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J-GLOBAL ID：202102275953659649   整理番号：21A0040929

EasyAmber:蛋白質の分子動力学シミュレーションを自動化するための包括的ツールボックス【JST・京大機械翻訳】

EasyAmber: A comprehensive toolbox to automate the molecular dynamics simulation of proteins

著者 (3件)： Suplatov Dmitry (Lomonosov Moscow State University, Belozersky Institute of Physico-chemical Biology and Faculty of Bioengineering and Bioinformatics, Leninskiye Gory 1-73, Moscow 119991, Russia) ,  Sharapova Yana (Lomonosov Moscow State University, Belozersky Institute of Physico-chemical Biology and Faculty of Bioengineering and Bioinformatics, Leninskiye Gory 1-73, Moscow 119991, Russia) ,  Svedas Vytas (Lomonosov Moscow State University, Belozersky Institute of Physico-chemical Biology and Faculty of Bioengineering and Bioinformatics, Leninskiye Gory 1-73, Moscow 119991, Russia)
資料名： Journal of Bioinformatics and Computational Biology  (Journal of Bioinformatics and Computational Biology)
巻： 18  号： 6  ページ： 2040011  発行年： 2020年 
JST資料番号： A1491A  ISSN： 0219-7200  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： シンガポール (SGP)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 蛋白質/酵素構造における機能的に重要な領域および結合部位の立体配座可塑性は,それらの機能および基質/リガンドとの相互作用に影響する主要因子の1つである。分子動力学(MD)は,分子系の時間依存挙動を予測することにより,蛋白質柔軟性を説明する挑戦に対処することができる。それは,蛋白質工学および薬物発見において特に重要なツールになる可能性を有するが,専門訓練およびスキルを必要とし,多くの研究者による実際的使用を妨げる。Amberパッケージで実行される分子動力学ルーチンを自動化するためのプログラムの包括的なセットを開発した。ツールボックスは,蛋白質柔軟性を説明するために,計算生物学における広範囲のタスクを扱うことができる。自動ワークフローは,初期「静的」分子モデルからMD「生産運転」までの完全な段階を含む:完全原子モデル構築,分子系の最適化/平衡,古典的/従来および加速分子動力学シミュレーション。容易なAmberは高度なMDプロトコルを実用化するが,広く自動化され,操作が容易であり,広い聴取を引き付ける。ツールボックスは,強力なスーパーコンピュータ上で巨大な作業負荷を管理するのを助けるだけでなく,互換性のあるゲームGPU加速器を備えた個人デスクトップステーションに使用することができる。ソフトウェアは,同時に異なる蛋白質の多重シミュレーションを操作する機会を提供し,従って,作業効率を著しく増加させた。容易なAmberは,大量のデータの複雑な処理に対する使用性に関して次のレベルに分子動力学を採り,従って,蛋白質構造における動力学のより深い理解に向けた生物学における非効率的な「静的」アプローチからの最近の傾向を支持した。ソフトウェアはhttps://biokinet.belozersky.msu.ru/easyAmberでのダウンロードに自由に利用可能であり,ログインは不要である。Copyright 2021 World Scientific Publishing Company All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 塑性 ,  最適化 ,  相互作用 ,  立体配座 ,  *計算機シミュレーション ,  *自動化 ,  ゲーム ,  互換性 ,  *タンパク質 ,  多重化 ,  結合部位 ,  ソフトウェア ,  *分子動力学 ,  スーパコンピュータ
準シソーラス用語： *分子動力学シミュレーション ,  *ツールキット , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 分子動力学 ,  蛋白質構造柔軟性 ,  立体配座アンサンブル ,  蛋白質-リガンド相互作用 ,  時間依存行動自動化ワークフロー

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (4件)： 蛋白質 ,  分子動力学シミュレーション ,  自動化 ,  ツールボックス