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J-GLOBAL ID：202102278617415811   整理番号：21A2844402

40年周期で検出されるヒトサポウイルスのゲノム解析は遺伝子型とゲノム領域間の進化の不一致パターンを明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Genomic Analyses of Human Sapoviruses Detected over a 40-Year Period Reveal Disparate Patterns of Evolution among Genotypes and Genome Regions

著者 (5件)： Tohma Kentaro (Division of Viral Products, CBER, FDA, Silver Spring, MD 20993, USA) ,  Kulka Michael (Division of Molecular Biology, CFSAN, FDA, Laurel, MD 20993, USA) ,  Coughlan Suzie (National Virus Reference Laboratory, UC-Dublin, Dublin 4, Ireland) ,  Green Kim Y. (Laboratory of Infectious Diseases, NIH, Bethesda, MD 20993, USA) ,  Parra Gabriel I. (Division of Viral Products, CBER, FDA, Silver Spring, MD 20993, USA)
資料名： Viruses (Web)  (Viruses (Web))
巻： 12  号： 5  ページ： 516  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7293A  ISSN： 1999-4915  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ヒトサポウイルスは,すべての年齢群で急性胃腸炎の原因物質である。完全長ウイルスゲノムの使用は,進化動力学と伝達鎖を研究するのに有益であることが証明されている。本研究では,サポウイルスの多様化を分析するために,ヒトサポウイルスのための完全長ゲノム配列決定プラットフォームを開発し,最も古い利用可能な菌株(1970年代に収集)を配列決定した。5つの主要な遺伝子型(GI.1,GI.2,GII.1,GII.3,およびGIV.1)からの配列解析は,2040年以上にわたって限られた遺伝子型内多様化を示した。VP1におけるアミノ酸変異の蓄積は,GI.2およびGIV.1ウイルスに対して検出されたが,他の遺伝子型に対するヌクレオチド進化の類似した速度を有した。系統発生クラスター化の違いは,著者らのアーカイブ株のRdRpとVP1配列と,他の報告された推定組換え体の間で検出された。しかし,親株の欠如とゲノム領域間の多様化の違いは,サポウイルスの系統発生クラスタ化の不一致が,組換えだけでなく,RdRpとVP1配列間の異種ヌクレオチド置換パターンによっても説明できることを示唆する。まとめると,本研究では,ノロウイルスとは対照的に,サポウイルスは遺伝子型内変異と組換えにより限られた多様化を示した。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *遺伝子型 ,  ヌクレオチド ,  ヒト ,  系統発生 ,  クラスタ化 ,  *ゲノム ,  ノロウイルス
準シソーラス用語： *サポウイルス ,  配列解析 ,  *ゲノミクス ,  ウイルスゲノム ,  VP1蛋白質 ,  ゲノム配列 ,  アミノ酸変異 ,  組換体 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： サポウイルス ,  カリシウイルス ,  遺伝的多様性 ,  進化 ,  組換え ,  ノロウイルス

分類 (1件)： 感染症・寄生虫症一般  (GD01010H)

引用文献 (73件)：

• Oka, T.; Wang, Q.; Katayama, K.; Saif, L.J. Comprehensive review of human sapoviruses. Clin. Microbiol. Rev. 2015, 28, 32-53.
• Clarke, I.N.; Lambden, P.R. Organization and expression of calicivirus genes. J. Infect. Dis. 2000, 181 (Suppl. 2), S309-S316.
• Miyazaki, N.; Taylor, D.W.; Hansman, G.S.; Murata, K. Antigenic and Cryo-Electron Microscopy Structure Analysis of a Chimeric Sapovirus Capsid. J. Virol. 2015, 90, 2664-2675.
• Oka, T.; Mori, K.; Iritani, N.; Harada, S.; Ueki, Y.; Iizuka, S.; Mise, K.; Murakami, K.; Wakita, T.; Katayama, K. Human sapovirus classification based on complete capsid nucleotide sequences. Arch. Virol. 2012, 157, 349-352.
• Diez-Valcarce, M.; Castro, C.J.; Marine, R.L.; Halasa, N.; Mayta, H.; Saito, M.; Tsaknaridis, L.; Pan, C.Y.; Bucardo, F.; Becker-Dreps, S.; et al. Genetic diversity of human sapovirus across the Americas. J. Clin. Virol. 2018, 104, 65-72.

タイトルに関連する用語 (5件)： 周期 ,  ゲノム解析 ,  遺伝子型 ,  ゲノム ,  進化