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J-GLOBAL ID：202102279366887493   整理番号：21A1358752

Pterocarpus属(Fabacaeae)からの5つの完全な葉緑体ゲノムの比較分析【JST・京大機械翻訳】

Comparative Analyses of Five Complete Chloroplast Genomes from the Genus Pterocarpus (Fabacaeae)

著者 (8件)： Hong Zhou (State Key Laboratory of Tree Genetics and Breeding, Research Institute of Tropical Forestry, Chinese Academy of Forestry, Guangzhou 510520, China) ,  Wu Zhiqiang (Guangdong Laboratory for Lingnan Modern Agriculture, Genome Analysis Laboratory of the Ministry of Agriculture, Agricultural Genomics Institute at Shenzhen, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Shenzhen 518120, China) ,  Zhao Kunkun (State Key Laboratory of Tree Genetics and Breeding, Research Institute of Tropical Forestry, Chinese Academy of Forestry, Guangzhou 510520, China) ,  Yang Zengjiang (State Key Laboratory of Tree Genetics and Breeding, Research Institute of Tropical Forestry, Chinese Academy of Forestry, Guangzhou 510520, China) ,  Zhang Ningnan (State Key Laboratory of Tree Genetics and Breeding, Research Institute of Tropical Forestry, Chinese Academy of Forestry, Guangzhou 510520, China) ,  Guo Junyu (State Key Laboratory of Tree Genetics and Breeding, Research Institute of Tropical Forestry, Chinese Academy of Forestry, Guangzhou 510520, China) ,  Tembrock Luke R. (Department of Agricultural Biology, Colorado State University, Fort Collins, CO 80523, USA) ,  Xu Daping (State Key Laboratory of Tree Genetics and Breeding, Research Institute of Tropical Forestry, Chinese Academy of Forestry, Guangzhou 510520, China)
資料名： International Journal of Molecular Sciences (Web)  (International Journal of Molecular Sciences (Web))
巻： 21  号： 11  ページ： 3758  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7038A  ISSN： 1422-0067  CODEN： IJMCFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Ptercarpusは,主に熱帯アジア,アフリカ,および南アメリカに分布する樹木の属である。Ptercarpusの幾つかの種はバラ材木種であり,木材に対して重要な経済的価値を持ち,また,いくつかの種,薬用価値を有する。これまで,葉緑体のゲノム特性に関してこの属に関する情報は限られている。次世代シークエンシング(Illumina Hiseq)と長読取配列(PacBio)の組み合わせに基づき,Ptercarpus(Ptercarpus macrocarpus,P.santalinus,P.indicus,P.pedatus,P.marsupium)の5種(ローズウッド)の全葉緑体ゲノム(cpゲノム)を組み立てた。Ptercarpusにおける5種のcpゲノムは,類似した構造特性,遺伝子含有量,および他の開花植物への配列を有する。cpゲノムは,110のユニークな遺伝子(77の蛋白質コード遺伝子,4つのrRNA,29のtRNA)を含む典型的な4つの部分構造を持っている。比較ゲノム分析を通して,豊富な単純配列反復(SSR)loci(333349)を,Ptercarpusで検出し,その中で,A/T単一ヌクレオチド反復が,最も高い割合(72.876.4%)を占めた。Ptercarpusの5つのcpゲノムにおいて,trnH-GUG_psbA,trnS-UGA_psbC,accD-psaI,ndhI-exon2_ndhI-exon1,ndhGndhi-exon2,rpoC2-exon2,ccsAおよびtrnfM-CAUを含む8つの超可変領域を,DNAバーコード領域として使用するために提案した。遺伝子選択圧(参照ゲノムとしてのP.santalinus)の比較において,精製選択は重要な生物学的機能を維持する選択の一次モードとして推測された。系統発生分析は,Ptercarpusが単系統群であることを示した。種P.tinctoriusは,属の初期発散として分解された。PtercarpusはTipuana属への姉妹として分解された。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 木材 ,  rRNA ,  tRNA ,  遺伝子 ,  *葉緑体 ,  タンパク質 ,  ヌクレオチド ,  系統発生 ,  *ゲノム ,  熱帯 ,  生物活性 ,  開花
準シソーラス用語： 系統解析 ,  DNAバーコード ,  次世代シークエンシング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： Pterocarpus ,  葉緑体ゲノム ,  超可変領域 ,  マイクロサテライトマーカー ,  選択の浄化 ,  系統発生解析

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  細胞構成体一般  (EF03010Z)

引用文献 (106件)：

• Ng, F.S.P. Pterocarpus Indicus-the Majestic N-fixing Tree; NFT Highlights; Nitrogen Fixing Tree Association (NFTA): Waimanalo, HI, USA, 1992; pp. 92-94.
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• Chen, Q.D.; Li, X.M.; Zeng, J.; Li, C.W. Introduction status and perspectives of Pterocarpus in China. Sci. Technol. 2004, 2, 38-41.
• Saslis-Lagoudakis, C.H.; Klitgaard, B.B.; Forest, F.; Francis, L.; Savolainen, V.; Williamson, E.M.; Hawkins, J.A. The use of phylogeny to interpret cross-cultural patterns in plant use and guide medicinal plant discovery: An example from Pterocarpus (Leguminosae). PLoS ONE 2011, 6, e22275.
• Waeber, P.O.; Schuurman, D.; Ramamonjisoa, B.; Langrand, M.; Barber, C.V.; Innes, J.L.; Lowry II, P.P.; Wilmé, L. Uplisting of Malagasy precious woods critical for their survival. Biol. Conserv. 2019, 235, 89-92.

タイトルに関連する用語 (3件)： Pterocarpus ,  葉緑体ゲノム ,  比較分析