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J-GLOBAL ID：202102276179647368   整理番号：21A1648864

常緑木藤本植物の黒老虎ゲノムSSR特徴分析及びプライマー開発【JST・京大機械翻訳】

Characters of genomic SSRs and development of 28 SSR markers for Kadsura coccinea, an evergreen woody vine

著者 (7件)： Zou Jianwen (湖南省森林植物園,湖南 長沙 410116) ,  Luo Xianquan (湖南省森林植物園,湖南 長沙 410116) ,  Rao Hongxin (湖南省森林植物園,湖南 長沙 410116) ,  Li Xiaofei (湖南省森林植物園,湖南 長沙 410116) ,  Yan Lihong (湖南省森林植物園,湖南 長沙 410116) ,  He Runhua (湖南省森林植物園,湖南 長沙 410116) ,  Chen Ling (湖南省森林植物園,湖南 長沙 410116)
資料名： Zhongnan Linye Keji Daxue Xuebao  (Zhongnan Linye Keji Daxue Xuebao)
巻： 41  号： 4  ページ： 130-138  発行年： 2021年 
JST資料番号： C2295A  ISSN： 1673-923X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： [目的]黒老虎のSSRマーカーを開発し、その群体遺伝学研究及び遺伝資源収集、保存、評価及び良種選別育成に根拠を提供する。[方法]ハイスループットシークエンシングに基づいて候補SSR部位を獲得し、プライマーを設計し、PCR増幅及びその産物多型検出を行った。湖南省会同、城歩と桂東の3つの天然群体の66の黒老虎の植物を供試材料とし、多型遺伝子座を選び、遺伝的多様性を分析し、5つの近縁種25株を用いてSSRマーカーの汎用性を検討した。[結果]152207の候補SSR遺伝子座をハイスループットシークエンシングにより検索し,ジヌクレオチド反復率(57.69%)が最大で,次いでモノヌクレオチド(17.30%)とテトラヌクレオチド反復(10.68%)であった。単、二、三、四、五及び六ヌクレオチド反復ユニットはそれぞれA/T(98.06%)、AC/GT(57.30%)、AAG/CTT(41.91%)、AAAT/ATTT(29.55%)、AAT/ATT(29)であった。18%とACAT/ATGT(40.31%)は最も一般的であった。160対のSSRプライマーから28ペアを選別し、PCR増幅に成功し、多型遺伝子座を獲得した。3つの自然個体群の遺伝的多様性分析の結果,28の遺伝子座は168の対立遺伝子を共有し,対立遺伝子数は214であり,実際のヘテロ接合性と期待ヘテロ接合性はそれぞれ0.0000.900と0.0000.860であった。Hardy-Weinberg平衡(P<0.05)は,それぞれ9,13,および7つの遺伝子座において,同じ,都市および桂東の個体群において有意に逸脱した(P<0.05)が,遺伝子座間の連鎖不均衡は見つからなかった(P≧0.05)。28の遺伝子座のうち、24と14は南五味子と異形南五味子に応用でき、一方、ウキョウの五味子、華中五味子と狭葉五味子に対して、汎用性が低く、69個だけの遺伝子座が成功的に増幅された。【結語】28のSSRマーカーは,遺伝的多様性分析,生殖質資源評価,生殖質同定,および分子マーカー支援育種に適用できた。Data from Wanfang. Translated by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *ヌクレオチド ,  城 ,  育種 ,  対立遺伝子 ,  個体群 ,  PCR法 ,  遺伝資源
準シソーラス用語： 配列解析 ,  連鎖不平衡 ,  分子マーカー ,  ハイスループット ,  マイクロサテライトマーカー ,  近縁種 ,  生殖質 ,  遺伝多様性 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 森林植物学  (FF02020E) ,  遺伝的変異  (EC01030Y)

タイトルに関連する用語 (7件)： 植物 ,  黒老虎 ,  ゲノム ,  SSR ,  特徴分析 ,  プライマー ,  開発