ミトノミクス分析のための昆虫ミトコンドリアDNAの高濃縮のための戦略【JST・京大機械翻訳】

Yu Xiaolei; Yang Hongxia; Liu Jie; Liu Jie; Qi Yingju; Qi Yingju; Sun Liran; Sun Liran; Tian Xiaoxuan

文献

J-GLOBAL ID：202102285175295692 整理番号：21A3311605

ミトノミクス分析のための昆虫ミトコンドリアDNAの高濃縮のための戦略【JST・京大機械翻訳】

A strategy for a high enrichment of insect mitochondrial DNA for mitogenomic analysis

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著者 (9件)： , , , , , , , ,
資料名：
巻： 808 ページ： Null 発行年： 2022年
JST資料番号： E0701B ISSN： 0378-1119 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：オランダ (NLD) 言語：英語 (EN)

次世代シークエンシングは,近年,昆虫のマイトジェンミック研究を劇的に促進した。しかし,昆虫ミトコンドリアゲノム(マイトゲノム)アセンブリに関する研究は,主に全DNAからの配列決定データに依存しており,これは核DNAからの巨大なデータとして費用効率が良いものではない。さらに,多くのマイトジェンミック研究は,個々の生物からのゲノム情報を必要とするが,小さな個々の昆虫からのDNA収率は,配列決定要求に合致するためにあまりにも低い。ここでは,ローリングサークル増幅(RCA)技術を用いた昆虫ミトコンドリアDNA(mtDNA)の高濃縮のための戦略について述べた。この戦略は,標準DNA抽出,RCA濃縮,次世代配列決定およびマイトジェン集合から成る。昆虫の8つの科,他の3つの無脊椎動物,および2つの脊椎動物標本を代表している9つの昆虫種に関するこの戦略の性能を評価した。結果は,著者らの戦略が昆虫に特に好適であり,ほとんど全ての試験昆虫mtDNA含有量が80%以上に達することを示した。異なる分類群間の著者らの戦略の濃縮効率のさらなる検討は,他の無脊椎動物やRhacophorusやptyas種のようないくつかの脊椎動物にも適用可能であるが,これらのグループにおける濃縮効率は昆虫のものより低いことを示した。著者らの戦略による処理後,小フラックス配列決定データは,深い被覆を有するマイトジェンのアセンブリを実現でき,その後のマイトジェンベースの研究のための固体塩基を提供する。Copyright 2021 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

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遺伝子の構造と化学 , 進化論一般

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