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J-GLOBAL ID：202102278264596045   整理番号：21A1375316

転写開始部位周辺のヌクレオソーム位置決めはショウジョウバエ間期染色体における活性クロマチン状態だけの遺伝子発現と相関する【JST・京大機械翻訳】

Nucleosome Positioning around Transcription Start Site Correlates with Gene Expression Only for Active Chromatin State in Drosophila Interphase Chromosomes

著者 (7件)： Levitsky Victor G. (Department of System Biology, Institute of Cytology and Genetics, 630090 Novosibirsk, Russia) ,  Levitsky Victor G. (Department of Natural Sciences, Novosibirsk State University, 630090 Novosibirsk, Russia) ,  Zykova Tatyana Yu. (Department of the Structure and Function of Chromosomes, Institute of Molecular and Cellular Biology, 630090 Novosibirsk, Russia) ,  Moshkin Yuri M. (Department of System Biology, Institute of Cytology and Genetics, 630090 Novosibirsk, Russia) ,  Moshkin Yuri M. (Department of the Structure and Function of Chromosomes, Institute of Molecular and Cellular Biology, 630090 Novosibirsk, Russia) ,  Zhimulev Igor F. (Department of Natural Sciences, Novosibirsk State University, 630090 Novosibirsk, Russia) ,  Zhimulev Igor F. (Department of the Structure and Function of Chromosomes, Institute of Molecular and Cellular Biology, 630090 Novosibirsk, Russia)
資料名： International Journal of Molecular Sciences (Web)  (International Journal of Molecular Sciences (Web))
巻： 21  号： 23  ページ： 9282  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7038A  ISSN： 1422-0067  CODEN： IJMCFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Drosophila melanogasterにおけるヌクレオソームの全ゲノム実験マップを分析し,S2細胞(RPKM値,キロ塩基百万当りの読取り)および遺伝子を発現する組織数(発現,BoE)における発現レベルにより遺伝子を同定した。隠れMarkovモデル(4HMM)に従って4つの状態に分類した遺伝子の5領域におけるクロマチン。アクアリンクロマチン状態のみが活性として考えられたが,残りの3状態は非Activeと定義した。驚くべきことに,活性/Non-Activeクロマチンにマッピングされた5領域を持つ遺伝子の約20/40%は,最小/少なくとも中程度のRPKMとBoEを有していた。RPKM/BoEに関係なく,活性クロマチンの遺伝子は5領域で規則的なヌクレオソーム配列を有するが,非活性クロマチンの遺伝子はそれぞれの特異性を示さないことを見出した。活性クロマチンの遺伝子に対してのみ,RPKM/BoEは上流/周辺TSSのヌクレオソーム部位数及び下流TSSと負相関した。著者らは,RPKM値およびBoEに関係なく,5領域におけるヌクレオソーム配列が転写を増強する一方で,非活性クロマチンの遺伝子に対しては,転写機構はヌクレオソーム配列から遺伝子発現に影響する実質的な支持を必要としないと提案した。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *遺伝子 ,  *クロマチン ,  *染色体 ,  調節遺伝子 ,  位置決め ,  ゲノム ,  *ショウジョウバエ ,  *ヌクレオソーム ,  *遺伝子発現 ,  隠れMarkovモデル
準シソーラス用語： キイロショウジョウバエ ,  *細胞分裂間期 ,  *転写開始部位 ,  S2細胞 ,  特異性 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： ヌクレオソーム配列 ,  クロマチン景観 ,  発現レベル ,  発現の幅 ,  5′調節領域 ,  組織特異的およびサイレント遺伝子 ,  ハウスキーピングと広く発現した遺伝子

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (40件)：

• Hughes, A.L.; Rando, O.J. Mechanisms Underlying Nucleosome Positioning In Vivo. Annu. Rev. Biophys. 2014, 43, 41-63.
• Jiang, C.; Pugh, B.F. Nucleosome positioning and gene regulation: Advances through genomics. Nat. Rev. Genet. 2009, 10, 161-172.
• Morozov, A.V.; Fortney, K.; Gaykalova, D.A.; Studitsky, V.M.; Widom, J.; Siggia, E.D. Using DNA mechanics to predict in vitro nucleosome positions and formation energies. Nucleic Acids Res. 2009, 37, 4707-4722.
• Hughes, A.L.; Jin, Y.; Rando, O.J.; Struhl, K. A functional evolutionary approach to identify determinants of nucleosome positioning: A unifying model for establishing the genome-wide pattern. Mol. Cell 2012, 48, 5-15.
• Struhl, K.; Segal, E. Determinants of nucleosome positioning. Nat. Struct. Mol. Biol. 2013, 20, 267-273.

タイトルに関連する用語 (10件)： 転写開始部位 ,  周辺 ,  ヌクレオソーム ,  ショウジョウバエ ,  間期 ,  染色体 ,  活性 ,  クロマチン ,  遺伝子発現 ,  相関