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J-GLOBAL ID：202102281969154184   整理番号：21A0722399

CoRNeA:アミノ酸配列情報から蛋白質間界面を解読するパイプライン【JST・京大機械翻訳】

CoRNeA: A Pipeline to Decrypt the Inter-Protein Interfaces from Amino Acid Sequence Information

著者 (6件)： Chopra Kriti (National Centre for Cell Science, Pune 411007, Maharashtra, India) ,  Burdak Bhawna (National Centre for Cell Science, Pune 411007, Maharashtra, India) ,  Sharma Kaushal (Inter-University Centre for Astronomy and Astrophysics, Pune 411007, Maharashtra, India) ,  Kembhavi Ajit (Inter-University Centre for Astronomy and Astrophysics, Pune 411007, Maharashtra, India) ,  Mande Shekhar C. (Council of Scientific and Industrial Research (CSIR), New Delhi 110001, India) ,  Chauhan Radha (National Centre for Cell Science, Pune 411007, Maharashtra, India)
資料名： Biomolecules (Web)  (Biomolecules (Web))
巻： 10  号： 6  ページ： 938  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7148A  ISSN： 2218-273X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 蛋白質複合体の界面残基の解読は,蛋白質の機能,従って全体的な細胞機構への洞察を提供する。アミノ酸配列情報を用いて界面残基を予測するためにコンピュータ法が考案されているが,これら全ての方法は原核生物蛋白質複合体の予測に主に応用されてきた。一次配列の進化の組成と速度は原核生物と真核生物の間で異なるので,真核生物複合体に特異的な方法の開発が重要である。ここでは,相互作用蛋白質のアミノ酸配列情報から蛋白質-蛋白質相互作用界面を予測するための新しいハイブリッドパイプラインを報告する。それは,Co-進化,機械学習(Random森林)のフレームワークと,真核生物蛋白質複合体で特異的に訓練されたCoRNeAと命名されたネットワーク分析に基づいている。ランダムフォレスト分類器を訓練する特徴の主要なグループとして,共進化,物理化学的特性および接触ポテンシャルを用いた。また,蛋白質のアミノ酸配列がそれ自身の折畳みに対する情報を保持し,界面傾向だけでなく,予測から偽陽性を排除するために個々の蛋白質の接触内情報も取り込んだ。用例データセットに関する著者らの予測は,CoRNeAが真の界面残留物の予測を強化するだけでなく,偽陽性率を有意に減少させることを示した。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *界面 ,  相互作用 ,  *アミノ酸配列 ,  *タンパク質 ,  折畳み ,  複合体 ,  真核生物 ,  原核生物 ,  タンパク質複合体 ,  コンピュータ ,  機械学習
準シソーラス用語： 共進化 ,  蛋白質間相互作用 ,  ランダムフォレスト ,  残基 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (3件)： 共進化 ,  機械学習 ,  蛋白質間界面

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  分子構造  (EB03020Y)

引用文献 (50件)：

• Uetz, P.; Giot, L.; Cagney, G.; Mansfield, T.A.; Judson, R.S.; Knight, J.R.; Lockshon, D.; Narayan, V.; Srinivasan, M.; Pochart, P. A comprehensive analysis of protein-protein interactions in Saccharomyces cerevisiae. Nature 2000, 403, 623-627.
• Masters, S.C. Co-Immunoprecipitation from Transfected Cells. In Methods Molecular Biology; Fu, H., Ed.; Humana Press: Totowa, NJ, USA, 2004; pp. 337-350. ISBN 978-1-59259-762-8.
• Sobott, F.; Robinson, C.V. Protein complexes gain momentum. Curr. Opin. Struct. Biol. 2002, 12, 729-734.
• Zhang, Q.C.; Deng, L.; Fisher, M.; Guan, J.; Honig, B.; Petrey, D. PredUs: A web server for predicting protein interfaces using structural neighbors. Nucleic Acids Res. 2011, 39, 283-287.
• Xue, L.C.; Dobbs, D.; Honavar, V. HomPPI: A class of sequence homology based protein-protein interface prediction methods. BMC Bioinform. 2011, 12, 244.

タイトルに関連する用語 (6件)： アミノ酸 ,  配列情報 ,  蛋白質 ,  界面 ,  解読 ,  パイプライン