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J-GLOBAL ID：202102268572237897   整理番号：21A2240217

南アフリカにおいてblaNDM-1カルバペネマーゼを保有する新規広範囲薬剤耐性Citrobacter freundii分離株の病原性解析【JST・京大機械翻訳】

Pathogenomic Analysis of a Novel Extensively Drug-Resistant Citrobacter freundii Isolate Carrying a blaNDM-1 Carbapenemase in South Africa

著者 (11件)： Ramsamy Yogandree (Medical Microbiology, College of Health Sciences, University of KwaZulu-Natal, Durban 4000, South Africa) ,  Ramsamy Yogandree (National Health Laboratory Services, Durban 4000, South Africa) ,  Ramsamy Yogandree (Antimicrobial Research Unit, College of Health Sciences, University of KwaZulu-Natal, Durban 4000, South Africa) ,  Mlisana Koleka P. (National Health Laboratory Services, Durban 4000, South Africa) ,  Amoako Daniel G. (Infection Genomics and Applied Bioinformatics Division, Antimicrobial Research Unit, College of Health Sciences, University of KwaZulu-Natal, Durban 4000, South Africa) ,  Allam Mushal (Sequencing Core Facility, National Institute for Communicable Diseases, National Health Laboratory Service, Johannesburg 2131, South Africa) ,  Ismail Arshad (Sequencing Core Facility, National Institute for Communicable Diseases, National Health Laboratory Service, Johannesburg 2131, South Africa) ,  Singh Ravesh (Medical Microbiology, College of Health Sciences, University of KwaZulu-Natal, Durban 4000, South Africa) ,  Singh Ravesh (National Health Laboratory Services, Durban 4000, South Africa) ,  Abia Akebe Luther King (Antimicrobial Research Unit, College of Health Sciences, University of KwaZulu-Natal, Durban 4000, South Africa) ,  Essack Sabiha Y. (Antimicrobial Research Unit, College of Health Sciences, University of KwaZulu-Natal, Durban 4000, South Africa)
資料名： Pathogens (Web)  (Pathogens (Web))
巻： 9  号： 2  ページ： 89  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7256A  ISSN： 2076-0817  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 3次病院に入院した成人男性患者の直腸スワブからの新規カルバペネム耐性Citrobacter freundii分離株(H2730R)について,パスゲノム解析を行った。H2730Rは選択培地とAPI20eキットを用いて同定された。確認同定と抗生物質感受性試験をVITEK IIを用いて行った。H2730Rは,Illumina MiSeqプラットフォーム上で全ゲノム配列決定された。H2730Rは,チグサイクリンを除く全ての試験抗生物質に耐性があり,C.freundii多遺伝子座配列タイピング(MLST)データベースによりST498と定義された。推定病原性ポテンシャルは,ヒト病原体としてH2730Rを支持するより高い確率(Pスコア0.875)を予測した。H2730Rは,25の推定獲得耐性遺伝子,4つのプラスミドレプリコン,4つの無傷プロファージ,クラス1インテグロン(IntI1),2つの主な挿入配列(IS3とIS5),多数の流出遺伝子,およびvirulomeを含んだ。コンティグ(00022)をコードするblaNDM-1のBLAST分析および隣接配列により,blaNDM-1は南アフリカにおけるカルバペネム耐性の広がりに対して報告された多重レプリコンp18-43_01プラスミドに類似したプラスミド上に位置することを明らかにした。系統発生解析は,同じクレードにおけるCF003/CF004株によるH2730Rのクラスタ化を示し,C.frundii株/クローン間の可能な関連を示唆した。blaNDM-1を含むp18-43_01プラスミド,多様性,および複雑なレジストーム,virulome,およびこの病原体のモビロームは,その発生率を,可動化耐性に関して非常に懸念する。本研究は,南アフリカにおけるカルバペネム耐性腸内細菌科の将来の監視と追跡のための背景ゲノム情報を提示する。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 抗生物質 ,  ヒト ,  *薬物耐性 ,  系統発生 ,  クラスタ化 ,  *病原性 ,  レプリコン ,  プラスミド ,  病原体 ,  *Citrobacter ,  クローン ,  *Citrobacter freundii
準シソーラス用語： ゲノム配列 ,  *分離株 ,  カルバペネム耐性 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： 病原体ミクス ,  新しいもの ,  Citrobacter freundii ,  bla NDM-1 ,  ビローム ,  南アフリカ ,  カルバペナーゼ

分類 (3件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  微生物検査法  (EG02020G) ,  感染症・寄生虫症一般  (GD01010H)

引用文献 (55件)：

• Liu, L.; Chen, D.; Liu, L.; Lan, R.; Hao, S.; Jin, W.; Sun, H.; Wang, Y.; Liang, Y.; Xu, J. Genetic Diversity, Multidrug Resistance, and Virulence of Citrobacter freundii From Diarrheal Patients and Healthy Individuals. Front. Microbiol. 2018, 8, 233.
• Heo, G.-J.; Hossain, S.; Wimalasena, S. Virulence Factors and Antimicrobial Resistance Pattern of Citrobacter freundii Isolated from Healthy Pet Turtles and their Environment. Asian J. Anim. Veter- Adv. 2017, 12, 10-16.
• Mohanty, S.; Singhal, R.; Sood, S.; Dhawan, B.; Kapil, A.; Das, B.K. Citrobacter infections in a tertiary care hospital in Northern India. J. Infect. 2007, 54, 58-64.
• Pepperell, C.; Kus, J.V.; Gardam, M.A.; Humar, A.; Burrows, L.L. Low-Virulence Citrobacter Species Encode Resistance to Multiple Antimicrobials. Antimicrob. Agents Chemother. 2002, 46, 3555-3560.
• Gupta, N.; Yadav, A.; Choudhary, U.; Aropa, D.R. Citrobacter Bacteremia in a Tertiary Care Hospital. Scand. J. Infect. Dis. 2003, 35, 765-768.

タイトルに関連する用語 (8件)： 南アフリカ ,  カルバペネマーゼ ,  保有 ,  薬剤耐性 ,  Citrobacter ,  分離株 ,  病原性 ,  解析