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J-GLOBAL ID：202102272641504765   整理番号：21A0290443

包括的ゲノム解析はレトロウイルス様蛋白質ドメインをコードする内因性レトロウイルスの動的進化を明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Comprehensive genomic analysis reveals dynamic evolution of endogenous retroviruses that code for retroviral-like protein domains

著者 (14件)： Ueda Mahoko Takahashi (Department of Molecular Life Science, Tokai University School of Medicine, Isehara, Japan) ,  Ueda Mahoko Takahashi (Micro/Nano Technology Center, Tokai University, Hiratsuka, Japan) ,  Ueda Mahoko Takahashi (Present address: Department of Genomic Function and Diversity, Tokyo Medical and Dental University, Tokyo, Japan) ,  Kryukov Kirill (Department of Molecular Life Science, Tokai University School of Medicine, Isehara, Japan) ,  Kryukov Kirill (Present address: Department of Genomics and Evolutionary Biology, National Institute of Genetics, Mishima, Japan) ,  Mitsuhashi Satomi (Department of Human Genetics, Yokohama City University Graduate School of Medicine, Yokohama, Japan) ,  Mitsuhashi Satomi (Department of Genomic Function and Diversity, Tokyo Medical and Dental University, Tokyo, Japan) ,  Mitsuhashi Hiroaki (Micro/Nano Technology Center, Tokai University, Hiratsuka, Japan) ,  Mitsuhashi Hiroaki (Department of Applied Biochemistry, School of Engineering, Tokai University, Hiratsuka, Japan) ,  Imanishi Tadashi (Department of Molecular Life Science, Tokai University School of Medicine, Isehara, Japan) ,  Imanishi Tadashi (Institute of Medical Sciences, Tokai University, Isehara, Japan) ,  Nakagawa So (Department of Molecular Life Science, Tokai University School of Medicine, Isehara, Japan) ,  Nakagawa So (Micro/Nano Technology Center, Tokai University, Hiratsuka, Japan) ,  Nakagawa So (Institute of Medical Sciences, Tokai University, Isehara, Japan)
資料名： Mobile DNA (Web)  (Mobile DNA (Web))
巻： 11  号： 1  ページ： 1-17  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7334A  ISSN： 1759-8753  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 内因性レトロウイルス(ERV)は哺乳類生殖系列細胞の古代レトロウイルス感染のレムナントである。ERVの大きな割合は,それらのオープンリーディングフレーム(ORFs)を失い,一方,他はそれらを保持し,宿主種によって排出される。しかし,ERVのどの割合がORF(ERV-ORFs)を有するのかは不明であり,転写され,共選択遺伝子の候補として役立つ。19の哺乳類ゲノムにおけるレトロウイルス様蛋白質ドメイン(gag,pro,pol及びenv)を含む176,401ERV-ORFの特徴を調べた。ORFを有するERVの画分は,ドメインタイプおよび種に依存して変化したが,全体的に小さかった(≦0.15%)。コンセンサス配列からのERV-ORFの観察された発散は,二峰性分布を示し,最近,または古代にERV-ORFの大きな割合が哺乳類ゲノムに挿入されたことを示唆した。代わりに,ORFを欠く非常に少ないERVは,同様の分岐パターンを示すことを見出した。ERV由来遺伝子の候補を同定するために,ヒトおよび非ヒト哺乳類対におけるERV-ORFに対する同義置換率(dN/dS)に対する非同義の比率を推定し,ERV-ORFの約42%がdN/dS<1を示すことを見出した。さらに,トランスクリプトーム配列決定を含む機能的ゲノムデータを用いて,これらの選択したERV-ORFの約9.7%が転写能を示した。これらの結果は,精製選択がERV-ORFの特定の部分で動作し,その幾つかは哺乳類ゲノム内に隠された非特性化機能遺伝子に対応するかもしれないことを示唆する。まとめると,我々の分析は,より多くのERV-ORFが,哺乳類の進化と多様化に寄与すると思われる,現在知られているよりも宿主種特異的な方法で共選択されるかもしれないことを示唆する。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 遺伝子 ,  ヒト ,  哺乳類 ,  *ゲノム ,  *レトロウイルス科 ,  キャラクタリゼーション ,  トランスクリプトーム ,  *ゲノミクス ,  コンセンサス配列 ,  オープンリーディングフレーム ,  *内因性 ,  *ドメイン構造 ,  同義置換 ,  *タンパク質ドメイン ,  脊椎動物 ,  *微生物 ,  *動物ウイルス
準シソーラス用語： 古代 , 【Automatic Indexing@JST】

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分類 (2件)： ウイルスの生化学  (EG04030F) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (77件)：

• Nature; Initial sequencing and analysis of the human genome; ; 409; 2001; 860-921; citation_id=CR1
• PLoS Genet; Repetitive elements may comprise over two-thirds of the human genome; AP Koning, W Gu, TA Castoe, MA Batzer, DD Pollock; 7; 2011; e1002384; 10.1371/journal.pgen.1002384; citation_id=CR2
• Smit AFA, Hubley R, Green P. RepeatMasker Open-4.0. 2013-2015.http://www.repeatmasker.org. Accessed 5 July 2019.
• Curr Opin Genet Dev; Interspersed repeats and other mementos of transposable elements in mammalian genomes; AFA Smit; 9; 1999; 657-663; 10.1016/S0959-437X(99)00031-3; citation_id=CR4
• Development.; The impact of transposable elements on mammalian development; JL Garcia-Perez, TJ Widmann, IR Adams; 143; 2016; 4101-4114; 10.1242/dev.132639; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (5件)： ゲノム解析 ,  レトロウイルス ,  蛋白質ドメイン ,  内因性 ,  進化