大機械翻訳】

Efficient generation of self-avoiding, semiflexible rotational isomeric chain ensembles in bulk, in confined geometries, and on surfaces

著者 (5件)： Weismantel Oliver (Polymer Physics, Department of Materials, ETH Zurich, CH-8093 Zurich, Switzerland) ,  Galata Aikaterini A. (Polymer Physics, Department of Materials, ETH Zurich, CH-8093 Zurich, Switzerland) ,  Sadeghi Morteza (Center of Excellence in Energy Conversion (CEEC), School of Mechanical Engineering, Sharif University of Technology, Tehran 11155-9567, Iran) ,  Kroger Achim (a.kroger software development studio, Rothehausstr. 9, D-50823 Cologne, Germany) ,  Kroger Martin (Polymer Physics, Department of Materials, ETH Zurich, CH-8093 Zurich, Switzerland)
資料名： Computer Physics Communications  (Computer Physics Communications)
巻： 270  ページ： Null  発行年： 2022年 
JST資料番号： E0081C  ISSN： 0010-4655  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 任意の分子内曲げと二面エネルギー関数を可能にする任意の閉込めと係留条件に,自己回避,柔軟,半柔軟性,回転等尺または螺旋鎖の単一または大きな集合を生成する,効率的な即席コードゲンサウを提供した。得られた構成ファイルは,様々な共通形式で提供され,分子シミュレーションや統計解析を行うのに直ちに使用できる。有限数の結合および任意の相互作用ポテンシャルを持つ半柔軟性,螺旋および回転異性体状態モデルの平均二乗端間距離および回転半径に対する解析的表現を,非拘束ファントム鎖の限界事例におけるコードの直接比較および試験に対して行った。コマンドラインから高スループットアプリケーションのための構成と他のファイルを創造するグラフィックスフリーのリヌックススタンドアロンバッチバージョンゲンサウに加えて,著者らはプラットフォームに依存しないグラフィカルユーザインタフェイスとして役立ち,リモートジャンサウサーバを用いて得られる立体配座をアニメーションする対話型オンラインバージョンジャンサウビジュアル化を提供する。プログラムファイル:https://doi.org/10.17632/8xfgf88f3w.1 Licensing Projection:https://doi.org/10.17632/8xfgf88f3w.1 Licensing Project:MITプログラミング言語:T_n 90,perl(独立バッチバージョン)またはジャバ(インタラクティブオンラインバージョン)要求ソフトウェア,すなわち,任意の曲げとねじり寄与から成る立体配座エネルギーによって特性化される任意拘束とテザー条件に,任意の拘束と係留条件を受ける。このコードは,柔軟な出力フォーマットを用いて,そのようなチェーンの集合を生成する必要がある。ゼロ厚さの鎖の限界の場合,コードは理想鎖に対する解析結果を再現すべきである。解法:著者らは,フライアッシュのパラメータを最適化する適応濃縮手順を使用し,任意の曲げとねじりポテンシャルを有する半柔軟性鎖に対する全ての解析結果を,作成したアンサンブルと比較する。ジャンサウは,コマンドラインから構成およびオプション的に他のファイルを生成するが,ジャンサウ可視化は,プラットフォームに依存しないグラフィカルユーザインタフェイスとして役立ち,立体配座を可視化し,アニメーション化することを可能にする。Copyright 2021 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 最適化 ,  シミュレーション ,  ねじり ,  立体配座 ,  プログラミング言語 ,  チェーン ,  フライアッシュ ,  可視化 ,  係留 ,  応用プログラム ,  ファントム ,  アニメーション ,  テザー ,  *GUI【計算機】
準シソーラス用語： *半屈曲性 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 高分子 ,  シミュレーション ,  濃縮試料 ,  螺旋鎖 ,  再帰 ,  ウオーム状鎖

分類 (2件)： 高分子溶液の理論  (CG02012B) ,  計算機シミュレーション  (JE11000H)

タイトルに関連する用語 (6件)： バルク ,  自己 ,  回避 ,  半屈曲性 ,  回転異性体 ,  アンサンブル