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J-GLOBAL ID：202102269204722217   整理番号：21A1151726

比較経路インテグレータ:コンセンサスおよび示差経路分析のための多重トランスクリプトーム研究のMeta-解析統合のフレームワーク【JST・京大機械翻訳】

Comparative Pathway Integrator: A Framework of Meta-Analytic Integration of Multiple Transcriptomic Studies for Consensual and Differential Pathway Analysis

著者 (8件)： Zeng Xiangrui (Computational Biology Department, Carnegie Mellon University, Pittsburgh, PA 15213, USA) ,  Zong Wei (Department of Biostatistics, University of Pittsburgh, Pittsburgh, PA 15260, USA) ,  Lin Chien-Wei (Division of Biostatistics, Medical College of Wisconsin, Wauwatosa, WI 53226, USA) ,  Fang Zhou (Department of Biostatistics, University of Pittsburgh, Pittsburgh, PA 15260, USA) ,  Ma Tianzhou (Department of Epidemiology and Biostatistics, University of Maryland, College Park, MD 20742, USA) ,  Lewis David A. (Department of Psychiatry, University of Pittsburgh, Pittsburgh, PA 15260, USA) ,  Enwright John F. (Department of Psychiatry, University of Pittsburgh, Pittsburgh, PA 15260, USA) ,  Tseng George C. (Department of Biostatistics, University of Pittsburgh, Pittsburgh, PA 15260, USA)
資料名： Genes (Web)  (Genes (Web))
巻： 11  号： 6  ページ： 696  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7194A  ISSN： 2073-4425  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 経路濃縮分析は,疾患状態に関連した差次的発現遺伝子を解釈するための知識駆動アプローチを提供する。単一研究を解析するために多くのツールが開発されている。しかし,異なる条件の多重研究が共同で分析されるとき,新しい統合的ツールが必要である。さらに,複数の公共経路データベースを結合することによって導入された経路冗長性は,解釈と知識発見を妨げる。著者らは,メタアナリシス統合ツール,比較経路積分器(CPI)を提示して,適応的に加重Fisher法を用いてこれらの問題に対処して,経路冗長性を縮小するための厳密なクラスタ化アルゴリズム,および経路クラスタの解釈を支援するテキストマイニングアルゴリズム,および,テキストマイニングアルゴリズムを,適応的に重みづけしたFishers法を用いて,これらの問題に対処したものであることを示した。”Pathwork Pathway Integrator(CPI)”を,適応的に重み付けしたFishers法を用いて,これらの問題に対処した。CPIを適用して,6つの精神疾患トランスクリプトミクス研究を共同分析し,その有効性を実証し,以前の生物学的研究および新しい濃縮パターンにより確認した機能を見出した。CPIs Rパッケージは,GithubメタOmics/MetaPathでオンラインでアクセスできる。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： アルゴリズム ,  冗長性 ,  データベース ,  *積分器 ,  遺伝子 ,  精神病 ,  クラスタ化 ,  *多重化 ,  クラスタ ,  *トランスクリプトーム ,  知識発見
準シソーラス用語： テキストマイニング ,  トランスクリプトーム解析 ,  オンライン ,  差次的遺伝子発現 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (3件)： 経路 ,  メタ分析 ,  テキストマイニング

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

引用文献 (39件)：

• Ashburner, M.; Ball, C.A.; Blake, J.A.; Botstein, D.; Butler, H.; Cherry, J.M.; Davis, A.P.; Dolinski, K.; Dwight, S.S.; Eppig, J.T.; et al. Gene Ontology: Tool for the unification of biology. Nat. Genet. 2000, 25, 25.
• Fabregat, A.; Sidiropoulos, K.; Garapati, P.; Gillespie, M.; Hausmann, K.; Haw, R.; Jassal, B.; Jupe, S.; Korninger, F.; McKay, S.; et al. The reactome pathway knowledgebase. Nucleic Acids Res. 2015, 44, D481-D487.
• Kanehisa, M.; Goto, S. KEGG: Kyoto encyclopedia of genes and genomes. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 27-30.
• Liberzon, A.; Birger, C.; Thorvaldsdóttir, H.; Ghandi, M.; Mesirov, J.P.; Tamayo, P. The molecular signatures database hallmark gene set collection. Cell Syst. 2015, 1, 417-425.
• Rodchenkov, I.; Babur, O.; Luna, A.; Aksoy, B.A.; Wong, J.V.; Fong, D.; Franz, M.; Siper, M.C.; Cheung, M.; Wrana, M.; et al. Pathway Commons 2019 Update: Integration, analysis and exploration of pathway data. Nucleic Acids Res. 2020, 48, D489-D497.

タイトルに関連する用語 (9件)： 経路 ,  インテグレータ ,  コンセンサス ,  多重 ,  トランスクリプトーム ,  研究 ,  解析 ,  統合 ,  フレームワーク