抄録/ポイント：
抄録/ポイント
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目的;心筋肥大モデル:エンドセリン1(endothelin1;ET1はヒト誘導多能性幹細胞由来心筋細胞(humaninducedpluripotentstemcellderivedcardiomyocytes)を刺激した。hiPSC-CMsの遺伝子チップデータをバイオインフォマティクス分析し、長鎖非コードRNA(longnon-codingRNA)を検討した。lncRNA)の発現スペクトルと競争性内因性RNA(competingendogenousRNA,ceRNA)はネットワークをコントロールしている。方法;GEO(GeneExpressionOmnibus)データベースに心筋肥大関連遺伝子チップを選別し、ダウンロードした原始プローブマトリックス情報とプラットフォームアノテーションファイルに対して前処理を行い、遺伝子発現マトリックス情報を獲得した。実用報告表抽出言語(practicalextractionandreportlanguage,Perl)を用いて遺伝子の異なる生物型属性を付与し、それによってlncRNAとmRNAを区別した。R言語limmaパッケージを用いて、それぞれlncRNAsとmRNAsの遺伝子発現差異を分析した。オンラインダウンロードのデータベースを用いて、lncRNAに関連するmicroRNA(miRNA)を予測した。これに基づいて、TargetScan、miRDBとmiRTarBaseに基づく予測ソフトを用いてmiRNAの標的遺伝子(mRNA)を予測した。lncRNA-miRNA-mRNAceRNA調節ネットワークを,Cytoscape3.7.1ソフトウェアによって構築した。遺伝子オントロジー(GeneOntology,GO)は,オンラインデータベースDAVID6.8を用いて,遺伝子オントロジー(GO)の濃縮と分析のために,オンラインツールKOBAS3を用いて,ceRNA調節ネットワークにおいて標的遺伝子を制御した。0京都遺伝子とゲノム百科全書(KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes,KEGG)通路の濃縮分析を行う。【結果】対照群と比較して,ET1によって刺激されたhiPSC-CMsにおける19のlncRNAと717のmRNA発現には,統計的有意性があった。そのうち、lncRNA発現のアップレギュレーションは4つあり、ダウンレギュレーションしたのは15個、mRNA発現のアップレギュレーションは312個、ダウンレギュレートは405個であった。ceRNA調節ネットワークの構築に成功し、このネットワークにおいて、著しく上方制御されたlncRNAはAC017002とMIR210HGを含み、それぞれ9、10個のmiRNAと密接に関連し、著しく下方制御されたLINC00342があり、9つのmiRNAと密接に関連する。このネットワークにおける標的遺伝子は32個で、そのうち18個がアップレギュレーションし、14個がダウンレギュレーションした。標的遺伝子のGO濃縮分析により、細胞増殖、質膜とタンパク質結合などの13の異なるGOサブ集中に著しく濃縮されることが分かった。KEGG濃縮分析により、標的遺伝子はMAPKシグナル経路、アポトーシス、Wntシグナル経路、JAK-STATシグナル経路、TNFシグナル経路などの20シグナル経路に濃縮されることが明らかになった。結論:本研究はceRNAネットワークを構築し、lncRNAが心筋肥大の発病機序に参与する新たな視点を提供した。LncRNAはおそらくceRNA調節ネットワークを通じて、心筋肥大の発生と進行に影響を与える。3つのlncRNA(上方制御されたAC017002,MIR210HG,下方制御されたLINC00342)は,競合的「スポンジ吸着」miRNAによって下流mRNAの発現レベルを下方制御し,AP1を下方制御した。c-MYC,PIM1発現のアップレギュレーション,ASK1(すなわちMAP3K5),MSK1/2(すなわちRPS6KA5)およびSFRP1発現のダウンレギュレーションは,MAPKシグナリング経路,アポトーシス,Wntシグナリング経路,JAK-STATシグナリング経路,およびSFRP1発現によって下方制御された。TNFシグナル伝達経路は心筋肥大の病理生理過程に関与する。これらの遺伝子は潜在的治療標的となり、上述のlncRNA或いは下流標的遺伝子を遮断する関連薬物を開発することは、心筋肥大の治療に深遠な臨床意義を有する可能性がある。Data from Wanfang. Translated by JST.【JST・京大機械翻訳】
