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J-GLOBAL ID：202102286390548813   整理番号：21A1150468

Pangloss:微生物真核生物の汎ゲノム分析のためのツール【JST・京大機械翻訳】

Pangloss: A Tool for Pan-Genome Analysis of Microbial Eukaryotes

著者 (4件)： McCarthy Charley G. P. (Genome Evolution Laboratory, Department of Biology, Maynooth University, W23 F2K8 Maynooth, Ireland) ,  McCarthy Charley G. P. (Human Health Research Institute, Maynooth University, W23 F2K8 Maynooth, Ireland) ,  Fitzpatrick David A. (Genome Evolution Laboratory, Department of Biology, Maynooth University, W23 F2K8 Maynooth, Ireland) ,  Fitzpatrick David A. (Human Health Research Institute, Maynooth University, W23 F2K8 Maynooth, Ireland)
資料名： Genes (Web)  (Genes (Web))
巻： 10  号： 7  ページ： 521  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7194A  ISSN： 2073-4425  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： パンゲノムの概念は原核生物ゲノムに起源であるが,真核生物種汎ゲノム数の増加も分析されている。しかし,原核生物に対して利用可能なものと比較して真核生物パンゲノム解析を意図したソフトウェアの相対的不足がある。以前の研究では,シンテニー依存Pan-ゲノムオルソログクラスタリングツール(PanOCT)アプローチを用いてパンゲノムを構築した計算パイプラインを持つ4つのモデル真菌のパンゲノムを分析した。ここでは,Panglossと呼ばれるパイプラインの修正および改良版を提示した。Panglossは,与えられた種からのゲノムのセットに対して遺伝子予測を行うことができ,そのユーザはPanOCTを用いてそのセットから種パンゲノムを提供,構築および選択し,種パンゲノムデータの様々な機能的特性化および可視化分析を行うことができる。Panglossの能力を実証するために,油性酵母Yarrowia lipolyticaに対する種パンゲノムを構築し,分析し,日和見呼吸病原体Aspergillus fumigatusに対する以前に公表された種パンゲノムを再構成した。PanglossはPython,PerlおよびRに実装され,GitHubを介してオープンソースGPLv3ライセンス下で自由に利用可能である。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 遺伝子 ,  酵母 ,  可視化 ,  *ゲノム ,  ソフトウェア ,  病原体 ,  *真核生物 ,  原核生物 ,  ライセンス ,  Aspergillus fumigatus
準シソーラス用語： ゲノミクス ,  シンテニー ,  Yarrowia lipolytica ,  Python ,  オープンソース , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： パンゲノム ,  生物情報学 ,  微生物真核生物 ,  菌類

分類 (3件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  遺伝学研究法  (EC01020N)

引用文献 (63件)：

• Tettelin, H.; Masignani, V.; Cieslewicz, M.J.; Donati, C.; Medini, D.; Ward, N.L.; Angiuoli, S.V.; Crabtree, J.; Jones, A.L.; Durkin, A.S.; et al. Genome analysis of multiple pathogenic isolates of Streptococcus agalactiae: Implications for the microbial “pan-genome.”. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2005, 102, 13950-13955.
• Medini, D.; Donati, C.; Tettelin, H.; Masignani, V.; Rappuoli, R. The microbial pan-genome. Curr. Opin. Genet. Dev. 2005, 15, 589-594.
• Rouli, L.; Merhej, V.; Fournier, P.E.; Raoult, D. The bacterial pangenome as a new tool for analysing pathogenic bacteria. New Microbes New Infect. 2015, 7, 72-85.
• Vernikos, G.; Medini, D.; Riley, D.R.; Tettelin, H. Ten years of pan-genome analyses. Curr. Opin. Microbiol. 2015, 23, 148-154.
• Mosquera-Rendón, J.; Rada-Bravo, A.M.; Cárdenas-Brito, S.; Corredor, M.; Restrepo-Pineda, E.; Benítez-Páez, A. Pangenome-wide and molecular evolution analyses of the Pseudomonas aeruginosa species. Bmc Genom. 2016, 17, 45.

タイトルに関連する用語 (3件)： 微生物 ,  真核生物 ,  ツール