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J-GLOBAL ID：202102289548653488   整理番号：21A3264070

氷氷病紅藻Kappaphycus alvareziiにおけるトランスクリプトーム応答【JST・京大機械翻訳】

Transcriptomic responses in ice ice diseased red algae Kappaphycus alvarezii

著者 (11件)： Mohammed Riyaz S.U. (Centre for Ocean Research, MoES - Earth Science & Technology Cell, Col. Dr.Jeppiaar Research Park, Sathyabama Institute of Science and Technology, Chennai 600 119, Tamil Nadu, India) ,  Mohammed Riyaz S.U. (Molecular Biology Unit, PG & Research Department of Biotechnology, Islamiah College (Autonomous), Vaniyambadi 635752, Tamil Nadu, India) ,  Inbakandan D. (Centre for Ocean Research, MoES - Earth Science & Technology Cell, Col. Dr.Jeppiaar Research Park, Sathyabama Institute of Science and Technology, Chennai 600 119, Tamil Nadu, India) ,  Bhavadharani P. (Department of Biotechnology, School of Bio and Chemical Engineering, Sathyabama Institute of Science and Technology, Chennai 600 119, Tamil Nadu, India) ,  Gopika R. (Department of Biotechnology, School of Bio and Chemical Engineering, Sathyabama Institute of Science and Technology, Chennai 600 119, Tamil Nadu, India) ,  Elson J. (Department of Biotechnology, School of Bio and Chemical Engineering, Sathyabama Institute of Science and Technology, Chennai 600 119, Tamil Nadu, India) ,  Bavani-Latha M. (Department of Biotechnology, School of Bio and Chemical Engineering, Sathyabama Institute of Science and Technology, Chennai 600 119, Tamil Nadu, India) ,  Manikandan D. (Department of Chemistry, Dr.Mahalingam College of Engineering and Technology, Coimbatore, Pollachi 642003, Coimbatore District, Tamil Nadu, India) ,  Stalin-Dhas T. (Centre for Ocean Research, MoES - Earth Science & Technology Cell, Col. Dr.Jeppiaar Research Park, Sathyabama Institute of Science and Technology, Chennai 600 119, Tamil Nadu, India) ,  Nalini S. (Centre for Ocean Research, MoES - Earth Science & Technology Cell, Col. Dr.Jeppiaar Research Park, Sathyabama Institute of Science and Technology, Chennai 600 119, Tamil Nadu, India) ,  Simal-Gandara J. (Universidade de Vigo, Nutrition and Bromatology Group, Analytical Chemistry and Food Science Department, Faculty of Science, E32004 Ourense, Spain)
資料名： Aquaculture  (Aquaculture)
巻： 547  ページ： Null  発行年： 2022年 
JST資料番号： E0784A  ISSN： 0044-8486  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： アイスアイス病Kappaphycus alvareziiに対するこのトランスクリプトーム研究をIllumina配列決定技術を用いて行った。46百万の生読が発生して,データをフィルタリングした後に,4400万のクリーン読取を得た。さらに,304bpの平均長を有するDe novo集合により,59942の単遺伝子を得た。非冗長データベース(Nr),ヌクレオチド配列(Nt),蛋白質ファミリー(Pfam),遺伝子およびゲノムデータベース(KEGG),SwissProt,真核生物オルソロググループ(KOG)データベースおよび遺伝子オントロジーデータベース(GO)に関して遺伝子機能アノテーションを作成した。単一遺伝子に関して,47,725(79.61%)単一遺伝子を,最小1データベースで記述して,3351の単一遺伝子を全データベースで記述した。GOによる機能的アノテーションは,3つの主なドメインの下で24,903の単遺伝子を抽出した。遺伝子相互作用は,8394の単遺伝子を認識する125の経路を有するKEGG経路データベースを用いて記録された。FPKM平均より大きな値を有する機能的遺伝子発現の濃縮の研究は,いくつかの必須経路を明らかにすることができる。アイスアイス病K.alvarezii mRNA転写物を,遺伝子および遺伝子発現のレベルにおける潜在的変化のためのIllumina配列決定技術によって研究した。Copyright 2021 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： データベース ,  フィルタリング ,  mRNA ,  遺伝子 ,  ヌクレオチド配列 ,  *紅藻類 ,  真核生物 ,  遺伝子発現 ,  アノテーション ,  *トランスクリプトーム
準シソーラス用語： ドメイン構造 ,  遺伝子オントロジー ,  KEGG ,  遺伝子機能 ,  ゲノムデータベース , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (8件)： トランスクリプトーム ,  アイスアイス病 ,  Kappaphycus alvarezii ,  機能的アノテーション ,  単一遺伝子 ,  GO ,  KEGG ,  FPKM

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (5件)： 氷 ,  紅藻 ,  Kappaphycus ,  トランスクリプトーム ,  応答