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J-GLOBAL ID：202102280963891738   整理番号：21A0519357

ジャガイモ(Solanum tuberosum L.)におけるWD40遺伝子ファミリー:全ゲノム解析とアントシアニンおよび干ばつ関連WD40の同定【JST・京大機械翻訳】

The WD40 Gene Family in Potato (Solanum Tuberosum L.): Genome-Wide Analysis and Identification of Anthocyanin and Drought-Related WD40s

著者 (12件)： Liu Zhen (College of Horticulture, Gansu Agricultural University, Lanzhou 730070, China) ,  Liu Zhen (Gansu Provincial Key Laboratory of Aridland Crop Science, Gansu Agricultural University, Lanzhou 730070, China) ,  Liu Yuhui (Gansu Provincial Key Laboratory of Aridland Crop Science, Gansu Agricultural University, Lanzhou 730070, China) ,  Coulter Jeffrey A. (Department of Agronomy and Plant Genetics, University of Minnesota, St. Paul, MN 55108, USA) ,  Shen Baoyun (Gansu Tiaoshan Institute of Agricultural and Forestry Science, Jingtai 730400, China) ,  Li Yuanming (College of Horticulture, Gansu Agricultural University, Lanzhou 730070, China) ,  Li Yuanming (Gansu Provincial Key Laboratory of Aridland Crop Science, Gansu Agricultural University, Lanzhou 730070, China) ,  Li Chaozhou (College of Life Science and Technology, Gansu Agricultural University, Lanzhou 730070, China) ,  Cao Zhengpeng (College of Horticulture, Gansu Agricultural University, Lanzhou 730070, China) ,  Cao Zhengpeng (Gansu Provincial Key Laboratory of Aridland Crop Science, Gansu Agricultural University, Lanzhou 730070, China) ,  Zhang Junlian (College of Horticulture, Gansu Agricultural University, Lanzhou 730070, China) ,  Zhang Junlian (Gansu Provincial Key Laboratory of Aridland Crop Science, Gansu Agricultural University, Lanzhou 730070, China)
資料名： Agronomy (Web)  (Agronomy (Web))
巻： 10  号： 3  ページ： 401  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7129A  ISSN： 2073-4395  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： WD40ドメイン蛋白質として知られるWD40蛋白質は真核生物において大きな遺伝子ファミリーを構成し,細胞過程において複数の役割を果たす。しかし,WD40蛋白質の系統的同定と分析はジャガイモ(Solanum tuberosum L.)ではまだ報告されていない。本研究では,178のジャガイモWD40(StWD40)遺伝子を同定し,染色体,遺伝子構造,保存モチーフの分布を評価した。それらの構造的および系統発生的蛋白質特徴に従って,これらの178のStWD40遺伝子を14のクラスターと10のサブファミリーに分類した。共線解析は,分節重複事象がStWD40遺伝子ファミリーの拡張において主要な役割を果たすことを示した。シンテニー分析は,StWD40遺伝子の45と23対がそれぞれArabidopsisとコムギ(Triticum aestivum)にオルソロガスであり,これらの遺伝子対が強い精製選択下で進化したことを示した。異なる組織と非生物的ストレスからのRNA-seqデータは,2倍一倍体ジャガイモ(DM)における組織特異的発現と非生物的ストレス応答StWD40遺伝子を明らかにした。さらに,WD40遺伝子は,RNA-seqデータに基づく四倍体ジャガイモ品種におけるアントシアニン生合成と乾燥ストレスに関与する可能性がある。さらに,アントシアニン生合成に関与するArabidopsis TTG1の2つの相同体の蛋白質相互作用ネットワークを構築し,アントシアニン生合成に関連する蛋白質を同定した。結果は,TTG1と相互作用する112対の蛋白質があり,27が色素組織で差次的に発現することを示した。本研究は,ジャガイモのWD40蛋白質がアントシアニン生合成と非生物的ストレス応答に関連することを示した。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 相互作用 ,  *ジャガイモ ,  生合成 ,  *遺伝子 ,  染色体 ,  コムギ ,  タンパク質 ,  系統発生 ,  クラスタ ,  *アントシアニン ,  半数体 ,  Arabidopsis
準シソーラス用語： 非生物的ストレス ,  *全ゲノム解析 ,  RNA-seq , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： ジャガイモ(Solanum tuberosum) ,  WD40蛋白質 ,  発現プロファイル ,  アントシアニン生合成 ,  乾燥ストレス

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (78件)：

• Stirnimann, C.U.; Petsalaki, E.; Russell, R.B.; Müller, C.W. WD40 proteins propel cellular networks. Trends Biochem. Sci. 2010, 35, 565-574.
• Fong, H.K.; Hurley, J.B.; Hopkins, R.S.; Miake-Lye, R.; Johnson, M.S.; Doolittle, R.F.; Simon, M.I. Repetitive segmental structure of the transducin beta subunit: Homology with the CDC4 gene and identification of related mRNAs. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1986, 83, 2162.
• Neer, E.J.; Schmidt, C.J.; Nambudripad, R.; Smith, T.F. The ancient regulatory-protein family of WD-repeat proteins. Nature 1994, 371, 297-300.
• Smith, T.F.; Gaitatzes, C.; Saxena, K.; Neer, E.J. The WD repeat: A common architecture for diverse functions. Trends Biochem. Sci. 1999, 24, 181-185.
• Wu, X.-H.; Chen, R.-C.; Gao, Y.; Wu, Y.-D. The Effect of Asp-His-Ser/Thr-Trp Tetrad on the Thermostability of WD40-Repeat Proteins. Biochemistry 2010, 49, 10237-10245.

タイトルに関連する用語 (7件)： ジャガイモ ,  Solanum ,  遺伝子ファミリー ,  全ゲノム解析 ,  アントシアニン ,  干ばつ ,  同定