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J-GLOBAL ID：202102285513831498   整理番号：21A0442734

抗菌ペプチドの分類に対するアルファベット還元と分散ベクトル表現に基づく方法【JST・京大機械翻訳】

Alphabet reduction and distributed vector representation based method for classification of antimicrobial peptides

著者 (5件)： Surana Shraddha (Engineering for Research, ThoughtWorks Technologies,Pune,Maharashtra,India,411006) ,  Gunjal Digvijay (Engineering for Research, ThoughtWorks Technologies,Pune,Maharashtra,India,411006) ,  Singh Divye (Engineering for Research, ThoughtWorks Technologies,Pune,Maharashtra,India,411006) ,  Arora Pooja (Engineering for Research, ThoughtWorks Technologies,Pune,Maharashtra,India,411006) ,  Valadi Jayaraman (Flame University,Department of Computer Science,Pune,India)
資料名： IEEE Conference Proceedings  (IEEE Conference Proceedings)
巻： 2020  号： BIBM  ページ： 2825-2832  発行年： 2020年 
JST資料番号： W2441A  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 宿主防御ペプチドとして知られる抗微生物ペプチド(AMP)も先天性免疫の必須部分である。AMPは,それらのサイズ,毒性および生物活性のため多剤耐性病原体に対する有望な薬剤として出現している。計算法を用いたAMPの効果的な同定は,さらなる研究のための新しい抗菌剤の設計に役立つであろう。AMPsに対する配列に基づく分析は,AMPsの活性を推定するためのアミノ酸組成と擬アミノ酸組成法を用いて異なる方法が提案されている。本論文では,AMPおよび非AMPとしてシーケンスを分類するためのアルファベット低減および分散ベクトル表現を用いた機械学習モデルの使用を実証した。アルファベット還元は,ヒドロパシー指数,アミノ酸間の接触エネルギー,立体配座類似性,置換マトリックス,アミノ酸電荷など,分布ベクトル表現(ProtVec)と共にαbet還元のようなペプチド配列のさまざまな物理化学的特性に基づいており,他の配列ベース法と比較して,計算的に安価であることも分かった。抗菌ペプチドは,MCC0.94で長い97.94%のccurcyを与える2成分分類器を用いて予測される。Copyright 2021 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 電荷 ,  *ベクトル ,  立体配座 ,  アミノ酸 ,  *ペプチド ,  アミノ酸配列 ,  抗細菌薬 ,  アミノ酸組成 ,  生物活性 ,  病原体 ,  多剤耐性 ,  機械学習 ,  自然免疫
準シソーラス用語： 物理化学的性質 ,  *抗菌ペプチド , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 図形・画像処理一般  (JE04010I)

タイトルに関連する用語 (6件)： 抗菌ペプチド ,  分類 ,  アルファベット ,  還元 ,  ベクトル ,  表現