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J-GLOBAL ID：202102280144945980   整理番号：21A0295160

SARS-CoV-2による非正準サブゲノムRNAのパーベイシブ生成【JST・京大機械翻訳】

Pervasive generation of non-canonical subgenomic RNAs by SARS-CoV-2

著者 (10件)： Nomburg Jason (Department of Medical Oncology, Dana-Farber Cancer Institute, Boston, USA) ,  Nomburg Jason (Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, USA) ,  Nomburg Jason (Harvard Program in Virology, Harvard University Graduate School of Arts and Sciences, Boston, USA) ,  Meyerson Matthew (Department of Medical Oncology, Dana-Farber Cancer Institute, Boston, USA) ,  Meyerson Matthew (Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, USA) ,  Meyerson Matthew (Department of Genetics, Harvard Medical School, Boston, USA) ,  Meyerson Matthew (Department of Medicine, Harvard Medical School, Brigham and Women’s Hospital, Boston, USA) ,  DeCaprio James A. (Department of Medical Oncology, Dana-Farber Cancer Institute, Boston, USA) ,  DeCaprio James A. (Harvard Program in Virology, Harvard University Graduate School of Arts and Sciences, Boston, USA) ,  DeCaprio James A. (Department of Medicine, Harvard Medical School, Brigham and Women’s Hospital, Boston, USA)
資料名： Genome Medicine (Web)  (Genome Medicine (Web))
巻： 12  号： 1  ページ： 1-14  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7320A  ISSN： 1756-994X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Coronaviridae科の陽性センスRNAウイルスであるSARS-CoV-2は,コロナウイルス病2019またはCOVID-19の世界的流行を引き起こした。コロナウイルスは,5′UTR(TRS-L)におけるリーダー配列後に位置する転写調節配列(TRS)とゲノムの3′末端近くの構造及びアクセサリー蛋白質(TRS-B)をコードするORFの開始の近くに位置するTRSの間の相同性を含む過程を介して,サブゲノムRNA(sgRNA)のタイド系列を生成する。SARS-CoV-2により生成される正準sgRNAに加えて,非標準的sgRNA(nc-sgRNA)が報告されている。しかし,これらのnc-sgRNAのウイルス分離株と感染条件への整合性は知られていない。SARS-CoV-2 RNA産物の包括的定義は,SARS-CoV-2病因を理解する上で重要な段階である。ここでは,3つの配列決定戦略,5つの宿主系および7つのウイルス分離株を用いて生成された8つの独立したSARS-CoV-2トランスクリプトームの統合分析を報告する。SARS-CoV-2ゲノムへの読み取りを用いて,これらのサンプルで同定されたウイルスRNAにおける全結合の5′および3′座標を決定した。接合存在量を用いて,nc-sgRNAsは感染の細胞培養モデルにおいて全sgRNAの33%以上を構成し,感染時に独立したトランスクリプトームの豊度と時間にわたる豊度の増加に大部分一致することを示した。5′と3′結合点に隣接する配列間の相同性を評価することにより,nc-sgRNAはTRS様相同性とは関連しないことを示した。読取範囲情報を組み込むことにより,ORF1aの5′領域のみを含むサブゲノムRNAの強い証拠を見出した。最後に,非正準接合がウイルスオープンリーディングフレームの景観を変えることを示した。SARS-CoV-2sgRNAsにおける正準および非正準結合を同定し,これらRNA産物が多くの独立したウイルス分離株および配列決定法により一貫して生成することを示した。これらの分析はSARS-CoV-2の多様な転写活性を強調し,SARS-CoV-2生物学に重要な洞察を提供する。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *RNA【核酸】 ,  細胞培養 ,  *ゲノム ,  RNAウイルス ,  シグナルペプチド ,  相同性 ,  病因 ,  トランスクリプトーム
準シソーラス用語： コロナウイルス ,  *重症急性呼吸器症候群 ,  ウイルスRNA ,  オープンリーディングフレーム ,  転写活性 ,  転写調節 ,  ウイルス分離 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： SARS-CoV-2 ,  COVID-19 ,  直接RNA配列決定 ,  転写

分類 (2件)： ウイルスの生化学  (EG04030F) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (38件)：

• Nature.; A new coronavirus associated with human respiratory disease in China; F Wu, S Zhao, B Yu, Y-M Chen, W Wang, Z-G Song; 579; 7798; 2020; 265-269; 10.1038/s41586-020-2008-3; citation_id=CR1
• Front Biosci; The role of programmed-1 ribosomal frameshifting in coronavirus propagation; EP Plant, JD Dinman; 13; 2008; 4873; 10.2741/3046; citation_id=CR2
• Virus Res; SARS coronavirus accessory proteins; K Narayanan, C Huang, S Makino; 133; 1; 2008; 113-121; 10.1016/j.virusres.2007.10.009; citation_id=CR3
• Virology.; The group-specific murine coronavirus genes are not essential, but their deletion, by reverse genetics, is attenuating in the natural host; CA Haan, PS Masters, X Shen, S Weiss, PJ Rottier; 296; 1; 2002; 177-189; 10.1006/viro.2002.1412; citation_id=CR4
• J Virol; Severe acute respiratory syndrome coronavirus group-specific open reading frames encode nonessential functions for replication in cell cultures and mice; B Yount, RS Roberts, AC Sims, D Deming, MB Frieman, J Sparks; 79; 23; 2005; 14909-14922; 10.1128/JVI.79.23.14909-14922.2005; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (2件)： SARS-CoV-2 ,  サブゲノムRNA