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J-GLOBAL ID：202102275470971000   整理番号：21A0178264

バイオインフォマティクス分析に基づく脳低悪性度神経膠腫のMesio側頭葉てんかんおよび予後バイオマーカーのハブ遺伝子の同定【JST・京大機械翻訳】

Identification of Hub Genes of Mesio Temporal Lobe Epilepsy and Prognostic Biomarkers of Brain Low-grade Gliomas Based on Bioinformatics Analysis

著者 (5件)： Xu Jian (Department of Neurology, The Affiliated Hospital of Qingdao University, Qingdao, China) ,  Sun Mingqiang (Department of Clinical Lab, Maternal and Child Health Hospital of Weifang Medical University, Weifang, Shandong, China) ,  Wang Yuanyuan (Department of Pediatric, Maternal and Child Health Hospital of Weifang Medical University, Weifang, Shandong, China) ,  Xie Anmu (Department of Neurology, The Affiliated Hospital of Qingdao University, Qingdao, China) ,  Gao Jian (Department of Pediatric, Maternal and Child Health Hospital of Weifang Medical University, Weifang, Shandong, China)
資料名： Cell Transplantation  (Cell Transplantation)
巻： 29  ページ： 0963689720978722  発行年： 2020年 
JST資料番号： W5161A  ISSN： 0963-6897  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 側頭葉てんかん(MTLE)症候群は難治性てんかんの最も一般的な形態である。一方,発作は脳低悪性度神経膠腫(LGG)を含む脳腫瘍の結果として癌患者で一般的である。しかし,MTLEの根底にある分子機構はよく理解されていない。また,MTLEとLGGの間の関係は注意を必要とする。本研究では,MTLEにおけるハブ遺伝子および潜在的メカニズム,およびMTLEとLGGの間の関係を調べ,遺伝子発現プロファイル(GSE88992)を遺伝子発現Omnibus(GEO)データベースからダウンロードした。3つの時点におけるMTLE対対照群の差分分析を行い,差次的発現遺伝子(DEG)を選択した。時系列クラスタ分析を用いて,傾向遺伝子を選択した。次に,機能的濃縮分析,蛋白質-蛋白質相互作用(PPI)ネットワークおよびモジュール分析,および転写因子(TF)およびmiRNA予測を含む一連のバイオインフォマティクス分析を実施した。また,TCGAデータベースからUALCANを用いて,LGGにおけるハブ遺伝子の全体的生存解析と発現を実施した。6時間で,351の上方制御と80の下方制御されたDEGがあった。12時間で,499の上方制御と231の下方制御されたDEGがあった。さらに,532の上方制御と402の下方制御されたDEGが24時間で得られた。DEGの時系列クラスタリング分析の後,323のアップ傾向と248の下降傾向遺伝子を得た。C3,TIMP1,PENK,CKAP4,その他5つのPPIモジュールを含む10の主要遺伝子をMCODEにより同定した。TF分析は4つのTF:JUN,STAT3,NR4A2およびMycを予測した。合計26,834のmiRNA-mRNA対を予測した。さらに,UALCANの生存分析は,C3,TIMP1,PENK,GNG2,CKAP4,TNC,JUN,STAT3,NR4A2,およびMycがLGGの予後のための潜在的バイオマーカーであり得ることを示唆した。要約すると,DEGとハブ遺伝子を本研究で同定し,MTLEの開発への新しい洞察を提供する。Copyright The Author(s) 2020 Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： データベース ,  ネットワーク ,  mRNA ,  *遺伝子 ,  脳腫瘍 ,  *予後 ,  遺伝子発現 ,  発作 ,  ダウンレギュレーション ,  アップレギュレーション ,  転写因子 ,  *バイオマーカー
準シソーラス用語： マイクロRNA ,  *バイオインフォマティクス ,  差次的遺伝子発現 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 内側側頭葉てんかん(MTLE) ,  低悪性度神経膠腫(LGG) ,  生物情報学 ,  バイオマーカー ,  時系列クラスタリング解析

分類 (2件)： 神経系の腫よう  (GN04000V) ,  遺伝的変異  (EC01030Y)

タイトルに関連する用語 (10件)： バイオインフォマティクス ,  分析 ,  脳 ,  低悪性度神経膠腫 ,  側頭葉てんかん ,  予後 ,  バイオマーカー ,  ハブ ,  遺伝子 ,  同定