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J-GLOBAL ID：202102280923490951   整理番号：21A0385195

メタゲノム次世代シークエンシングによる肺感染診断の改善【JST・京大機械翻訳】

Improving Pulmonary Infection Diagnosis with Metagenomic Next Generation Sequencing

著者 (16件)： Qian Yi-Yi (1Department of Infectious Diseases, Huashan Hospital, Fudan University, Shanghai, China) ,  Wang Hong-Yu (1Department of Infectious Diseases, Huashan Hospital, Fudan University, Shanghai, China) ,  Zhou Yang (1Department of Infectious Diseases, Huashan Hospital, Fudan University, Shanghai, China) ,  Zhang Hao-Cheng (1Department of Infectious Diseases, Huashan Hospital, Fudan University, Shanghai, China) ,  Zhu Yi-Min (1Department of Infectious Diseases, Huashan Hospital, Fudan University, Shanghai, China) ,  Zhou Xian (1Department of Infectious Diseases, Huashan Hospital, Fudan University, Shanghai, China) ,  Ying Yue (1Department of Infectious Diseases, Huashan Hospital, Fudan University, Shanghai, China) ,  Cui Peng (1Department of Infectious Diseases, Huashan Hospital, Fudan University, Shanghai, China) ,  Wu Hong-Long (2BGI PathoGenesis Pharmaceutical Technology Co., Ltd, BGI-Shenzhen, Shenzhen, China) ,  Wu Hong-Long (3BGI Wuhan Biotechnology, BGI-Shenzhen, Wuhan, China) ,  Zhang Wen-Hong (1Department of Infectious Diseases, Huashan Hospital, Fudan University, Shanghai, China) ,  Zhang Wen-Hong (4State Key Laboratory of Genetic Engineering, School of Life Science, Fudan University, Shanghai, China) ,  Zhang Wen-Hong (5National Clinical Research Center for Aging and Medicine, Huashan Hospital, Fudan University, Shanghai, China) ,  Zhang Wen-Hong (6Key Laboratory of Medical Molecular Virology (MOE/MOH) and Institutes of Biomedical Sciences, Shanghai Medical College, Fudan University, Shanghai, China) ,  Jin Jia-Lin (1Department of Infectious Diseases, Huashan Hospital, Fudan University, Shanghai, China) ,  Ai Jing-Wen (1Department of Infectious Diseases, Huashan Hospital, Fudan University, Shanghai, China)
資料名： Frontiers in Cellular and Infection Microbiology (Web)  (Frontiers in Cellular and Infection Microbiology (Web))
巻： 10  ページ： 567615  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7063A  ISSN： 2235-2988  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 肺感染は,それらの高い罹患率と死亡率,特に高齢と免疫不全の個人で,最も一般的で重要な感染症である。しかし,従来の診断法の感度と長いターンアラウンド時間(TAT)の限界のため,より大きな診断効率による肺感染に対する病原体検出と同定法が緊急に必要である。近年,不偏性メタゲノム次世代シークエンシング(mNGS)は,異なる型の感染性病原体を検出するために広く使われており,特に希少で新たに緊急の病原体の検出に有用で,従来法より良好な診断性能を示す。肺感染の診断のためのmNGSの応用を調査する研究は限られている。この研究では,肺感染に対するmNGSの診断効率と臨床的影響を評価した。中国,上海で肺感染と診断された患者から合計100の呼吸器サンプルを採取した。気道ウイルスに対する培養および標準ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)パネル分析を含む従来法,およびmNGSを呼吸器試料中の病原体検出に用いた。従来法とmNGSの間の診断収率の違いは,mNGSが病原性細菌と真菌の検出に対して従来の培養より高い感度を有することを示した(95%対54%;p<0.001)。mNGSはウイルス感染を診断するためのPCRより低い感度を有したが,ヒトヘルペスウイルスの多重サブタイプを含む従来の方法を用いて検出されない14のウイルス種を同定し,ゲノム被覆率>95%のウイルスを検出し,配列決定深さ>100×で,信頼できる系統発生および疫学的情報を提供し,mNGSはより短いTATを含む余分な利点を提供した。従来法への補足的なアプローチとして,mNGSは呼吸器感染剤の同定を改善するのを助けることができた。混合または希少病原体の感染が疑われるとき,特に免疫不全個体および緊急治療を必要とする重症条件を有する個人において,mNGSのタイムリーな使用を推奨する。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： ウイルス感染 ,  気道 ,  呼吸器 ,  死亡率 ,  ウイルス感染症 ,  *ゲノム ,  ターンアラウンド時間 ,  感染症 ,  真菌類 ,  病原体 ,  疫学 ,  免疫不全症候群 ,  呼吸器感染症 ,  PCR法
準シソーラス用語： *メタゲノム ,  *次世代シークエンシング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 肺感染症 ,  メタゲノミクス ,  次世代シークエンシング ,  診断 ,  呼吸器感染症

分類 (2件)： 感染症・寄生虫症一般  (GD01010H) ,  微生物検査  (GC02030H)

引用文献 (28件)：

• AiJ. W.ZhangH. C.CuiP.XuB.GaoY.ChengQ.. (2018). Dynamic and direct pathogen load surveillance to monitor disease progression and therapeutic efficacy in central nervous system infection using a novel semi-quantitive sequencing platform. J. Infect. 76, 307-310. doi: doi: 10.1016/j.jinf.2017.11.002
• EdgarR. C. (2004). MUSCLE: a multiple sequence alignment method with reduced time and space complexity. BMC Bioinformatics 5, 113. doi: doi: 10.1186/1471-2105-5-113
• GuindonS.DufayardJ. F.LefortV.AnisimovaM.HordijkW.GascuelO. (2010). New algorithms and methods to estimate maximum-likelihood phylogenies: assessing the performance of PhyML 3.0. Syst. Biol. 59 (3), 307-321. doi: doi: 10.1093/sysbio/syq010
• HardakE.AviviI.BerkunL.Raz-PasteurA.LaviN.GeffenY.. (2016). Polymicrobial pulmonary infection in patients with hematological malignancies: prevalence, co-pathogens, course and outcome. Infection 44, 491-497. doi: doi: 10.1007/s15010-016-0873-3
• HuffnagleG. B.DicksonR. P.LukacsN. W. (2017). The respiratory tract microbiome and lung inflammation: a two-way street. Mucosal Immunol. 10, 299-306. doi: doi: 10.1038/mi.2016.108

タイトルに関連する用語 (4件)： メタゲノム ,  次世代シークエンシング ,  肺 ,  感染診断