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J-GLOBAL ID：202102274627777175   整理番号：21A2842063

MimiLook:メガウイルスのMajorオーソロガスグループにおける遺伝子獲得の検出のための系統学的ワークフロー【JST・京大機械翻訳】

MimiLook: A Phylogenetic Workflow for Detection of Gene Acquisition in Major Orthologous Groups of Megavirales

著者 (9件)： Jain Sourabh (Aix-Marseille Universite, Ecole Centrale de Marseille, I2M UMR 7373, CNRS equipe Evolution Biologique et Modelisation, 13284 Marseille, France) ,  Jain Sourabh (Aix-Marseille Universite, Unite de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes (URMITE), UM63 CNRS 7278 INSERM U1095IRD 198, Faculte de Medecine, 13284 Marseille, France) ,  Panda Arup (Aix-Marseille Universite, Ecole Centrale de Marseille, I2M UMR 7373, CNRS equipe Evolution Biologique et Modelisation, 13284 Marseille, France) ,  Panda Arup (Aix-Marseille Universite, Unite de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes (URMITE), UM63 CNRS 7278 INSERM U1095IRD 198, Faculte de Medecine, 13284 Marseille, France) ,  Colson Philippe (Aix-Marseille Universite, Unite de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes (URMITE), UM63 CNRS 7278 INSERM U1095IRD 198, Faculte de Medecine, 13284 Marseille, France) ,  Colson Philippe (IHU Mediterranee Infection, Assistance Publique-Hopitaux de Marseille, Centre Hospitalo-universitaire Timone, Pole des Maladies Infectieuses et Tropicales Clinique et Biologique, Federation de Bacteriologie-Hygiene-Virologie, 13385 Marseille, France) ,  Raoult Didier (Aix-Marseille Universite, Unite de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes (URMITE), UM63 CNRS 7278 INSERM U1095IRD 198, Faculte de Medecine, 13284 Marseille, France) ,  Raoult Didier (IHU Mediterranee Infection, Assistance Publique-Hopitaux de Marseille, Centre Hospitalo-universitaire Timone, Pole des Maladies Infectieuses et Tropicales Clinique et Biologique, Federation de Bacteriologie-Hygiene-Virologie, 13385 Marseille, France) ,  Pontarotti Pierre (Aix-Marseille Universite, Ecole Centrale de Marseille, I2M UMR 7373, CNRS equipe Evolution Biologique et Modelisation, 13284 Marseille, France)
資料名： Viruses (Web)  (Viruses (Web))
巻： 9  号： 4  ページ： 72  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7293A  ISSN： 1999-4915  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 新しいメンバーの包含により,進化メカニズムおよび提案された順序のメンバー,メガウイルスが進化した過程の理解は,重要な関心領域になった。遺伝子獲得の中心的役割は以前の研究で示されている。しかしながら,遺伝子獲得研究における主な欠点は,それらの遺伝的構造の大きな変動を有する少数のMVファミリーまたは推定ファミリーに焦点を当てることである。したがって,著者らは,遠隔関連メガウイルスファミリーのオルソログ群を考慮して,水平遺伝子移動(HGT)を検出することができる方法論を開発することを試みた。ここでは,メガウイルスのORFomesからオーソロググループ(OG)を推論し,生物工学情報(NCBI)非冗長(nr)蛋白質配列データベースの国立センターを横断して配列生成,アラインメント編集および蛋白質-蛋白質BLAST(BLASTP)検索を行うことによって系統樹を構成する,Perlコマンドラインプログラムとして準備された自動ワークフローMimiLookを報告する。最後に,このツールは,NCBI種木と個々の遺伝子木を比較することにより,T-REXアルゴリズムの助けを借りて,遺伝子獲得の統計的に検証された事象を検出する。ステップ間において,ワークフローは,生命の細胞ドメインからの生物と単系統であるそれらのOGに関する情報の検索と共に,パラログ,フィルタリング出力,メガウイルス特異的OGの同定,HGTの検出,を同定する。MimiLookの実装により,メガウイルス遺伝子ファミリー(すなわちOG)の9パーセントがHGTにより獲得され,80%のOGがメガウイルス特異的であり,8パーセントが細胞ドメイン(真核生物,細菌,古細菌,ファージまたは他のウイルス)のメンバーと共通の祖先を共有すること,および3パーセントが2価であることを見いだした。結果を,方法論を強調するために簡潔に議論した。また,MimiLookは,ユーザ定義修正による他の標的門における進化シナリオの検出に関連する。それは,次のリンク10.6084/m9.figshare.4653622でアクセスできる。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： アラインメント ,  アルゴリズム ,  冗長性 ,  データベース ,  細菌 ,  *遺伝子 ,  タンパク質 ,  バクテリオファージ ,  系統樹 ,  真核生物 ,  古細菌 ,  *ワークフロー
準シソーラス用語： オルソログ ,  ドメイン構造 ,  パラロガス遺伝子 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： メガウイルス ,  巨大ウイルス ,  HGT ,  遺伝子獲得 ,  T-REX ,  ワークフロー ,  オーソロガスグループ

分類 (2件)： 進化論一般  (EC03010Q) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (56件)：

• La Scola, B.; Audic, S.; Robert, C.; Jungang, L.; de Lambellerie, X.; Drancourt, M.; Birtles, R.; Claverie, J.M.; Raoult, D. A giant virus in amoebae. Science 2003, 299, 2033.
• Raoult, D.; Audic, S.; Robert, C.; Abergel, C.; Renesto, P.; Ogata, H.; La Scola, B.; Suzan, M.; Claverie, J.M. The 1.2-megabase genome sequence of Mimivirus. Science 2004, 306, 1344-1350.
• Boyer, M.; Yutin, N.; Pagnier, I.; Barrassi, L.; Fournous, G.; Espinosa, L.; Robert, C.; Azza, S.; Sun, S.; Rossmann, M.G.; et al. Giant Marseillevirus highlights the role of amoebae as a melting pot in emergence of chimeric microorganisms. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2009, 106, 21848-21853.
• Philippe, N.; Legendre, M.; Doutre, G.; Couté, Y.; Poirot, O.; Lescot, M.; Arslan, D.; Seltzer, V.; Bertaux, L.; Bruley, C.; et al. Pandoraviruses: Amoeba viruses with genomes up to 2.5 Mb reaching that of parasitic eukaryotes. Science 2013, 341, 281-286.
• Legendre, M.; Bartoli, J.; Shmakova, L.; Jeudy, S.; Labadie, K.; Adrait, A.; Lescot, M.; Poirot, O.; Bertaux, L.; Bruley, C.; et al. Thirty-thousand-year-old distant relative of giant icosahedral DNA viruses with a pandoravirus morphology. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2014, 111, 4274-4279.

タイトルに関連する用語 (5件)： ウイルス ,  遺伝子 ,  獲得 ,  系統学 ,  ワークフロー