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J-GLOBAL ID：202102270111516104   整理番号：21A2112546

ユビキチンへのArk様E3RINGリガーゼの直接結合の評価とそれらの蛋白質相互作用ネットワークへの含意【JST・京大機械翻訳】

Assessing the Direct Binding of Ark-Like E3 RING Ligases to Ubiquitin and Its Implication on Their Protein Interaction Network

著者 (8件)： Mintis Dimitris G. (Laboratory of Statistical Thermodynamics and Macromolecules, Department of Chemical Engineering, University of Patras & FORTH/ICE-HT, 26504 Patras, Greece) ,  Chasapi Anastasia (Biological Computation & Process Lab, Chemical Process & Energy Resources Institute, Centre for Research & Technology Hellas, 57001 Thessaloniki, Greece) ,  Poulas Konstantinos (Laboratory of Molecular Biology and Immunology, Department of Pharmacy, University of Patras, 26504 Patras, Greece) ,  Poulas Konstantinos (Institute of Research and Innovation-IRIS, Patras Science Park SA, Stadiou, Platani, Rio, 26504 Patras, Greece) ,  Lagoumintzis George (Laboratory of Molecular Biology and Immunology, Department of Pharmacy, University of Patras, 26504 Patras, Greece) ,  Lagoumintzis George (Institute of Research and Innovation-IRIS, Patras Science Park SA, Stadiou, Platani, Rio, 26504 Patras, Greece) ,  Chasapis Christos T. (NMR Center, Instrumental Analysis Laboratory, School of Natural Sciences, University of Patras, 26504 Patras, Greece) ,  Chasapis Christos T. (Institute of Chemical Engineering Sciences, Foundation for Research and Technology, Hellas (FORTH/ICE-HT), 26504 Patras, Greece)
資料名： Molecules (Web)  (Molecules (Web))
巻： 25  号： 20  ページ： 4787  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7014A  ISSN： 1420-3049  CODEN： MOLEFW  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ほとんどの蛋白質標的分解に必要なユビキチン経路は3種類の酵素:E1活性化酵素,E2共役酵素及びE3-リガーゼを含む。ヒトArk2Cは,経路におけるUb移動の活性化に対する代替Ub依存性機構を採用する単一既知E3リガーゼである。そのRINGドメインは高親和性でE2-Ubと遊離Ubの両方に結合し,触媒活性UbR-RING-E2-UbD複合体形成をもたらした。分子動力学(MD)を介してユビキチン経路内の複合体型におけるArk2C RINGドメインとそのリガンドの立体配座可塑性における潜在的変化を調べた。ArkadiaのRINGドメインの以前のNMR緩和研究と比較して,3つの分子力学力場を用いて,MDsの効果的で正確な評価を行った。著者らの結果は,Ark2C Ub-RINGドッキング部位がE3s触媒活性に必要なE2-E3集合の立体配座剛性の維持に実質的な影響を与えることを示唆する。UbR-RING-E2-UbD触媒複合体において,UbR分子は,E2に結合した他のUbより大きな移動度を有することが分かった。更に,ネットワークに基づくバイオインフォマティクスは,Ub結合RING Ark2Cにより標的化された予想基質と共に,Ark2Cと同様の構造モジュールを示す,E3RINGリガーゼ候補を同定した。著者らの知見は,種々の他のE3RINGリガーゼの関連した非修復機能の更なる探索を誘発できた。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 塑性 ,  立体配座 ,  *ネットワーク ,  剛性 ,  ドッキング ,  酵素 ,  触媒活性 ,  共役 ,  ヒト ,  *リガーゼ ,  複合体 ,  分子動力学 ,  *ユビキチン ,  ターゲティング
準シソーラス用語： バイオインフォマティクス , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： E3 RINGリガーゼ ,  ユビキチン ,  分子動力学 ,  PPIネットワーク

分類 (1件)： 生薬の薬理の基礎研究  (GX06020J)

引用文献 (55件)：

• Deshaies, R.J.; Joazeiro, C.A.P. RING Domain E3 Ubiquitin Ligases. Annu. Rev. Biochem. 2009, 99-434.
• Schrader, E.K.; Harstad, K.G.; Matouschek, A. Targeting proteins for degradation. Nat. Chem. Biol. 2009, 815-822.
• Sun, Y. E3 Ubiquitin Ligases as Cancer Targets and Biomarkers. Neoplasia 2006, 645-654.
• Li, W.; Bengtson, M.H.; Ulbrich, A.; Matsuda, A.; Reddy, V.A.; Orth, A.; Chanda, S.K.; Batalov, S.; Joazeiro, C.A.P. Genome-wide and functional annotation of human E3 ubiquitin ligases identifies MULAN, a mitochondrial E3 that regulates the organelle’s dynamics and signaling. PLoS ONE 2008, 3, e1487.
• Chasapis, C.T.; Spyroulias, G.A. RING finger E(3) ubiquitin ligases: Structure and drug discovery. Curr. Pharm. Des. 2009, 15, 3716-3731.

タイトルに関連する用語 (5件)： ユビキチン ,  リガーゼ ,  評価 ,  蛋白質相互作用 ,  含意