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J-GLOBAL ID：202102278026286580   整理番号：21A0828374

SRRM4はマイクロエキソン封入体の調節により環状RNAのレパートリーを拡大する【JST・京大機械翻訳】

SRRM4 Expands the Repertoire of Circular RNAs by Regulating Microexon Inclusion

著者 (19件)： Conn Vanessa M. (Flinders Cancer Research, College of Medicine and Public Health, Flinders University, Bedford Park 5042, South Australia, Australia) ,  Conn Vanessa M. (Flinders Health and Medical Research Institute (FHMRI), College of Medicine and Public Health, Flinders University, Bedford Park 5042, South Australia, Australia) ,  Gabryelska Marta (Flinders Cancer Research, College of Medicine and Public Health, Flinders University, Bedford Park 5042, South Australia, Australia) ,  Gabryelska Marta (Flinders Health and Medical Research Institute (FHMRI), College of Medicine and Public Health, Flinders University, Bedford Park 5042, South Australia, Australia) ,  Marri Shashikanth (Flinders Cancer Research, College of Medicine and Public Health, Flinders University, Bedford Park 5042, South Australia, Australia) ,  Marri Shashikanth (Flinders Health and Medical Research Institute (FHMRI), College of Medicine and Public Health, Flinders University, Bedford Park 5042, South Australia, Australia) ,  Stringer Brett W. (Flinders Cancer Research, College of Medicine and Public Health, Flinders University, Bedford Park 5042, South Australia, Australia) ,  Stringer Brett W. (Flinders Health and Medical Research Institute (FHMRI), College of Medicine and Public Health, Flinders University, Bedford Park 5042, South Australia, Australia) ,  Stringer Brett W. (School of Clinical Medicine-Greenslopes Clinical Unit, The University of Queensland, Brisbane 4120, Queensland, Australia) ,  Ormsby Rebecca J. (Flinders Cancer Research, College of Medicine and Public Health, Flinders University, Bedford Park 5042, South Australia, Australia) ,  Ormsby Rebecca J. (Flinders Health and Medical Research Institute (FHMRI), College of Medicine and Public Health, Flinders University, Bedford Park 5042, South Australia, Australia) ,  Penn Timothy (Flinders Cancer Research, College of Medicine and Public Health, Flinders University, Bedford Park 5042, South Australia, Australia) ,  Penn Timothy (Flinders Health and Medical Research Institute (FHMRI), College of Medicine and Public Health, Flinders University, Bedford Park 5042, South Australia, Australia) ,  Poonnoose Santosh (Flinders Health and Medical Research Institute (FHMRI), College of Medicine and Public Health, Flinders University, Bedford Park 5042, South Australia, Australia) ,  Poonnoose Santosh (Department of Neurosurgery, Flinders Medical Centre, Bedford Park 5042, South Australia, Australia) ,  Kichenadasse Ganessan (Flinders Health and Medical Research Institute (FHMRI), College of Medicine and Public Health, Flinders University, Bedford Park 5042, South Australia, Australia) ,  Kichenadasse Ganessan (Department of Medical Oncology, Flinders Centre for Innovation in Cancer, Flinders Medical Centre, Bedford Park 5042, South Australia, Australia) ,  Conn Simon J. (Flinders Cancer Research, College of Medicine and Public Health, Flinders University, Bedford Park 5042, South Australia, Australia) ,  Conn Simon J. (Flinders Health and Medical Research Institute (FHMRI), College of Medicine and Public Health, Flinders University, Bedford Park 5042, South Australia, Australia)
資料名： Cells (Web)  (Cells (Web))
巻： 9  号： 11  ページ： 2488  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7155A  ISSN： 2073-4409  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ハイスループットRNA配列決定(RNA-seq)と専用バイオインフォマティクスパイプラインは,100,000変異体を超えるユニークな環状RNA(circRNA)の膨張レパートリーを同定するために統合されている。これらのcircRNAの大部分は正準エキソンとイントロン配列から成るが,機能的mRNA転写物の30%で生じるマイクロエクソン(ME)は完全に見落とされている。これらの既知MEs(ME-circRNA)を含むCircRNAは,一般的に利用されるcircRNA予測パイプライン,CIRCexplorer2およびCIRI2で同定できるが,以前にME-circRNAとしては認識されなかった。さらに,Hybと呼ばれるRNAキメラを同定するためのバイオインフォマティクスパイプラインを採用するとき,著者らは,CIRCexplorer2またはCIRI2のいずれかによって呼ばれる,それらのバックスプリス接合部に新規MEを含む2000以上のME-circRNAsを同定できた。マッチした対照組織と比較して,異なる臨床グレードの神経膠腫からのcircRNA-seqデータセットの解析は,循環RNAが健康な組織から腫瘍を層化するための予後マーカーとしての可能性を有することを示した。さらに,腫瘍と正常組織の間のミクロエキソン含有サーコRNA(ME-circRNAs)の豊度は,スプライシング関連因子,セリン/アルギニン反復マトリックス4(SRRM4)の発現と相関する。ヒトHEK293細胞において,神経分化に重要なmRNAのME封入体を調節することが知られているSRRM4の過剰発現は,ME-cirEIF4G3を含む2000以上の新規ME-circRNAsの生合成をもたらし,循環SETDB2とcircLRBAを含む多くの正準循環RNAの豊度の変化をもたらした。これはSRRM4を示し,その発現は神経膠腫における予後不良と相関し,bona fide circRNA生合成因子として作用する。腫瘍形成におけるMEとcircRNAsの既知の役割を考えると,これらの以前に認識されていないME-circRNAの同定は,この非コードRNAファミリーの複雑性と機能的見解をさらに増加させる。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 生合成 ,  *RNA【核酸】 ,  mRNA ,  腫瘍 ,  ヒト ,  キメラ ,  イントロン ,  選択的スプライシング ,  腫瘤形成 ,  HEK293細胞
準シソーラス用語： 予後不良 ,  バイオインフォマティクス ,  ハイスループット ,  過剰発現 ,  *環状RNA , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 環状RNA ,  選択的スプライシング ,  スプライシング因子 ,  マイクロエキソン ,  SRRM4 ,  神経膠芽腫

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (65件)：

• Cvitkovic, I.; Jurica, M.S. Spliceosome Database: A tool for tracking components of the spliceosome. Nucleic Acids Res. 2013, 41, D132-D141.
• Chen, W.; Moore, M.J. Spliceosomes. Curr. Biol. 2015, 25, R181-R183.
• Sibley, C.R.; Blazquez, L.; Ule, J. Lessons from non-canonical splicing. Nat. Rev. Genet. 2016, 17, 407-421.
• Wang, E.T.; Sandberg, R.; Luo, S.; Khrebtukova, I.; Zhang, L.; Mayr, C.; Kingsmore, S.F.; Schroth, G.P.; Burge, C.B. Alternative isoform regulation in human tissue transcriptomes. Nature 2008, 456, 470-476.
• Chen, K.; Dai, X.; Wu, J. Alternative splicing: An important mechanism in stem cell biology. World J. Stem Cells 2015, 7, 1-10.

タイトルに関連する用語 (5件)： エキソン ,  封入体 ,  調節 ,  環状RNA ,  拡大