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J-GLOBAL ID：202102285748942595   整理番号：21A0829258

大規模データ統合によるCaenorhabditis elegansの参照として利用されるハウスキーピング遺伝子の系統的同定【JST・京大機械翻訳】

Systematic Identification of Housekeeping Genes Possibly Used as References in Caenorhabditis elegans by Large-Scale Data Integration

著者 (9件)： Tao Jingxin (College of Life Sciences, Chongqing Normal University, Chongqing 401331, China) ,  Hao Youjin (College of Life Sciences, Chongqing Normal University, Chongqing 401331, China) ,  Li Xudong (College of Life Sciences, Chongqing Normal University, Chongqing 401331, China) ,  Yin Huachun (College of Life Sciences, Chongqing Normal University, Chongqing 401331, China) ,  Nie Xiner (College of Life Sciences, Chongqing Normal University, Chongqing 401331, China) ,  Zhang Jie (College of Life Sciences, Chongqing Normal University, Chongqing 401331, China) ,  Xu Boying (College of Life Sciences, Chongqing Normal University, Chongqing 401331, China) ,  Chen Qiao (Scientific Research Office, Chongqing Normal University, Chongqing 401331, China) ,  Li Bo (College of Life Sciences, Chongqing Normal University, Chongqing 401331, China)
資料名： Cells (Web)  (Cells (Web))
巻： 9  号： 3  ページ： 786  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7155A  ISSN： 2073-4409  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 正確な遺伝子発現定量のために,信頼できる参照遺伝子に対する遺伝子発現データの正規化が必要である。一般的に使用される参照遺伝子の発現レベルは,異なる実験条件下でかなり変化し,従って,データ正規化に対するそれらの使用は限られていることが知られている。本研究では,Caenorhabditis elegansにおける参照遺伝子の不偏同定を,異なる発育段階,異なる組織,薬物療法,ライフスタイル,および種々のストレスをカバーする145のマイクロアレイデータセット(2296の遺伝子アレイサンプル)に基づいて実行した。結果として,13のハウスキーピング遺伝子(rps-23,rps-26,rps-27,rps-16,rps-2,rps-4,rps-17,rpl-24.1,rpl-27,rpl-33,rpl-36,rpl-35,rpl-15)を,6つの一般的な正規化アルゴリズムとRankAggreg法を用いて包括的に同定した。機能的濃縮分析は,これらの遺伝子がリボソームに関連するGO項またはKEGG経路において有意に過剰発現していることを明らかにした。最近発表されたデータセットを用いた検証分析は,新しく同定された候補参照遺伝子の発現が一般的に使用される参照遺伝子より安定であることを明らかにした。結果に基づいて,rpl-33及びrps-26をマイクロアレイ及びrps-2及びrps-4のRNA配列決定データ検証のための最適参照遺伝子として推奨した。より重要なことに,最も安定なrps-23は,両方のデータタイプのための有望な参照遺伝子であるべきである。本研究は,遺伝子発現データを標準化するための安定参照遺伝子の大規模マイクロアレイデータ駆動ゲノムワイド同定を成功裏に提示し,定量的遺伝子発現解析に対するC.elegansにおける普遍的内部参照遺伝子の選択に関する潜在的ガイドラインを提供した。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： アルゴリズム ,  標準化 ,  RNA【核酸】 ,  *遺伝子 ,  ライフスタイル ,  リボソーム ,  成長段階 ,  正規化 ,  *Caenorhabditis elegans ,  遺伝子発現 ,  *ハウスキーピング遺伝子 ,  DNAマイクロアレイ
準シソーラス用語： 参照遺伝子 ,  過剰発現 ,  マイクロアレイ , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： マイクロアレイ ,  ハウスキーピング遺伝子 ,  参照遺伝子 ,  Caenorhabditis elegans ,  RankAggreg

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (78件)：

• Jameson, P.E. Selection of reference genes for flowering pathway analysis in the masting plants, Celmisia lyallii and Chionochloa pallens, under variable environmental conditions. Sci. Rep. 2019, 9, 1-16.
• Czechowski, T.; Bari, R.P.; Stitt, M.; Scheible, W.R.; Udvardi, M.K. Real-time RT-PCR profiling of over 1400 Arabidopsis transcription factors: Unprecedented sensitivity reveals novel root-and shoot-specific genes. Plant J. 2004, 38, 366-379.
• Nolan, T.; Hands, R.E.; Bustin, S.A. Quantification of mRNA using real-time RT-PCR. Nat. Protoc. 2006, 1, 1559.
• Derveaux, S.; Vandesompele, J.; Hellemans, J. How to do successful gene expression analysis using real-time PCR. Methods 2010, 50, 227-230.
• Bustin, S.A.; Nolan, T. Pitfalls of quantitative real-time reverse-transcription polymerase chain reaction. J. Biomol. Tech. JBT 2004, 15, 155.

タイトルに関連する用語 (7件)： 大規模データ ,  統合 ,  Caenorhabditis ,  参照 ,  ハウスキーピング遺伝子 ,  系統 ,  同定