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J-GLOBAL ID：202102284718288109   整理番号：21A0572400

16S rRNAメタゲノムシークエンシングアプローチによるブタスラリー微生物の組成および機能特性【JST・京大機械翻訳】

Compositional and Functional Characteristics of Swine Slurry Microbes through 16S rRNA Metagenomic Sequencing Approach

著者 (6件)： Kumar Himansu (Division of Animal Genomics and Bioinformatics, National Institute of Animal Science, RDA, Wanju 55365, Korea) ,  Jang Yu Na (Animal Environment Division, National Institute of Animal Science, RDA, Wanju 55365, Korea) ,  Kim Kwangmin (3 BIGS CO. LTD., Hwaseong 18454, Korea) ,  Park Junhyung (3 BIGS CO. LTD., Hwaseong 18454, Korea) ,  Jung Min Woong (Animal Environment Division, National Institute of Animal Science, RDA, Wanju 55365, Korea) ,  Park Jong-Eun (Division of Animal Genomics and Bioinformatics, National Institute of Animal Science, RDA, Wanju 55365, Korea)
資料名： Animals (Web)  (Animals (Web))
巻： 10  号： 8  ページ： 1372  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7131A  ISSN： 2076-2615  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 伝統的スラリーは,作物生産を改善するために,バイオ肥料中の窒素,リンおよびカリウムの源として使用される。しかし,あまり管理されていないスラリーは,温室ガスを生成し,水域の富栄養化を引き起こし,地下水を汚染することにより,環境に有害な影響を及ぼす。スラリー中の微生物存在は,その貯蔵と処分システムに多様な影響を引き起こすことが多く報告されている。しかし,ブタスラリーにおける細菌集団の多様性は,ほとんど未調査のままである。ここでは,スラリーピットからのスラリー中に存在する細菌多様性,および細菌集団に対する貯蔵時間の影響を報告する。3つの異なるブタスラリーピットから14週目まで3回の複製として42試料を収集した。16S rRNA,定量的洞察イント微生物生態学(QIIME),およびメタゲノム下流分析のための非観察国(PICRUSt)プロトコルの再構築によるコミュニティの系統学的調査を用いた。Greengenesメタゲノムデータベースを用いたタキソノミーアノテーションは,平均76.2%のFirmicutes,14.4%のBacteroidetes,4.9%のProteobacteriaなど,微生物個体群が存在することを示唆した。比較微生物分析は,Firmicutesの個体群が第1から第14週まで減少し,一方,Bacteroidetesの個体群が第1から第14週まで増加することを示した。主座標分析(PCoA),(線形判別分析効果サイズ(LEfSe))およびピアソン相関分析により,貯蔵時間点に従って微生物バイオマーカーを見出した。すべての細菌集団は,貯蔵の初期,中期,および最後の週に従ってよくクラスタ化された。LEfSeは,Actinobacteria,Lachnospiraceae,Ruminococcaceae,およびBacteriodiaが,それぞれ,第1,第7,第9,第14週に,支配的に存在することを示した。LachnospiraceaeとRuminococcaceaeは遍在性胃腸非病原性細菌である。膜輸送,炭水化物およびアミノ酸代謝,遺伝的複製および修復のようなKEGG経路は,すべての試料間で有意であった。このようなKEGG経路は,宿主生物の代謝活性と胃腸管(GIT)に存在する微生物の間の関連を示す可能性がある。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： データベース ,  *微生物 ,  カリウム ,  窒素 ,  リン ,  *rRNA ,  富栄養化 ,  クラスタ化 ,  ミクロフローラ ,  個体群 ,  バイオマーカー
準シソーラス用語： プロテオバクテリア ,  *メタゲノム ,  Firmicutes ,  細菌群集 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： 微生物叢 ,  16S rRNA配列決定 ,  Greengenesデータベース ,  QIIME

分類 (4件)： 施肥法・肥効  (FB05030Y) ,  微生物検査法  (EG02020G) ,  農業廃棄物処理  (FB07040X) ,  微生物の生態  (EG03040J)

引用文献 (53件)：

• Gjedrem, T.; Robinson, N.; Rye, M. The importance of selective breeding in aquaculture to meet future demands for animal protein: A review. Aquaculture 2012, 350, 117-129.
• Oh, S.H.; Whitley, N.C. Pork Production in China, Japan and South Korea. Asian-Aust. J. Anim. Sci. 2011, 24, 1629-1636.
• Makara, A.; Kowalski, Z. Pig manure treatment and purification by filtration. J. Environ. Manag. 2015, 161, 317-324.
• Watkins, B.D.; Hengemuehle, S.M.; Person, H.L.; Yokoyama, M.T.; Masten, S.J. Ozonation of swine manure wastes to control odors and reduce the concentrations of pathogens and toxic fermentation metabolites. Ozone Sci. Eng. 1997, 19, 425-437.
• Susaya, J.; Kim, K.-H.; Chang, Y.-S. Characterization of major offensive odorants released from lake sediment. Atmos. Environ. 2011, 45, 1236-1241.

タイトルに関連する用語 (5件)： rRNA ,  ブタスラリー ,  微生物 ,  組成 ,  機能特性