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J-GLOBAL ID：202102272875256841   整理番号：21A2386571

mAb工学のためのゲノムスケールCHO代謝モデルと時系列トランスクリプトームデータの統合【JST・京大機械翻訳】

Integration of Time-Series Transcriptomic Data with Genome-Scale CHO Metabolic Models for mAb Engineering

著者 (2件)： Huang Zhuangrong ,  Yoon Seongkyu
資料名： Processes (Web)  (Processes (Web))
巻： 8  号： 3  ページ： 331  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7264A  ISSN： 2227-9717  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： チャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞はバイオ医薬品製造で最も一般的に使用される細胞株である。ゲノム規模の代謝モデルは細胞代謝を研究するための貴重なツールとなっている。参照のグローバルなゲノム規模のCHOモデルの存在にもかかわらず,文脈特異的代謝モデルは,特定の細胞株(例えばCHO-K1,CHO-S,CHO-DG44),および特定のプロセス条件のためにまだ必要である。多くの統合アルゴリズムは,特定のゲノムスケールモデルを再構築するために利用可能である。これらの方法は,主にオミクスデータ(即ち,トランスクリプトミクス,プロテオミクスおよびメタボロミクス)を参照ゲノムスケールモデルに統合することに基づいている。本研究では,各再構築モデルによる増殖速度の予測を評価することにより,ゲノム規模CHOモデルに対するトランスクリプトミクス統合の時間点の影響を調べた。また,異なる細胞株(同じ親細胞系から生成)に対する抽出モデルの適用の実現可能性を評価した。本知見は,培養の様々な段階での遺伝子発現が再構築モデルにわずかに影響を与えることを示す。しかし,予測能力は,異なる増殖相だけでなく,他の細胞株への拡大においても細胞増殖予測に関して十分にロバストである。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： アルゴリズム ,  卵巣 ,  *ゲノム ,  細胞増殖 ,  ロバスト性 ,  遺伝子発現 ,  CHO細胞 ,  プロテオミクス
準シソーラス用語： 細胞株 ,  メタボロミクス ,  トランスクリプトーム解析 ,  バイオ医薬品 ,  増殖速度 ,  細胞代謝 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： ゲノムスケール代謝モデル ,  時系列トランスクリプトミクス ,  オミックスデータ統合 ,  CHO細胞

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

引用文献 (46件)：

• O’Brien, E.J.; Monk, J.M.; Palsson, B.O. Using Genome-scale Models to Predict Biological Capabilities. Cell 2015, 161, 971-987.
• Pandey, V.; Hadadi, N.; Hatzimanikatis, V. Enhanced flux prediction by integrating relative expression and relative metabolite abundance into thermodynamically consistent metabolic models. PLoS Comput. Biol. 2019, 15, e1007036.
• Orth, J.D.; Thiele, I.; Palsson, B.O. What is flux balance analysis? Nat. Biotechnol. 2010, 28, 245-248.
• Calmels, C.; McCann, A.; Malphettes, L.; Andersen, M.R. Application of a curated genome-scale metabolic model of CHO DG44 to an industrial fed-batch process. Metab. Eng. 2019, 51, 9-19.
• Sou, S.N.; Sellick, C.; Lee, K.; Mason, A.; Kyriakopoulos, S.; Polizzi, K.M.; Kontoravdi, C. How does mild hypothermia affect monoclonal antibody glycosylation? Biotechnol. Bioeng. 2015, 112, 1165-1176.

タイトルに関連する用語 (9件)： MAB ,  工学 ,  ゲノム ,  スケール ,  代謝 ,  モデル ,  時系列 ,  トランスクリプトーム ,  統合